二周目剧情比较分散
红豆杉博士的父亲来你家将图鉴升级为全国图鉴
接着出门遇到劲敌和他的妹妹，他的妹妹梦到一只索罗亚克在冠军之路等着你
新壁纸追加
来到飞云市，从右下方出城上天箭之桥
通过天箭之桥后到达矢车森林，在这里会遇到切林
与切林组队一起调查等离子团的踪迹，在深处遇上七贤人之一的阿斯拉，当年与抢走七宝市博物馆龙骨有关的他已经改过走上了与盖奇斯不同的道路，调查结束后切林离开
之后可以从缺口处往里走去思索之原，这里的NPC会告诉你关于毕力吉翁的事情
矢车森林外围的试炼之岩可以让队伍中的格斗系PM打出星之砂，每天一次
穿过矢车森林来到七宝市
进入博物馆之后芦荟会让你从羽毛化石和龟壳化石中选择一个
之后副馆长会带你参观博物馆
与黑白联动过的话进入图书馆中芦荟的房间可以触发芦荟、亚堤、亚坤三人相关的回忆剧情
从七宝市向右来到3号路，饲育屋坐落于此
通过3号路后来到三曜市，原本的三曜道馆彻底变为了餐馆
与上方的女性对话可以玩游戏，看准三只花椰猴的行动只出哪只带着大蘑菇，猜对的话爆香猴会为你送上大蘑菇，每天一次
与天桐、伯特、寇恩三人分别对话，如果与黑白进行过联动的话可以触发三人与暗之三位一体交战的回忆剧情
之后可以和三人中的任一人组队与另外两人进行双打对战，每天一次
天桐
LV65街头沙铃
LV65坚果哑铃
LV67花椰猿
伯特
LV65食蚁炉
LV65达摩狒狒
LV67爆香猿
寇恩
LV65勇士鲈鱼
LV65河马王
LV67冷水猿
从三曜市向右来到梦之迹地，遇到拉迪欧斯(黑2)/拉帝亚斯(白2)，经过追逐后发生战斗
LV68拉迪欧斯/拉帝亚斯
从三曜市向下来到2号路，穿过2号路来到唐草镇
从唐草镇向下来到1号路
如果与黑白进行过联动，这里会有一个NPC告诉你2年前鹿子镇出生的前作主角与等离子团战斗拯救合众的事
同样需要与黑白联动，快到鹿子镇时白露会出现并和你一起像当年和前作主句以及切林一起一样从鹿子镇走向1号路，之后发生战斗
VS白露
LV63长毛狗
LV63梦梦蚀
LV63师父鼬
LV63水晶灯火灵
LV63冷水猿/花椰猿/爆香猿
LV65君主蛇/炎武王/大剑鬼
