第五关
画面一转又转到蜘蛛人那里，话说某日正义的英雄蜘蛛人正和往常一样穿着蜘蛛服巡逻在纽约的市区之上，突然一阵爆炸声和惊慌失措的人群引起了他的注意，仔细调查之后才发现原来是有犯罪分子在闹事并绑架了人质，纽约果然是犯罪之都啊。
任务：消灭犯罪分子解救人质，同前一个拯救任务一样，人质身上有安全指数，它会不断的流失，只有KO了犯罪分子，它才会停下来。路上遇到着火的地方可以打坏路边的消防龙头来灭火。这次的人质分2种，一种是没受伤的，这种只要将绑架了他们的犯罪分子KO就可以了，还有一种是被压在诸如汽车下面之类的，需要先将汽车搬走，然后抱起他们到指定的安全区域才可。全部人质解救完毕后还要消灭6名犯罪分子，全部完成后找到出口才可过关。
第六关（BOSS战）
就在蜘蛛人彼得刚刚平定绑匪的混乱之时，又有一个猥琐的怪物出现了。大叔，美国漫画英雄那么多，为啥大家就爱找我的麻烦啊。没办法既然人家都找上门了，那只能一个字——打。
任务：打倒BOSS，BOSS大概是猩猩一类的强化人，行动和猩猩非常相象，移动速度很快并且经常要爬上墙壁发呆（汗），BOSS爬上墙壁和跳下墙壁的瞬间会对蜘蛛人产生麻痹效果，有时还会突然从墙上跳下来翻起地上的路面进行攻击。比较安全的打法是躲过BOSS的冲撞攻击趁它在墙壁上不动的时候打或在BOSS背对蜘蛛人的时候放蜘蛛丝将它缠住后再打。
第七关
经过前面2个怪物的袭击，蜘蛛人对事情感到有点不安，毕竟才一会的时间就出现了2个变异人，于是便找到了自己的线人，线人告诉了他一个重要的情报，在纽约市区的一撞高层建筑的某份文件里可能会有他想要的问题的答案。于是蜘蛛人便趁着天黑企图悄悄潜入那所大楼。
第一小关任务：拯救人质的任务，同前几关的拯救任务一样，在犯罪分子杀死人质之前解救人质，全部人质解救完毕后，在消灭6个恐怖分子，最后找到入口潜入大楼。
第二小关任务：潜入大楼后这里要充分利用NDS的触摸功能完成几个任务，本关要求玩家在1、2、3各个楼层分别找到3个控制激光的开关和警报器关闭（有时间限制）以及封住三个源源不断的有小喽喽出现的门，然后在去大厦的顶层即可。关闭警报器和封门需要利用NDS的触摸功能完成，具体操作如下，找到警报器后在蓝色区域按X然后需要按照电脑提示的正确的顺序依次点击下屏中的按钮，注意一定要当按钮完全呈现的时候才能点，在规定时间内全部完成即可关闭警报器。另一个任务是用蜘蛛丝封住有源源不断的小喽喽出现的门，具体做法是在门前的蓝色区域按X然后按照电脑提示的顺序快速正确画出图形，注意一定要快，因为在画的时候小兵是源源不断的一直出现，经常画到最后一步的时候被来上一拳，那感觉真是无法形容的郁闷，感觉这个其实是本关最大的难度。
第八关（BOSS战）
当蜘蛛人费尽九牛二虎之力摆脱底下的那群喽喽来到大厦的顶层的时候，在里面等待着他的竟然是一个穿着性感的神秘女性，那女的看了蜘蛛人一眼道“能来到这里你小子还真有两下子嘛？不过遇到了我算你倒霉！明年今天就是你的纪日了”。
任务：打倒BOSS，BOSS的主要攻击方式是前半段时候飘在空中发手里剑和会走路的蜘蛛炸弹（落到地上后会变成机械蜘蛛，碰到后会自爆），跳着打将她打落，然后逼在角落进行连击。后半段将她的HP打掉一半后会跳到地上来掏出根棍子进行攻击，这时候不要跟他客气了，先放蜘蛛丝将她捆绑住，然后就华丽的将BOSS推倒吧（BOSS：推倒？你想干吗）。
第九关
就在蜘蛛人自以为放倒了神秘女性已经安全的时候，背后黑暗中一双大手突然掐住了他的脖子。“这可不是象你这样的小蜘蛛该来的地方”顺着说话的声音看去只见黑暗之中站着一个身高体形皆比蜘蛛人大好几倍的光头大叔。“啊~哦，既然不受欢迎，那我这就离开，不过临走前有一份东西我就华丽的收下了”蜘蛛人冷笑着PIA一脚踹飞光头胖子，跳出二丈远从手上射出一条蜘蛛丝沾住了一份文件随即便消失在纽约的夜色中，却只听的背后那光头愤怒的咆哮“你丫给老子等着”。根据文件上提供的信息，蜘蛛人来到了文件中提到的那所建筑内。
第一小关任务：路上拯救行人，进入建筑后找到开关关闭后进入建筑内部
第二小关任务：找到开关一路走到底找到自爆装置引暴后在规定时间内迅速返回出口
第十关
在那撞神秘建筑里蜘蛛人见到了同自己有同样目的的纽约市警察局局长nick fury，nick给了蜘蛛人一个什么东西并告诉了他一些信息，接着蜘蛛人又从线人那里了解到了一个可疑的秘密设施的地址，为了搞清楚这些事情的关联，他又来到了那所秘密设施。
第一小关任务：潜入进秘密设施调查内部进行的可疑活动，注意闪避或消灭路上的监视摄象头，对付监视摄象头可以用R键的蜘蛛丝将其位置固定，让其不在四处移动，被摄象头拍到的话会刷出2个小兵，最后找到2台机器用触摸屏关闭找到入口进入秘密设施的内部。
