本关是ＷＢ(ホワイトベース，简称WB)队击毙吉恩军司令卡鲁玛?扎比(ガルマ=ザビ)的剧情，夏亚(シャア)的复仇计划第一步。我方的目标是将敌人引到ＷＢ的埋伏范围内，一开始布莱德会作出说明，红色的区域即是。让阿姆罗上前和夏亚交手会发生对话，阿姆罗和敌军中的库库鲁斯（ククルス?ドアン）交手后也会发生对话，然后可以交信（这是进入ＥＸ第一关的条件）。当卡鲁玛所乘坐的母舰进入范围后，会发生原著剧情，ＷＢ将卡鲁玛击毙，同时敌军的其他母舰也会撤退，但是ＭＳ部队会留下来，所以这时候就可以放开了随便打了，如果可以的话抓一部扎古回家收藏收藏。
Ex第一关：库库鲁斯的岛?Desert soldier
阿姆罗出舰侦察后被不明炮火击中，醒来后发现自己身处一座小岛中，原来击落他的就是在上一战中交手过的库库鲁斯，这时却有数部吉恩军的扎古来袭，原来库库鲁斯为了保护孩子们而当了逃兵，而吉恩军是来清理门户的。
第二回合库库鲁斯就会出来支援，两人将扎古队全灭后又出现了新的敌人，这时库库鲁斯怒槽爆发，发动ＳＵＰＥＲ模式……将敌军全灭……然后母舰来到，接走了阿姆罗，同时库库鲁斯为了能保护更多在战争中受苦的孩子，也加入了ＷＢ队。
第四话：吉恩的威胁
WB队在前往联邦军总基地加布罗的途中。在经过沙漠的时候，和吉恩军的王牌机师--“青色巨星”兰巴?拉鲁(ランバ=ラル)所带的部队遭遇。
本关敌人还是不太多，开战后，塞拉（セイラ)会驾驶核战机出击挑战兰巴，但是却被重创（HP减半）。这时可以让WB和塞拉邻接后交信，塞拉就会重新听从指挥。数回合后，阿鲁夫（アルフ）博士带着勇(ユウ=カジマ)的BD小队出现在左上方，同时在左下方也出现了乘坐着同样拥有EXAM系统的依夫里特(イフリ—ト)的尼姆巴斯(ニムバス)。这时可以让勇发动BD-1的EXAM系统（用ID）然后再和尼姆巴斯交战，由勇打倒尼姆巴斯的话可以得到奖励点数。
过关后，WB队决定与同在沙漠中的AA队会合。
第五话：沙尘的尽头?Desert tiger,Blue giant
在AA队和WB队会合的时候，ZAFT军号称沙漠之虎的安多留?巴鲁特菲鲁德(アンドリュ=バルトフェルド)来袭，在沙漠之虎开始进攻后，兰巴?拉鲁所率领的吉恩军也开始了进攻，我方呈被敌两面夹击之势。
本关可令WB队和AA队分别迎击上下两方的敌人，WB队方面，最好是让塞拉和阿姆罗编在一队，这样和兰巴交战的时候就可以一次性对话完毕，多运用钢加农(ガンキャノン)和钢坦克(ガンタンク)的远程攻击分散敌人然后再加以各个击破。勇的队伍最好是去支援WB队。
在AA队那边，第一回合结束后卡嘉丽(カガリ)就会率领游击队乘扎古出击，同时罗兰也会乘座MSフラット在左方出现，不过这时候他们都是友军，可以让大天使号靠近卡嘉丽进行交信，然后他们就会加入我方。吉良也可以和卡嘉丽进行交信。敌军的MA巴库（バクゥ）实力较强且都带有远程武器，如果能让AA受重伤的话，吉良就会发动SEED，这样就容易多了。
战斗结束后得到新的补给，强袭高达的空战装备也得手了，还有强化了的MC高达，马上就要开始奥得塞攻略战了。
第六话：哀战士?Battle in Odessa
本关是与“青色巨星”队和“沙漠之虎”队的决战，我方的小队配置最好是和上一关相同。
开战后，建议先攻击兰巴队，由阿姆罗击倒兰巴后会发生剧情，兰巴自尽而亡（如果在击倒兰巴之前先击到他的妻子哈蒙（敌母舰）的话，可以进入EX第二关）。沙漠之虎方面，由吉良将安多留击倒后也会发生剧情。将敌人消灭到一定数量以下的时候，在地图中央的湖下方，黑色三连星会带着四队扎古增援，让阿姆罗攻击黑色三连星小队的话会发生剧情，玛奇露达为了掩护阿姆罗而被黑色三连星杀死，而阿姆罗也在这个时候击毙了三连星中的马修。事件后，三连星的其余两人撤退，可以放心打扫战场了。
战斗结束后收到消息，雷比尔将军已经成功拿下奥德塞，吉恩军的玛?库贝司令（マ=クベ）逃往宇宙。同时，雷比尔将军将AA队和WB队编成为第十三独立舰队，并任命AA为旗舰（终于，0079被SEED完全压过了……），玛琉为舰队的总指挥。这时警报响起，原来吉恩军已经开始了加布罗攻略作战，在空中更是出现了由爱娜（アイナ）驾驶的MA阿布萨拉斯(アブサラス)……
Ex第二关：战斗只能加深仇恨?A song of hate they hear……
安多留的情人爱沙为了给安多留报仇而带队来袭。在第二回合会有两部敌机增援，让吉良攻击爱沙会有对话，第三回合结束时，哈蒙会驾驶着装满了炸药的陆上战舰出现欲撞击WB，现在玩家的首要目标就是要击毁哈蒙的战舰。将敌人全灭后，吉恩军的残党也投降了，但是突然出现的联邦军的巴斯克却
第七话：突袭加布罗?Jabro raided
阿鲁夫博士制造好了高达BD3，并将其交与勇。在地面上打得热火朝天时，夏亚正率队偷袭加布罗的地下港。
本关一开始敌人出现在地图的右下角，在正式开始战斗后，尼姆巴斯偷取了高达BD2在地图的右方出现。而乘上了BD3的勇也已经出击，当然对付尼姆巴斯的最好方法就是让勇发动EXAM后用特技攻击。第二回合开始后08小队的西罗（シロ—)带队在地图左方出现增援。将敌人消灭到一定数量的时候，爱娜乘坐着MA布萨拉斯出现在地图左下方，同时黑色三连星的剩余两位也驾驶着新型的MS加入战斗。当夏亚攻击WB的时候会发生剧情，伍提为了掩护WB而被夏亚杀死，而塞拉和夏亚交战后双方可以交信。击退爱娜后，西罗和原著剧情一样追击阿布萨拉斯而去，全灭敌人后，总部也传来了撤退命令，原来加布罗已经完全失守了，众人正要离去时，那该874的福罗斯特兄弟又出现了，不但自身乘坐着高达，还带来了一批阿布萨拉斯……
此时玩家的任务就是要让AA逃离到地图下方区域，玛琉舰长会指示出来，接着就是……逃吧……
