基本上，右边的高鲁多利两队骑兵只要交给阿尔弗列特即可；左方的敌军中除了埃赞尔本队外，其余人等亦不足为惧。事实上，笔者所培养的主角因为初期数值就很高，所以到了这一话其实力已经超过埃赞尔，只要拉姆达在后面替西古马的部队提升攻击力，即便面对埃赞尔也是小菜一碟。如果主角实力不高的话，也无须担心，因为女佣兵布琳达会率领大批骑兵登场，埃赞尔的步兵自然又会被“草割”。
战斗结束后，阿尔弗列特离开队伍回家去了。布琳达则向西古马表明来意，她想投靠基扎洛夫、在他的旗下工作。
SCENARIO 06 疑惑
西古马和拉姆达终于平安来到基扎洛夫的魔导研究所，并接受新的任务棗从魔族手中夺回“贤者之水晶”，基扎洛夫还提醒两人那水晶可能已变回原来的形态，即两柄持有强大魔力的剑，此外亦批准布琳达的佣兵团作为支援。西古马和拉姆达回到研究所的大堂时，发觉布琳达原来趁这段时间四处参观，拉姆达不禁起了疑心。
在斯比鲁山寨附近，阿尔弗列特正被追捕。原来他的父亲吃下阿尔弗列特带回的药后竟毒发身亡，于是他的哥哥阿尔维斯带同部下前来追杀。就在阿尔弗列特死守山寨时，西古马他们刚好经过便马上出手相助。
这一战的首要任务就是保住阿尔弗列特，因为我军与其相距甚远，且他又是NPC，乍看之下似乎是无法救得了的。实际上，当西古马走到一定位置就会让阿尔弗列特接受玩者的指挥，并令其打开山寨后门逃跑。接下来就简单得多，让阿尔弗列特往后方移动去对付敌骑兵，而西古马和布琳达直冲向上方收拾阿尔维斯等枪、步兵队，拉姆达则在中间援护。
总算是将阿尔弗列特救出险境，大家问明情况后觉得现在最可疑的应该是将药交给阿尔弗列特的克拉蕾特（一群笨蛋！最大的受益者通常就是罪犯，怎么连这一点都没有想到呢？）无论如何，阿尔弗列特已经无家可归了，于是便和主角们一起行动。
与此同时，Ⅳ代的主角兰狄乌斯已经击倒了伯赞鲁，夺回了圣剑兰古莉莎。伯赞鲁则以最后的力量将魔剑阿鲁哈萨托送离地下祭坛，兰狄乌斯他们的下一个目标就是西古马他们的主人基扎洛夫……
SCENARIO 07 埋伏
西古马他们赶到魔城地下祭坛时，发现那里已经空无一人，看来是被卡高西斯军抢先了一步。待众人走出祭坛时，发现周围弥漫着很浓的烟雾，拉姆达说这并非是普通的烟，而是能削弱体力的毒烟。此时众人发现埃赞尔将军居然早已率军埋伏在大厅，那毒烟自然是他搞的鬼了。
战斗一开始，全军就要以最快速度冲出烟雾的范围，否则每回合会被扣HP，因此也不要忘了把佣兵放在主将身边以便回复。敌人方面则并不是很强，数量上也有限，唯一比较强劲的也只有埃赞尔本队。不过现在有布琳达的骑兵在，应该也是不足为惧的。敌军中首次出现弓兵，采用突击的方法比较妥当。
另一方面，兰狄乌斯已经打倒了基扎洛夫、救出了自己的妹妹，并把圣剑兰古莉莎、魔剑阿鲁哈萨托一并还给大魔导师杰茜卡。杰茜卡要回天界，而爱慕她的马库雷（マクレ－ン）则有些依依不舍。待杰茜卡告别后，兰狄乌斯的姐姐艾米莉（エミリ－，即兰方特的副官）赶过来，兰狄乌斯将她交给兰方特照顾后，与众人一同回卡高西斯王国。
西古马一行在回魔导研究所的路上，布琳达的部下女佣兵赶来报告基扎洛夫被杀的消息，失去了主人的西古马和拉姆达一下子不知该怎么办才好。拉姆达向众人说明自己和西古马皆是基扎洛夫用克隆技术创造出来的人造人，而基扎洛夫作这些实验的目的是追求不死以及统治世界。最后，西古马决定先回魔导研究所，查看一下基扎洛夫留下什么资料。
SCENARIO 08 残照
西古马他们在回研究所的路上，拉姆达感受到路边一棵大树的呼唤并得知这个世界将会有异变发生。西古马认出那棵树和他们诞生的研究所内一棵树很相似，布琳达便说明这是植物之王“世界树”。世界树的成长有三个阶段，从幼苗开始50年称为银叶树，再成长50年称为黄金树，100年过后就能成为真正的世界树。当然眼前的这棵树显然还没有成为真正的世界树。
