这个世界上至今仍残留着数千年前古代魔导王国的遗迹，可以从中发现他们曾经拥有惊人的技术并造就了足以制压此世界的恐怖力量。伊雷斯大陆的连邦王国地方领主基扎洛夫，在某个遗迹的石碑上发现了一首古诗。对昔日魔导王国遗留下的技术、魔导装置等深有研究的基扎洛夫，产生了追寻不死以及统一世界的野心，越发深入研究那魔导力量，并不惜采用人体实验。但是，基扎洛夫在看过那首古诗后，内心对古代魔导王国产生了深深的恐惧。为什么我们所居住的世界会有那么多战乱？为什么会有魔族存在？古代魔导王国是怎样灭亡的？这首古诗究竟想要告诉我们什么？基扎洛夫知道传说也有真实之处，例如圣剑兰古莉莎确实是存在的，那么难道这首古诗所描述的传说也是真实的吗？如果是那样，我们人类究竟是为什么而战斗？为什么而生存的呢？这个世界的真实，基扎洛夫是不能了解的也无法知晓了，那么做为“光辉之末裔”的你能够解开这个谜团、为千年来的圣剑战争打上圆满的句号吗？
红色的姐姐乃无慈悲的女王，持着威严俯视着我们；蓝色的妹妹乃无慈悲的战士，只冷冷地俯视着我们。空中的船乃死神之翼，将我们的灵魂运往地狱。向上仰望的我们是被虐者，充满着怒火藐视着天。红色的姐姐和蓝色的妹妹，二人并列在夜空中。席卷而过的战之炎，叹息、悲伤、愤怒、欢笑…我们紧握着拳，我们将矢飞射，无慈悲的姐妹漠视着，依然继续其生存之道。
我们的愤怒与此天空，所有的大地皆燃烧殆尽；我们的悲哀与此天空，所有的海洋皆万尺寒冰。终于无慈悲的女王，被驱逐此地巡游四方。然后无慈悲的妹妹，静静地沉睡等候姐姐。残留下憎恨的语言， 向着被冻结的星之世界，永远旅行的女王，经过200年的岁月，再度飞舞在这片大地上。不幸的种子扎了根，狂气的剑被挥舞着，此世的一切皆被剥夺。
SCENARIO 01 觉醒
主角从漫长的睡梦中醒来，看见有一陌生的女性站在他面前，并称呼主角为西古马066（Σ066），而她自己则叫拉姆达052（Λ052）。从拉姆达口中得知，主角和她分别是基扎洛夫为研究强化战斗力及魔力而被开发出来的人造人（素体），在某种意义上也可称是兄妹。因为拉姆达被强化了魔力，所以知识比较丰富，但缺乏感情；主角西古马则相反，力量虽被强化，但知识方面就比较贫弱，性格方面似乎也有些问题。（绫波丽和希罗·尤尔？）
正当两人考虑着接下来该干什么时，研究所内突然响起警报通知有入侵者出现。入侵者乃连邦罗休法尔地方（ロシュフォ－ル）领主雷因法路斯（レインフォルス）及其部下埃赞尔将军（アイゼル），他们的目的是夺取基扎洛夫研究的素体，也就是主角他们了。因为是刚觉醒的素体，所以无法发挥本来的实力，于是《梦幻模拟战》系列另一大特色棗第一话必然是逃跑，又充分体现出来。
这一战十分简单，双方都是主将光棍一条没有佣兵，且敌人也不多。玩者要做的就是让西古马和拉姆达逃至左上方的出口，因为雷因法路斯和埃赞尔的等级颇高，还是远远地避开他们为明智之举，不过另外两个普通军官就可以大肆“虐待”一下了。途中第三个素体欧米加137（Ω137）突然觉醒，可惜不是雷因法路斯的对手，被击败后的欧米加似乎心有不甘：“可恶！如果有兰古莉莎的话，这种程度的敌人……”因为欧米加引开了雷因法路斯，使西古马和拉姆达有足够的时间打倒那两名普通军官，然后全速往出口处移动。到达后，拉姆达用魔力驱使研究所中央那棵树的树根从地下冒出来，拦住追兵的去路，两人得以成功逃脱。
SCENARIO 02 追击
西古马和拉姆达离开研究所后，为了前往基扎洛夫处而经过一个山谷，却被佣兵团的韦拉玖（ヴィラ－ジュ）和布琳达（ブレンダ）发现。这两人似乎知道主角们是基扎洛夫的秘密武器，虽然现在的战争基本上和他们无关，但他们其实是偏向连邦及卡高西斯王国（カコンシス）联合军（即Ⅳ代主角兰狄乌斯这一方）。最后，韦拉玖派布琳达找机会和西古马他们接触，而她对这一任务充满信心。
从这一版开始终于可以雇佣佣兵及到商店购买道具了。本话的敌人是前来追捕两人的埃赞尔，如果先前人物设定的结果主角很强大的话（笔者设定的主角初期数值是AT34、DF24、AT 3、DF 3、佣兵数6），应该对这种程度的敌人不足为惧。更何况还有援兵出现，那就是杨威利……啊！错了，应该是威拉提督（ウィラ－）和塞蕾娜将军（セレナ）。因为看见主角们正被连邦军追杀，身为卡高西斯军最高指挥官的威拉便决定帮助主角，善战的塞蕾娜将军不消一会儿就将埃赞尔将军击退了。从这一战可以发现，主将是占地图四格位置，而佣兵则占一格（骑兵等体积大的佣兵也占四格位置），所以主将的站位必须注意，否则很容易将自己佣兵的行动位置给堵住。待威拉提督离去后，拉姆达告诉西古马，卡高西斯军是他们的敌人。
