在迷宫的第二层，二人决定分开来寻找。如果选择哈利的话，要用Diffindo切断绳子来开启机关；如果选择Hermione的话，则需要先将下面的木桶击破，使隐藏的机关显现，然后将其中一只木桶移动到上面开启机关。二人会合后，继续前进，下面的水流需要按动墙壁上的把手才能关闭。进入第二扇门后，首先在中间的通道内拾得Valve Handle，将其安在上面通道内空缺的水管上，就会有水流出来，再配合Glacius魔法就即可通过。第三扇门中是用冰作的小机关，也没什么新意，只要仔细观察一下落脚点就可以了。最后返回原处，使用Glacius魔法将喷泉冻住，轻松通过。
在楼顶终于找到了Ron和他的宠物鼠Scabbers，但却得知这不过是一个陷阱，刚才那只黑狗其实是天狼星Black变成的，他是一名化兽师(Animagus)。Black这时出现，但他并非要杀掉哈利，而只是想告诉他事情的真相。Lupin教授此时也来到楼顶，并与Black合力向Scabbers施展魔法。令人惊讶的事情发生了，Scabbers竟然变成了一个人！Black解释说，其实Scabbers只是这名化兽师变成的而已，他的真名叫Peter Pettigrew，是Lord Voldemort的间谍，也就是他背叛了哈利的父母并嫁祸给Black。Lupin教授想杀掉Pettigrew，但被哈利所阻止，因为他不希望他父亲的朋友成为杀人凶手，于是众人决定将Pettigrew送进阿兹卡班监狱。
2人原路返回(为什么Ron不跟着一起走?太伤心了?)，击败挡路的森林食人妖后，离开了迷宫。在大树外，众人遇到了前来抓捕Black和Lupin的Snape，并且完全不理会哈利和Hermione的解释。Black见说服不了他，索性一棍将其击昏。众人正在行走间，Lupin突然因为看到满月而狂性大发，并变身成一只狼，Black见状只好又变成黑狗与其抗衡。就在众人把注意力集中在他们俩身上时，Pettigrew突然将看守他的Ron击倒，并变成老鼠逃走了。哈利他们正要追赶Pettigrew，忽然从树林里冒出4个狱卒围攻哈利，哈利按照Lupin曾教授的魔法进行防御。这时又进入第四个小游戏，不过即使一分没得，也照样过关，令人不禁感觉这个小游戏做得有些摆设了。
当哈利醒来时，发现Ron、Hermione和自己都躺在医院里，而Black正在等待狱卒的判决。在医院里，Dumbledore教授来访，并且暗示允许他们使用时空转换器(Time Turner)来拯救鹰马Buckbeak和天狼星Black。Hermione于是启动时空转换器，二人回到了过去。冲破怪物的阻挡后，首先趁Hagrid不注意，将Buckbeak拐带走(- -)，来到右下方的Lake，发现变成狼人的Lupin正要攻击过去的自己，于是哈利他们与Lupin展开战斗，连鹰马Buckbeak也加入战场，可惜它是电脑自动控制的，不然可以看看它有什么好技能……真不愧是黑魔法防御术的教授，对魔法的抵御力量就是强，最强魔法也只能伤他1点，没办法，只有用特技了。没想到堂堂的魔法高手，在这种场合竟然还没有鹰马的物理攻击伤害多，看来魔法也不是万能的啊。好不容易击败了Lupin，这时狱卒也围了上来，哈利见状高喊“Expecto Patronum！”召唤一只白鹿保护过去的自己。之后，哈利与Hermione约定二人分两路向西方之塔进发拯救天狼星Black。这时进入第一个小游戏，游戏结束后，二人来到屋顶(Rooftop)之上。刚走没多远，二人就因为地形的原因要分开行动。其中如果选择Hermione的话，要使用Glacius魔法打开右面的冰门；而如果使用哈利的话，则要躲避喷射的火焰。这时狱卒们也开始行动了，必须抢先一步找到Black！二人会合后正要赶往营救Black，却遇到Malfoy的阻拦。这个坏家伙以前没机会揍他，这次总算逮到了^^这家伙虽然魔法攻击力十分强横，但毕竟对于魔法没有免疫力，轻松拿下。之后Black乘坐Buckbeak逃走了，哈利的冒险也就此告一段落。
