亚赞真的是一个很好的人啊，你看，他又带了一部MK5来孝敬我们了……照上次那样把他抓起来。将敌人打到只剩两机的时候，巴斯可命令强化人零?村雨出击迎敌，这时可以让AA靠近他并交信，阿鲁夫博士会说服零，零听了阿鲁夫博士的话后顿然醒悟，决定再不听巴斯克的指使而加入我军，全灭剩下的敌人后即可过关。
战斗结束后ARU队和WB队（其实现在主舰已经换成ア—ガマ了，所以以后改为AG队）复归，两舰长都觉得已经不能再继续听加米托夫一派的指使了，遂决定离开联邦军，并且还拥护玛琉舰长为新舰队的总指挥官。为了揭发OZ的罪行，J博士提议让雷比尔将军来发表演讲，可是雷比尔将军现在却被OZ软禁了，于是众人决定要先救出雷比尔将军，在那之前，要先到月面上的基地去进行修理和补给，所以舰队开始向月球进发。但是在半途中AA的推进剂已经见底了，所以就要到附近的殖民卫星“香格里拉”进行补充。
在机库中，罗兰看见了新制的粉色强袭高达，他以为吉良什么时候喜欢上了这种恶趣味的颜色，没想到却激怒了旁边的卡嘉丽，原来这部强袭是她的……
Ex第五关：香格里拉的少年?Young Newtypes
听说有联邦军的战舰要入港，捷多(ジュド—=アシタ—)就想和几个朋友一起到战舰上去偷一部MS来……潜入成功后，捷多在机库内发现了Z高达，正在欢喜的时候，高达X的主角-卡罗德(ガロ—ド=ラン)出现了，原来他也想来这里挣点外快，可惜却被捷足先登。正当两人开始争吵之时，阿鲁夫博士发现了他们，情急之下捷多乘上Z高达就跑，而卡罗德也紧追其后，布莱德刚想叫住两人，却发现三艘战舰都出了问题无法控制了，原来是捷多装置好的陷阱，偏偏此时玛?库贝又出现在此地……捷多和卡罗德只得暂时休战先对付共同的敌人……
一开始两人先向下移动，第二回合开始后阿姆罗和勇会来增援，同时玛?库贝也亲自驾机出击，和他一起出击的还有玛丽安（这回是本尊了……）。用勇和玛丽安交信后玛丽安就会加入我方，她的坐机丘贝蕾（キュベレイ）带有浮游炮（ファンネル）是非常强力的武器能远程攻击也能直接攻击且对象是敌整个小队。用阿姆罗击倒玛?库贝可以得到特殊奖励。敌军中的那部扎古3(ザクIII）记得要抓到手。
几个小偷被押到舰桥，捷多在妹妹莉娜(リィナ)的威胁下只好乖乖道歉，接着莉娜又命令捷多他们几个在舰上劳动以将功赎罪。穆对卡罗德的身手挺中意，遂邀请他留在舰上，卡罗德也爽快地答应了。J博士又设计好了EZ-8两种新的改造方案，玩家可以根据战况或是自己的喜好来改装。
补给完毕正要离去时，突然有求救信号传来，原来是玲(レイン=ミカムラ)乘坐的太空梭被OZ的部队攻击，多蒙一听到马上就驾驶闪光高达出击，玛琉舰长也下令全军跟上。
第十三关：月世界的门?Ambition of OZ
太空梭情况紧急，哈里（ハリ—=オ—ド）为了保护玲和她的父亲而单枪匹马出击，此时我军即时赶到，多蒙更是发动了明镜止水，誓不让OZ碰玲一跟毫毛。
本关敌人有三位强手，分别是OZ的“闪光伯爵”泽古斯?马其士（ゼクス=マ—キス）和那BT福罗斯特兄弟，不过在多
敌人的增援中有两部丘贝蕾，最好是将它们捕捉到，MAグロムリン在HP低下时会逃跑且不能捕捉，所以要用较强力的攻击将其击破。击倒グロムリン后它就逃走了。
战斗后哈里等人来到舰桥说明了被袭击的经过，原来是OZ袭击了月之民的居住地冯市（フォン?シティ），并且囚禁了月之民的女王迪阿娜（ディアナ），哈里只能带着玲和她的父亲逃出来，而且多蒙的父亲也被囚禁了。玛琉舰长于是决定要去营救出女王，并决定用舰队本队来吸引敌人注意力而派遣别动队前去救出女王。
第十四关：月之民?Help the queen,Diana
本关的敌人都带有I力场等护罩，对射击武器的防御能力很强，所以要尽量挑选格斗能力较好的机体出击。一开始的敌人并不是很强，用格斗攻击或是浮游炮类的武器就可以解决。
外头的战斗开始后，希罗等人成功潜入了冯市。众人正在通路前进时，诺因（ルクレイツィア=ノイン）出现并告知前方路上有守卫，并将众人带往女王的所在地。哈里不明白她为什么要帮助我们，诺因说这都是泽古斯指示她做的。第二回合开始后众人终于见到了迪阿娜女王。
第四回合开始后，罗兰驾驶着迪阿娜女王授予他的TURN A高达登场，迪阿娜女王也会转移到AA上，这时如果敌人中的フィル和ボゥ还存活的话，可以让AA和他们交信说得他们。同时泽古斯因不满OZ利用人质这种卑鄙的行为而加入我方，而诺因则带着迪阿娜女王先行归舰。同时新的敌人在左方出现，要注意的是ビルゴI带有可防御所有射击武器的护罩，所以一定要用射击以外的武器来攻击才能奏效。
清光地图后，敌人宣布投降。而福罗斯特兄弟早带着多蒙的父亲卡修博士到了宇宙，原来他们的目的是卡修博士正在研究中的ULTIMATE高达……
独立舰队的下一个目标是OZ的宇宙要塞巴鲁基（バルジ），雷比尔将军正是被囚禁在那里，迪阿娜女王也会让自己的舰队加入战斗。此时J博士又带来一个好消息，现在机体可以进行二段改造了，只不过所耗费的金钱数目大得惊人，如果玩家金钱不够充裕的话，还是多多去索敌捕捉敌机来卖钱吧。
第十五关：巴鲁基攻防战?Challenge to OZ