在附近一个城镇中，连邦地方领主罗克威尔（ロックウェル）的次子阿尔弗列特（アルフレッド）为了替父亲找寻医治热病的药而四处奔波，此时他遇上来自另一个大陆（即圣剑发源地艾路萨利亚大陆）的少女克拉蕾特（クラレット）。克拉蕾特很亲切地将药送给他，两人便一起上路了……
SCENARIO 03 攻击
在雷因法路斯的居城内，他正与参谋塞洛（ゼロ）谈到有关“树”、“船”、“素体”的事，虽然塞洛怀疑单靠埃赞尔能否完成任务，但雷因法路斯则依然充满信心，不过他也承认素体的潜能比他想象中要高。
阿尔弗列特和克拉蕾特来到一个名叫古罗克斯的镇上，此镇已经被卡高西斯军的高鲁多利队长（ゴルドリ－）接管，他看上克拉蕾特的美色，提出要收取10倍的过路费，否则便要克拉蕾特用身体来支付……克拉蕾特当然不肯就范，拖着阿尔弗列特一起与卡高西斯军交手。就在此时，西古马和拉姆达路过，目睹这一情况西古马提议去帮助他们，拉姆达考虑到能够削弱卡高西斯军便同意援手。不过，克拉蕾特看到西古马后立刻变得很奇怪，似乎是认得他，接着她便会藉词逃走，留下阿尔弗列特孤军奋战。
这一关的敌人并不多，总共只有三支部队。阿尔弗列特和克拉蕾特这两队NPC一开始便往东面逃，克拉蕾特会一直移动到版图的东方并离开战场，而阿尔弗列特则会步向东面的树林处。因此，西古马和拉姆达也要往东方快速移动。在东面栅栏中有一敌枪兵部队，将其收拾后，与阿尔弗列特会合，他就会仲间交由玩者来控制。敌首领高鲁多利队长乃骑兵，只有阿尔弗列特的枪兵才能对付他，不过骑兵是无法进入栅栏内的。所以大可将敌人另一支步兵诱入栅栏内，由西古马和拉姆达去收拾。阿尔弗列特则留在栅栏内，让其佣兵去对付停留在栅栏边缘的高鲁多利。
战斗结束后，阿尔弗列特担心回家途中会再遇上这种事，于是便和西古马他们一起上路。此时阿尔弗列特抱病的父亲罗克威尔与兰方特将军（ランフォ－ド）的父亲兰贝尔德（ランベルト）谈起往事，不由感慨万千。罗克威尔的长子阿尔维斯（アルヴィンス）进来送药，打断了两老人的回忆，兰贝尔德打算离开时罗克威尔似乎有话要说，但最后还是没有说出来。
SCENARIO 04 突破
正当西古马他们打算穿过古罗克斯镇离开时，被一度打败的高鲁多利又追了上来。此时威拉提督正好停留在镇内，拉姆达便要西古马乘机在此击倒他，以便阻碍卡高西斯军的行动。西古马虽然明白以他们的立场来说这是应该的事，但对救命恩人出手总是有点不舒服……
威拉提督从身旁的将士口中得知有关高鲁多利队长胡作非为的事，但此情此景只能火速从北门撤退而非与高鲁多利对质。本话的条件就是在20回合内击倒威拉提督抑或敌全灭。因为高鲁多利和威拉的护卫队皆是骑兵，而我方只有阿尔弗列特一队枪兵，情势就有些吃紧。先派阿尔弗列特和拉姆达分别对付南面的高鲁多利以及一枪兵部队，西古马则负责追击威拉提督。注意千万不要让西古马的部队太靠近威拉提督，否则会遭到其护卫骑兵的攻击，只要保持一段距离跟在后面即可，因为南门两支敌军被消灭后，西方会出现敌增援，此时就可以让西古马去对付该增援部队。收拾掉南门的敌军后，阿尔弗列特和拉姆达就要全力赶往北面，与西古马会合。所幸威拉提督移动得很慢，在时间上还是来得及，至于其护卫骑兵大可交于阿尔弗列特对付。如果赶时间的话且又对西古马的实力有信心，也可以让拉姆达替西古马增加攻击力，令主角去收拾护卫骑兵队。
当西古马他们成功地击败威拉提督并从北门离开后，塞蕾娜将军终于赶回来。威拉提督把高鲁多利队长传来问话，得知他私自向旅客和该镇的居民收取过路费以及高额税收，威拉提督对此大为不满，而本就是山贼出身的高鲁多利亦无法忍受如此严格的军纪，决定带同部下离开。
SCENARIO 05 僻村
在山路上，阿尔弗列特因为快要到家了而显得非常开心，并述说亲情的快乐，但这对于身为素体的西古马和拉姆达来说，似乎未能带来任何共鸣，不过两人至少相信自己并非是孤独一人。当他们经过一座受战争影响而荒废了的村子时，发现打算伏击他们的埃赞尔，而刚被威拉炒鱿鱼的高鲁多利亦同时赶到，于是主角们要一口气对付来自两方面的敌军。
