向上离开涟漪镇来到13号路，中途会再次遇到勾帕路翁，这次可以收服它了
通过13号路来到笼目镇，在这里遇到了红豆杉博士和白露，之后一起去听老奶奶讲巨大洞穴的传说
之后在镇中遇上劲敌，并再次遭遇七贤人之一的维奥，维奥再次表明了征服世界的意图，与劲敌组队打败维奥及等离子团团员
向左离开笼目镇，通过12号路来到集落之桥，中途遇到一个声称主角是100年内通过这里的第1000个人，让主角与已经999连胜的他进行对战
打败他后他表示2年间的连胜纪录作古了，但他还是想要达成1000连胜
离开集落之桥来到11号路，在这里遇到毕力吉翁，同样可以收服它
向左离开11号路便能到达双龙市
来到双龙市后会遇到艾莉丝
接着去挑战双龙道馆，打败某层的一个训练师后向上的箭头会被激活，不断向上就能见到夏卡
如果之前与黑白进行过联动的话夏卡在战前的对话中会提到前作主角的名字
VS夏卡
LV46赤面龙
LV46沙漠蜻蜓
LV48双斧战龙
获胜后获得传奇徽章以及技能机82龙尾
道馆战后夏卡让你去他家，在那里夏卡告诉你两年前发生的事以及合众的建国传说，并提到在捷克罗姆和雷希拉姆之外还有一只叫酋雷姆的龙口袋妖怪
接着外面传来巨响，出门后发现一艘飞船出现在双龙市上空，并且对双龙市进行炮击将双龙市冰冻了
夏卡让双斧战龙对冰块使用龙尾但毫无作用
然后七贤人之一的维奥出现，说这种寒冷的实感是他们存在的证明，连接过去与未来的双龙市将会消失
接着夏卡会让你与他一起打败等离子团，打败双龙市中的所有等离子团团员后在道馆门口与维奥进行对战
获胜后维奥和等离子团消失了，夏卡回道馆取出了遗传因子之楔交给你，但却被暗之三位一体夺走了，暗之三位一体表示夏卡改建双龙道馆原来是为了将遗传因子之楔藏在道馆内的隐秘之处，然后就逃走了
在双龙市的右下方遭遇暗之三位一体之一并与之对战
获胜后他表示东西已经被转移走了，紧接着就逃跑了
劲敌和切林通过实况播放器打来电话打听这次的事件，之后切林马上赶到，告诉你异变的源头在青波市附近，并让夏卡守护双龙市，等离子团就让主角和劲敌去解决
然后夏卡会告诉你从涟漪镇的海底隧道可以到达青波市
来到涟漪镇后劲敌打来电话说他先去青波市了
穿过海底隧道便可到达青波市
海底隧道的结构
到达青波市后劲敌说一定要夺回遗传因子之楔
进入道馆后得知馆主去游泳了不在道馆内，走到青波市上方的木桥那儿馆主水浪突然从水中蹦了出来，得知有挑战者前来挑战后便返回了道馆
之后返回道馆进行挑战
VS水浪
LV49肋骨海龟
LV49吼鲸王
LV51胖嘟嘟
获胜后获得波浪徽章以及技能机55沸水
收齐了全部的徽章后本该去挑战联盟，但等离子团的事情还没解决，通过青波市的木桥去22号路
在22号路遇到了代拉基翁，接着阿克罗马出现，表示三剑士在寻找强大的训练师作为他们的伙伴并给予了阿克罗马机器，接着告诉你等离子团现在在海边的洞穴附近
回到青波市，向下冲浪途经21号路来到海边的洞穴
在海边的洞穴内冲浪移动到洞穴的右上方，发现出口被一只岩殿居蟹挡住了
使用阿克罗马机器即可使岩殿居蟹恢复活力并与之进行战斗，用了一次之后阿克罗马机器就坏掉了
离开洞穴后发现等离子团护卫舰，水浪架好了上船的梯子让主角和劲敌得以上船
上船后进入上方的入口，与劲敌组队战斗
获胜后发现前面被高压电挡住了，需要分别踩四个机关解除高压电
出门下楼梯来到寝室区，遇到假扮等离子团的原等离子团团员
想要去四个机关的所在地分别需要从左上房间的左上传送点、左下房间的左上传送点、右中房间的左上传送点、右下房间的右下传送点到达
寝室里有一个团员会给你雷希拉姆与捷克罗姆的图鉴
踩下四个机关解除高压电后通过传送点会遇到维奥，并发现酋雷姆被囚禁了
之后再次与劲敌组队和维奥及等离子团团员交战，获胜后维奥又让暗之三位一体把两人扔下了船，紧接着等离子团护卫舰也飞走了
等离子团护卫舰飞走后切林赶到，说等离子团可能去了巨大洞穴
