之后又预测到下一个千年道具在地下墓地。出大地图去地下墓地,入口处的两位老人不知云云……到下层碰到骨冢，他问众人是否来观光的，城之内觉得这种毛骨悚然的地方鬼才愿意来（这里本来就是鬼住的地方嘛），当说明来意后，骨冢说他知道千年道具守护者的所在地，不过要打败他。胜利后出现以基斯为首的猎卡王一行人,看来他们是冲着神卡来的，待他们离区后骨冢告诉众人千年道具守护者在下一层,到下一层与第三个千年道具守护者决斗，胜利后得到千年环，解放了里面暗貘良的灵魂，但他对被黑暗支配的世界和神卡比较感兴趣，之后
回广场找依西兹,她却告诉大家一个不幸的消息：大邪神的力量越来越大了，必须赶快找到剩下的千年道具。之后又预测到下一个千年道具在中国万里长城出大地图来到中国,长城上的和尚告诉众人长城是世界文物（作为中国人自豪ING），但要小心里面的迷宫。正准备进入长城的迷宫时却被看守的和尚一句长城是中国国宝，禁止入内给打发了。众人下来商量对策,却发现原来长城下的和尚是天马太阳的刺客迷宫兄弟（迷），随之发生战斗。战胜迷后
宫上前要与主角打车轮战......这时海马赶来与主角合力击败迷宫兄弟(可以选择与兄或者弟决斗,弟比较厉害),不过海马说他来的目的只是神卡，并无心帮助主角等人。随后进入长城迷宫和第四个千年道具守护者决斗。胜利后得到千年眼，竟发现里面被封印的的是天马太阳的记忆，这时他说出自己是抛弃帕伽索斯这个名字的男人（有区别吗……），于是游戏认为黑暗大邪神的封印就在帕伽索斯城，于是火速火速赶回广场找依西兹。
依西兹也不敢相信这个事实，帕伽索斯早已在决斗王国后失去消息的，他回来的目的却是……依西兹利用两个千年道具的力量把石化的奥贝利斯克（圣石）之巨神兵复活，不过巨神兵选择来海马当他的主人。主角正想与海马决胜负来决定谁才是真正的巨神兵持有者时。木马却提出在长城是海马相助才取得胜利的。海马拿走巨神兵,众人气愤不已，依西兹却认为这是命运。
正准备去找寻千年道具时，本田走来与城之内说，静香想和他去KC看剧场,依西兹提出时间紧迫，不能耽搁，众人觉得这时候轻松一下也好，于是无视依西兹的意见。来到KC，看到木马正安排BIG5（海马公司五巨头）在剧场中的表演（没办法，谁让他是副董事）。来到剧场坐好后，却发现静香竟是主角之一！扮演悲情少女的角色。之后逐一出场的BIG5竟然COS怪物（爆笑），之后就是老套的“小MM，你叫破喉咙也逃不了了，嘿嘿”木马则在一边旁白，这时怪物们向台下的观众挑战，木马请求支援。城之内这个单细胞正准备冲上去时，静香自己跑下来与来救自己的GG团聚，可怜的主角却要与台上的众怪物决斗(PS:决斗时的音乐也一改轻快哦。)战胜后BIG5融合变成五神龙!木马再次请求援助，下去换服装的叽野COS成蓝眼龙骑士,召唤出究极龙骑士一举打败五神龙。事后木马决定筹划下一次的表演时，BIG5认为不能再听从这个小孩子的指挥，四处逃离。
回广场找依西兹,终于只剩下最后一张神卡——拉（太阳神）之翼神龙了，也预测到下一个千年道具在考古场。出大地图去考古挖掘场,进入里面一阵地震，看来是受大邪神复活的影响。向龙崎说明来意后，一样打败他才肯让路，与龙崎决斗(开始场地为荒漠),继续深入与第5个千年道具守护者决斗。胜利后得到千年权杖，并解放了其中马力古的灵魂，他却说守墓一族的使命已经完了，他没有存在的必要。随后又一阵地震，看来离大邪神复活的日期越来越短了…………
