第十六关（BOSS战）
搞定完喽喽后终于要面对那群杂兵的老大——绿色怪物osborn了，就在蜘蛛人和怪物的osborn的战斗即将打响之时，突然背后有一人横插一杠子将蜘蛛人PIA飞，原来竟然是先前被蜘蛛人放倒的那胖子，胖子见到了自己被弄的一团糟的房间和眼前的绿色怪物大怒道：你小子难道想反水（先前两人是同盟关系）却被告知自己只不过是被他利用的一个道具而已
任务：操纵怪物博士osborn打败胖子，胖子会在连续冲撞2次后敲打地面然后把自己震晕，趁这个时候去猛K他。
第十七关（BOSS战）
就在怪物osborn打败了胖子并且准备将它从高楼抛下的时候，三驾战斗直升机及时的出现，在一阵枪林弹雨的袭击中怪物不得不扔下胖子独自逃跑，而蜘蛛人也紧随其后离开回到自己的线人处，在从线人处了解了情报后，蜘蛛人来到了一个名叫osborn实验室的秘密实验室并在那里揭开了一切悬念的答案，原来那个神秘的绿色怪物就是那里的那个疯狂博士osborn，不仅如此，为了彻底打败蜘蛛人，osborn还为远到而来的蜘蛛人在那里准备了一个更强力的使用电作为武器变异人对手。
任务：操纵蜘蛛人打败电击BOSS，只有在BOSS发完电击的时候才有攻击判定，由于打到这里基本全部升级能力都已经加满全部技能都已学会，所以应该毫无难度可言了。
第十八关
画面一转又转到怪物osborn处，为了实现自己的野心osborn决定先向纽约市警察局局长nick fury复仇，这么想着怪物osborn便来到nick fury的航空母舰上企图将nick和他的手下一起炸死在航母上。
第一小关任务：找到2个引擎毁灭之
第二小关任务：找到残余的2个引擎毁灭后去甲板找到nick fury
第十九关
当蜘蛛人顺着爆炸产生的浓烟寻觅而来的时候，怪物已经先蜘蛛人一步将nick fury和他的手下连动他的航母炸毁，废墟中蜘蛛人找到奄奄一息的nick ，nick 则向蜘蛛人发出了拯救码头和航母上的人类的请求并向其指出了怪物所在的方向。
任务：在变异人杀死人质前解救人质，全部完成后通过被火焰包围的航母找到出口离开（这一关巨难）
第二十关最终BOSS战
在nick fury的指引下，蜘蛛人果然在火焰包围的航母的甲板上找到了一切事情的罪魁祸手—怪物osborn，经历了这么多事情，终于到了该到了划上句号的时候了。
任务：操纵蜘蛛人打败怪物博士osborn。最终BOSS战，蜘蛛人VS怪物科学家，比较难打的一关，主要是怪物的能力太NB了，尽量磨HP吧，多用L闪避飞行道具，遇到怪物放大绝招就闪人。
在正义的力量面前邪恶无所遁形，虽然怪物osborn拥有强大的力量但面对蜘蛛人依然不敌，最后的结局比较恶搞，正在蜘蛛人和nick对话的时候nick无意间说了一句，对了，你的朋友了也来帮忙了。“朋友”蜘蛛人感到很茫然，接着等了一会就看见美国队长、闪电侠等英雄纷纷出现在帮着修理屋顶什么的（KUSO啊），最后那个队长居然还跟蜘蛛人说：你就回去吧，这里有我们（马撒噶，这群小子是来抢饭碗的）
最后的最后，画面一转转到先后被蜘蛛人和怪物打败的幕后黑手胖子处，在胖子的办公室里胖子和他的手下们奇聚一堂，胖子看着窗外的纽约市喃喃自语道：“在这个城市—纽约，现在对我们最大的威胁——蜘蛛人！！”（看到这里大家都明白了吧，看来出第3集是应该在意料之中的事情。）
