再次来到22号路，进入巨大洞穴，原本挡路的等离子团被卧底的原等离子团团员骗开了，进入中央的洞口
进入后发现原等离子团正在与等离子团正在对峙，罗德正在规劝等离子团但显然不可能成功
劲敌说光靠语言是不够的，想要守护口袋妖怪还得靠战斗和坚强的心，击败等离子团后罗德分别给你和劲敌各一个元气药块
在冰面上滑行后进入等离子团护卫舰
上船后进入下方的入口，深入后发现前面被高压电拦住了，想要解除高压电需要卡和密码
击败这个等离子团团员可以得到等离子团卡，击败周围其他的团员可以获取关于密码的信息
密码可能是レシラム，ゼクロム或四位数字
解除高压电后继续深入，再次遭遇维奥并与之交战
进入右边的传送点，在里面遇到了阿克罗马，他表示自己是受人委托在这里进行研究
阿克罗马提出与主角进行一场战斗，以此确定是自己提升口袋妖怪潜在能力的科学强还是主角与口袋妖怪的心灵强
VS阿克罗马
LV50三合一磁怪
LV50自爆磁怪
LV50金属怪
LV50大宇怪
LV52齿轮怪
获胜后他对主角与口袋妖怪之间的羁绊表示赞叹，并认为主角一定能够打败等离子团
返回并进入左边的传送点
等离子团的最高首领盖奇斯就在这里，他怒斥没用的科学家只会把个人求知的好奇心优先于征服合众的崇高使命，接着他会告诉你酋雷姆是雷希拉姆与捷克罗姆分裂后剩下的产物，一个虚无的存在，凭借着它可以控制整个合众
接着暗之三位一体出现报告酋雷姆已经转移完毕，盖奇斯离开了护卫舰
紧接着劲敌出现并质问暗之三位一体扒手猫的下落，暗之三位一体放出一只酷豹，说它就是5年前从桧扇市夺走的那只扒手猫
接下来要与暗之三位一体的三人进行对战，获胜后他们逃走了，劲敌对着留下的酷豹思考着什么，向下下楼梯离开护卫舰
离开护卫舰后深入巨大洞穴，在最深处发现了盖奇斯
盖奇斯表示主角勾起了他以前不愉快的回忆，让酋雷姆对主角使用冰封世界
接着N赶到让捷克罗姆/雷希拉姆使用交叉闪电/交叉烈焰抵消了冰封世界的攻击
N表示捷克罗姆/雷希拉姆告诉他感受到了酋雷姆的痛苦，他不会原谅让口袋妖怪痛苦的人
盖奇斯说口袋妖怪只是道具而N则予以反驳
盖奇斯说着会让你明白的并将遗传因子之楔注入了酋雷姆的体内，获得了遗传因子的酋雷姆打败了N的捷克罗姆/雷希拉姆
捷克罗姆/雷希拉姆变回了暗石/光石，接着酋雷姆在盖奇斯的命令下吸收了捷克罗姆/雷希拉姆并变为了黑酋雷姆/白酋雷姆
盖奇斯表示他用妨碍电波封锁了球的技能，无法捕捉黑酋雷姆/白酋雷姆
接着与黑酋雷姆/白酋雷姆对战并将之打败
黑酋雷姆/白酋雷姆被打败后捷克罗姆/雷希拉姆从中分离了出来，而酋雷姆则消失了
盖奇斯向主角攻了过来，战斗开始前N瞬间使主角全员回复
VS盖奇斯
LV50死神棺
LV50麻麻鳗鱼王
LV50龙王蝎
LV50毒骷蛙
LV50蟾蜍王
LV52三头龙
再次被无名训练师击败使得盖奇斯濒临崩溃，但他还是听不进N的话，最后被暗之三位一体带走了，控制酋雷姆的手杖被留了下来
如果之前与黑白进行过联动，N会在对话中提及前作主角
N离开后劲敌赶到，表示他已经把酷豹送回去了，主角接着也该去联盟进行挑战了
出来后罗德表示等离子团已经解散，N也确认平安