接着，众人又在途中遇到了搜索基扎洛夫残党的连邦军。其中一军官认出西古马正是打伤威拉提督的犯人，又是一场不可避免的战斗。本话的胜利条件是敌全灭抑或全员通过地图下方的石桥，因为第6回合艾米莉出现在右上方，其实力异常强劲，以现在的兵力是敌不过她的，所以还是将初期的敌军全灭后实行“战略性撤退”吧！基本上，到这一话结束后大多数角色可以进行第一次转职了。其他人并没有什么特别，唯有拉姆达的转职必须要衡量一番：转祈祷师的话，可以召唤土蜘蛛，虽然它不会任何魔法却能模仿别人刚使用的魔法且不会耗费任何MP（例如让拉姆达咏唱火魔法，紧接着选择土蜘蛛“使用魔法”这项指令，虽然系统会提示没有觉醒魔法，但此时按两次B键退出后，即可发现土蜘蛛能够使用火魔法且无须咏唱时间。估计这可能是个BUG）；反之，转为牧师的话，不仅自己可以习得回复魔法，且能召唤同样使用回复魔法的妖精，妖精使用回复魔法是不需要任何咏唱时间的。不管怎样转职，拉姆达最后还是要转回能使用“陨石”、“传送”、“再动”这三大魔法的大魔法使。笔者建议先将拉姆达转为牧师，因为在以后的战斗中回复魔法还是必须的，至于攻击魔法则无须担心，主角西古马可以在第2阶段转为魔法使然后第3阶段再转回剑士之王的，这样也就拥有两位魔法师了，再加上阿尔弗列特成长后亦可以使用魔法。
众人回到研究所，拉姆达启动记录研究成果的水晶，从基扎洛夫的立体映像中，得知贤者的水晶乃圣剑与魔剑的合体，30年前邪神甘多拉基路（ゲンドラジル）从艾路萨利亚大陆带来。至于素体西古马和欧米加是为了能使用圣剑而创造的，试作型的西古马只能发动此能力一回，因为这样会消耗大量的生命能量，再度使用的话就会死亡；完成品的欧米加可以无数次使用此能力。知晓贤者水晶的去向后，布琳达就怂恿西古马继续其任务，当然现在不再是为了基扎洛夫而是为了自己。现在确定手执两把剑的杰茜卡正在卡高西斯王国的菲济特港，等候前往艾路萨利亚大陆的船只。
SCENARIO 09 异变
西古马一行为了夺回圣剑而往菲济特港赶去，途中经过一座废弃的村庄时拉姆达突然觉得很熟悉此地并进入村中，她甚至还能准确地说出村中房屋的布局。拉姆达还自言自语地描述曾有一男孩和一女孩在村中的树下玩耍，接着她来到一幢大屋中，看到墙上有一画像，那是个温馨的家庭棗一对年青夫妇以及他们的子女。画像中的兄妹正是拉姆达记忆中在树下玩耍的孩子，阿尔弗列特则发现那女孩很象拉姆达，只是头发的颜色不一样。
菲济特港口，克拉蕾特找到了正在等船的杰茜卡，正在说话间，突然大批魔物出现在她们面前，领头的居然是魔将军加艾鲁（ガイエル）！天哪！这家伙怎么还活着？看来一千多岁的老头、老太还不只伯赞鲁和杰茜卡这两人，不过在记忆中加艾鲁应该是被Ⅲ代的主角迪哈尔特所杀，怎么……总之，加艾鲁出现在杰茜卡面前的目的自然是为了夺取圣、魔二剑，他以村民的性命要挟杰茜卡交出剑，而那个白活了千余年的女人竟然真的将剑交给了加艾鲁！（杰茜卡真应该好好学学同行莉娜·因帕斯，如果是后者的话肯定会说：“你以为这样做我就会说好的并马上照办吗？白痴！”然后必定使用“龙破斩”之类的大魔法将敌人、同伴、旁观者等一网打尽。）结果自然是加艾鲁一拿到两把剑后，照样令魔物们攻击村人。此时西古马他们刚刚赶到，见此情景自然要插一脚了。
战斗开始后，加艾鲁就会离开，因此根本无须把他考虑在内。这场战役的难点就是要保住杰茜卡、克拉蕾特以及村民们的性命。克拉蕾特似乎没有什么危险可言，杰茜卡就差到极点，真搞不懂号称大魔导师、每一集都出现并活了千年的她，为什么每次出场都是那么软弱还要兴风作浪，老是要让别人去救她，而且还特别会支使人跑东跑西、干这干那的。象现在又得去救杰茜卡，布置在北方的拉姆达可以用僧兵尽快收拾史莱姆，让阿尔弗列特的枪兵去对付攻击杰茜卡的敌骑兵。南方的西古马和布琳达可以从船上通过，敌水兵一定要等其上船后再攻击，水上战斗的话肯定是我方吃亏。
战斗结束后，阿尔弗列特质问克拉蕾特为何要给他毒药令父亲死去，克拉蕾特自然是一脸无辜的样子，而经过杰茜卡的证实，克拉蕾特给阿尔弗列特的药确实是一般的退烧药。那么，便是有谁暗中更换了药，最大的嫌疑者就是从阿尔弗列特的哥哥阿尔维斯和医生。布琳达则认为说不定阿尔维斯和医生串通一气，因为看他追击阿尔弗列特的态度多半是想杀人灭口。为了夺回圣剑和魔剑，杰茜卡与克拉蕾特急忙回艾路萨利亚大陆。剩下西古马一行正在商谈下一步行动时，马库雷匆匆赶到，询问杰茜卡的去向。当他看到西古马时似乎有些吃惊，而见到拉姆达时更兴奋地冲过去并叫她“玛丽安蒂尔”（マリアンデ－ル）。原来拉姆达就是马库雷的妹妹，两人一同被基扎洛夫抓获并送去改造，结果失败品的马库雷借机逃了出来，而西古马似乎是基扎洛夫的手下，曾经追杀过马库雷。拉姆达知道自己并非被制造出来而是改造的，她害怕如果恢复了玛丽安蒂尔的记忆后，拉姆达就会消失。西古马便安慰她，拉姆达和玛丽安蒂尔是同一个人，即便恢复了昔日的记忆，现在的记忆也不会消失，更何况还有他们这些一起冒险的伙伴们同在。拉姆达平静下来后，众人从马库雷口中得知兰狄乌斯他们用圣剑和伯赞鲁战斗之事，然后决定大家一同前往艾路萨利亚大陆。
