来到飞云市左侧的道馆，发现馆主亚堤不在，这时艾莉丝出现，表示她可能知道亚堤去了哪儿
跟着艾莉丝来到飞云市右下方，进入下水道
在下水道中与劲敌组队，所有战斗都是双打对战，每战后全员回复，往里面走可以发现等离子团
获胜后亚堤出现，劲敌会给予秘传技04怪力
接着阿克罗马出现，表示看上了主角的能力后离开了
接着可以去打道馆了
VS亚堤
LV22宝包茧
LV22石居蟹
LV24护子虫
获胜后获得昆虫徽章以及技能机76虫之抵抗
之后向上走，中途遇到阿克罗马，他自称是科学家，研究的课题是“将口袋妖怪的潜在能力最大化地开发出来”
继续向北走，在通道内遇到白露，获得用于探索隐藏道具的探测器
到了4号路发现被岩殿居蟹拦住了去路，阿克罗马用他开发的活性化装置使岩殿居蟹离开了，之后要与阿克罗马进行对战
VS阿克罗马
LV21小磁怪
LV23齿轮儿
继续前进来到加盟大道，通过后就能到达雷文市
在齿轮车站前会遇到异性主角以及列车长，与异性主角组队双打
VS升&降
LV26铁骨土人
LV26地幔岩
打败列车长后就能进入齿轮车站了，从异性主角处获得对战记录器
前作的道馆现在变成了游乐场，与最深处的NPC对话后再去道馆
新道馆在右方
VS小菊儿
LV28导电飞鼠
LV28绵绵
LV30雷电斑马
获胜后获得电压徽章以及技能机72伏特交换
离开时会受到观众们的喝彩
如果与黑白联动过的话进入音乐会会场额可以触发特殊剧情
在雷文市的左上方发现劲敌正在与等离子团对峙，打败等离子团后劲敌说出了他愤怒的原因：5年前他送给妹妹的扒手猫被等离子团夺走，感到自身无能的他决心要变强
从雷文市左上方来到5号路，白露出现并给予秘传技02飞天，之后她会告诉你关于隐之穴的相关情报，并带你进入一个有一只泡沫栗鼠待着的隐之穴，这只泡沫栗鼠的特性为隐藏特性连续技
之后与暴走族进行一场轮盘战，获胜后便可以通过帆卷吊桥了
刚到帆卷市就发现等离子团与原等离子团正在争执，劲敌出现赶跑了等离子团，原等离子团团员告诉你他们现在住在帆卷道馆附近的屋子里，希望你能去一趟
在帆巴市上方的屋子前见到了刚才的原等离子团团员以及七贤人之一的罗德，他希望与你进行一场战斗
获胜后劲敌也来了，一起进入屋内
劲敌质问罗德他妹妹的扒手猫的去向，罗德表示抱歉但他也无能为力，之后劲敌便挑战道馆去了
接着罗德会把N曾经的伙伴之一索罗亚托付给你
接下来去挑战道馆
道馆内一片漆黑，部分地板可以略微升起使你从较高处查看周围的情况
按上右下右右右右上上上左左左上右下右上的顺序进行移动便可见到亚坤
VS亚坤
LV31混混鳄
LV31穿山王
LV33龙头地鼠
获胜后获得震动徽章以及技能机78压路