回广场找依西兹,测得下一站遗迹。.来到遗迹看见尾木渔太，向他说明来意他告诉众人千年道具在深处，继续深入（这之前最后与渔太和羽蛾决斗提升等级）,以外地发现暗游戏也在这里，而且拿下了千年天平,看见众人时要求把其他5件千年道具交给他，但马上露出马脚被众人识破,痛贬是少不了的....（开始场地为暗）。胜利后得到千年天平，并解放了夏迪的灵魂。从他口中得知众千年道具持有者之所以被困在里面都是大邪神的暗之力影响。
回广场找依西兹,准备复活翼神龙时，天空龙却再次石化，没想到大邪神的力量如此之大，估计海马的巨神兵也是同样的下场，必须马上找到海马，而要令三张幻神卡完全复活只能集齐7个千年道具。去KC找海马，确认巨神兵也被石化后回来路上发现猎卡王已经开始行动了(全部开场时环境为暗),回去找依西兹时碰到了猎卡王(埃及使者)与铝场DD在决斗，但铝场的DD们却因为对方成功召唤埃及使者而败阵下来。随后赶到的铝场和主角则分别对付两队人。小心他的怪物防很高,拖得太久的话会被他集齐埃及使者,事前准备些风魔族的怪物。胜利后发现依西兹不见了，铝场用“超能力”得知她去追海马了，并告诉众人他们去童守车站。但猎卡王人多势众，吩咐众人去各地召集同伴来解放童守市。去卡店发生小剧情：本田和御枷龙儿齐心击退猎卡王，但事后却为是谁的功劳而争吵，还好随后赶到的众人出面调解。
去各地找同伴,但也伴随着战斗,童守码头（又遇到那对爆笑情侣的事件）--黑魔导使,遗迹--人形,考古场--喽罗,中国--光与暗的假面具,地下墓地--喽罗。（都很口臭，第一句都是说主角这样帮他是因为有什么困难吗，尽管他们最后都答应回童守）。找齐后回广场,有了同伴们的支援形势瞬间逆转。去KC剧场又是猎卡王（埃及使者），其召唤埃及使者将叽打败后BIG5居然企图造反，众人上前与之开战。回去与铝场对话,得知海马去了埃及文物展，去童守车站,进入车内遭到猎卡王喽罗的阻挠(LP只有2000的说),喽罗五连胜后,看见海马用蓝眼击退众猎卡王，主角正要上前相助时海马不领情，认为主角是为了巨神兵才这样做的，但巨神兵已经被石化了……即便如此海马还是告诉主角跟他们一起的女人（依西兹在里面）,于是众人立即进入。却碰见盗贼基斯，他以依西兹要挟众人帮助翼神龙复活，主角无奈只好交出所有千年道具，但没想到千年积木竟在他手里，之后集合7个千年道具之力使翼神龙复活！天空龙也随之复活了！与盗贼基斯开战,但意外地翼神龙没有变成战斗形态……盗贼基斯战败后游戏夺回了千年积木，在心中再次与暗游戏相遇，之后暗游戏出现，指出基斯没有使用神卡的资格而导致拉之神发怒，受到神的惩罚。随后众人将翼神龙（蛋形态——│││）交给主角。突然大邪神的力量进入基斯体内，并千年积木粉碎了，游戏慌张地捡起四零八落的积木时，迷宫兄弟（迷）将其中一块抢走，说想要拿回就来天马太阳的城堡。又变回“一个人”的游戏近乎崩溃，但主角说只要去天马太阳的城堡就可以拿回，于是马上起程。镜头转到外面：海马的巨神兵也复活了，突然迷宫兄弟（宫）将木马掳走，并要海马去天马太阳城，主角一行人决定与海马协力，但海马依旧不领情，众人无奈只好前往天马太阳城。这时千年道具守护者前来，说千年道具拥有穿越时空的能力，所以要求众人前往中国弄清楚。当今之计只好听从了。
