选择假名/汉字模式、为主角及劲敌取名后游戏正式开始
主角的家位于桧扇市
与妈妈及劲敌对话后去桧扇市左上方的天台，在那里遇到红豆杉博士的助手白露
选择初始PM，之后得到图鉴
向下走离开天台，劲敌也获得了初始PM，向你发起挑战
VS劲敌
LV5藤藤蛇/暖暖猪/水水獭
打败劲敌后白露带你参观PM中心，离开PM中心后遇到妈妈及劲敌的妹妹，得到跑鞋(按B可以跑步了)及地图
合众地图
从右上方出城来到19号路，白露会为你进行捕捉教学
教学结束后向右前进，中途会遇到阿戴克
来到算木镇后依然会见到阿戴克，他的家在镇的左上方，接下来从算木镇的右上方去20号路
打败几个NPC后来到算木牧场
劲敌会突然出现并发起挑战
VS劲敌
LV8藤藤蛇/暖暖猪/水水獭
战斗结束后帮忙寻找哈约克
在牧场的右上方发现哈约克与等离子团在一起，等离子团给了你技能机21撒气后就逃走了，解决时间后回到算木镇
回到算木镇后去阿戴克的家，进行两场战斗，对方使用的是花椰猴/爆香猴/冷水猴中的一只，第一只被你的主角PM克制，第二只克制你的主角PM
之后出门，入手奖章盒
接着阿戴克会让你回桧扇市挑战道馆馆主
回桧扇市的路上再次遇到阿戴克，获得蓝橘果
桧扇市的口袋妖怪学校就是道馆，来到后院后获得美味水，切林是这里的馆主
VS切林
LV11探探鼠
LV13小约克
获胜后获得普通徽章以及技能机83振奋
离开道馆后实况播放器登录了切林、白露和博士，劲敌也来到馆进行挑战
白露给你C-GEAR和技能机27报恩，之后就可以进行通信了
C-GEAR界面，大致功能与黑白相同
再次前往算木镇，这次要通过20号路去立涌市
刚到20号路时白露出现，对图鉴进行了升级，现在可以在图鉴中对某个地区分布的PM进行查看了，该地区PM全捕获的话会有标志
原本拦路的大叔和你打一场后就放你过去了
接着切林和劲敌会跟上来，切林告诉你深色草丛中可能会同时遇到两只PM
继续前进来到立涌市，刚到立涌市妈妈便通过实况播放器打电话来进行了联络
接着会看到玛钱与她的父亲发生了争吵，因为父亲想去口袋坞拍电影而不想当船长了
立涌市往下可以到达立涌联合长，与门口的NPC对话后与三位工人进行战斗，回来与该NPC对话可以得到技能机94碎岩
立涌市右下方有一个通往地下的入口，这里是立涌道馆
VS玛钱
LV16瓦斯弹
LV18车轮毬
获胜后获得读物徽章以及技能机09毒液冲击
打败玛钱正要离开时被一个星探看中并被邀请去口袋坞拍电影
从立涌市向上就能来到口袋坞，刚才的那个星探对你表示欢迎，之后与玛钱的爸爸一起去右边的放映厅看他刚刚拍完的电影
玛钱的爸爸扮演的正义的中年在影片中被邪恶的淡竹侠所击败，观众看得昏昏欲睡云里雾里
大受打击的玛钱的爸爸只好继续回去当船长
之后要与淡竹一起重拍这部电影，使用剧组提供的利欧路，依次使用发劲、急冻拳，台词选择“望むところだ!”即可顺利完成拍摄
完成拍摄后去右边的放映厅可以观看刚拍的电影
之后去立涌市右下方的港口，发现劲敌和玛钱正在与等离子团对峙，战斗后玛钱会给予秘传技01一字斩
接着去20号路追击等离子团，获胜后等离子团逃走了
回到港口，玛钱正在鼓励失落的父亲，之后乘玛钱的爸爸的船去飞云市
刚抵达飞云市时可以在港口右边发现一艘巨大的帆船
向上离开港口，小丑会给你自行车，另外如果你能找到飞云市中另外三个小丑(分别在三个建筑中)，回来再与他对话可以获得神奇糖果
