来到中国,突然出现的神官西蒙，他说出主角手里的翼神龙还未觉醒，回去与依西兹商量后, 得知要使用翼神龙必须懂得古代神官文字,而现在懂得古代神官文字的人只有他的弟弟——马力古，但他现在在埃及过着新的人生。主角一行人决定前往埃及，在埃及见到了里斯度（纹身和尚）得知众人来意后指出马力古,不能见众人，正准备硬来时马力古要众人入内。这时马力古正为父母的墓碑祈祷，之后向众人解释翼神龙是最强的神卡，但要考验主角是否有作为神的持有者的资格。胜利后马力古替主角解放了翼神龙的力量。但翼神龙最强的姿态是不死鸟，众人期待着其在帕伽索斯城发挥其无敌的神力。而门外里斯度则说解读古代神官文字耗去了马力古不少时间，希望在其赎罪期间不要再来打扰。
再次前往中国,西蒙得知翼神龙的力量觉醒后要考验主角，追踪他来到长城时之迷宫，打倒守门的喽罗(LP3000)后,他会告诉你一个怪物名,要记住哦.5连胜后神官西蒙会问你刚刚顺序怪物名字,选项是2,1,然后就会向你挑战，战胜后他说会在帕伽索斯岛为大家寻找揭开结界的办法。
来到帕伽索斯岛,海马已经先进去了，在坐电梯的时候有个帕伽索斯发型的变相怪杰向你发难(LP10000),被3只车轮战后接下来还有两个暗猎人二选一(LP15000)。战后城之内替主角抵挡两个刺客。
来到地下, 帕伽索斯再次派出“变相怪杰”部队，所有战斗环境开始时为山。一路深入,在门前再次遇到迷宫兄弟(LP15000),战后游戏独自阻挡迷宫兄弟，让主角独自前往帕伽索斯城。
来到帕伽索斯城，西蒙告诉主角要穿越无限的路必须拿到魂的光芒，到各地去借助同伴的魂之卡片的力量。.
去各地找伙伴决斗,广场--铝场,得到人造人,童守码头--孔雀舞,得到神鹰女郎,地下墓地--骨冢,得到鬼王南瓜怪,考古场--龙崎,得到双头恐龙，遗迹--渔太,得到传说渔人,羽蛾,得到昆虫女王。最后来到帕伽索斯城,进入无限循环迷宫,与5个假扮同伴的喽罗决斗(LP10000),顺序是骨冢,龙崎,羽蛾,渔太,铝场,舞。过了无限循环迷宫后看到海马也在这里，但随后出现的木马却遭到洗脑，海马无法与木马决斗，于是只好拜托主角了,战后木马清醒，海马认为要打败大邪神必须要三张神卡，于是决定与主角决斗，战后得到巨神兵。
来到封印之间，遇见幕后帕伽索斯，原来他叫众人来的目的，是为了得到决斗者的心作为大邪神复活的供品，他已经得到了游戏的决斗者之心了。为得到最后的心决战 (LP20000)。他的心变和直接伤害卡组很棘手，尽量不要令LP受损过度。
最后黑暗大邪神的封印解除, 帕伽索斯感到奇怪为什么自己战败的心可以令大邪神复活，依西兹解释到因为他有一颗真正的决斗者的心。可是面对强大的大邪神主角因为之前一战已经没有余力了，这时海马，游戏，城之内赶来协助主角。帕伽索斯则将千年积木的碎片交还给游戏，千年积木再次复元，三人强大的力之结晶将大邪神的力量削弱。主角则上前与作大邪神最后决斗(LP40000)。他的怪物几乎全是恶魔族和黑魔族的,因此战前准备些白魔族和幻想魔族。光之护封剑，强欲之壶，激流葬等超级卡1的数量高达3张。4星怪物很多2000攻击力以上,以属性相克和装备魔法来拼吧。不过更可怕的是他居然也有3神卡.........不能让他有召唤的机会！胜利后大邪神的思想进入了帕伽索斯体内，但没想到他为自己的失败感到耻辱竟要求主角将他封印，三张幻神卡终于将大邪神的力量封印了，帕伽索斯城也因为之前的激斗而倒塌，众人迅速逃离……ENDING(爆机后的剧情很搞笑哦).
3.隐藏人物攻略
就是永恒之间里的角色，共同特点为光之护封剑，强欲之壶，激流葬，羽毛扫等超级卡的数量高达3张。开始环境即为暗。
西蒙：LP30000，以各类型的4星2000攻击力为主的怪物组成。最强怪物是机械王。只要配合装备魔法就行了。
帕伽索斯：LP30000，以钠祭之魔和千年钠祭为主的心变卡组，对抗手法是以直接伤害为主的卡组。
夏迪：LP30000，4星怪物部分和西蒙很相似，但高星怪物以神魔族为主，同样不能让他有召唤的机会。
暗城之内：LP30000，以直接伤害的魔法卡为主，4星怪物则以战士族为主，因为没有环境适应，所以硬攻就可以了。最强怪物是真红眼黑龙。
海马：LP60000，4星怪物攻击力都在2000以下，但要注意他会不停用强化卡，最强怪物是蓝眼究极龙.
亚乃：LP60000，4星怪物以破坏效果为主，但他的怪物里有少一部分的天使族，所以不要改变环境。最强怪物是超级机械王，这个怪物一上场因为效果攻击力会高达3700以上，若加上装备卡绝对是我方的噩梦，准备好陷阱吧。
暗貘良：LP60000，4星怪物以恶魔族强攻为主，最强怪物是黑暗恋尸狂尼古，环境适应攻击力上升至2800，并且有心变效果。多放些白魔族的怪物就没问题了。
暗游戏：LP60000，4星怪物以黑魔族和恶魔族为主，因此不要在意属性相克了，准备多些装备卡吧，最强怪物是超魔导剑士，拥有破坏对方陷阱的强力怪物。因此我方怪物因以战士族为主并迅速改变地形环境为草原。
4.实用技巧
关于里侧表示：
因为电脑AI偏低，所以当怪物是里侧表示时无论攻守状态都会来攻击。利用这点就可以用"暗の访ね",.或黑暗城堡效果将怪物再次变为里侧表示，进一步发挥防御力高的怪物的实力。
关于心变和洗脑：
由于洗脑的控制权只有一回合，所以洗脑来的怪物拿来攻击是最笨的做法，用来牺牲作祭品或用射蛋龟充分利用。心变由于是永续的，就作为你的主力怪物也不错哦。
关于LP：
因为本作LP不会自动回复，因此最好放些补充LP的卡，首推当然是治疗之神，天使的血也是不错的选择。
黑洞,大岚使用技巧:
当需要牺牲召唤高级怪物时,不妨先把怪物牺牲,然后使用黑洞或大岚,然后再派出高星怪物上场直接攻击,实际上就是利用游戏设计的漏洞
液态史莱姆:
使用效果后会变成两只,如果在下回合使用"暗の访ね",或黑暗城堡效果的话,会激增至4只哦,甚至可以无限循环,这样就不愁没有牺牲品了
第一回合直接伤害:
当效果怪物的效果为直接伤害对方时(例如宇宙兽战士),第一回合就可以启动效果.
