“有地震？”Shadow Thief再次出现。“这不是那个绿家伙吗！那么那个红家伙也一定在这附近。”Shadow Thief把Luigi绑了起来。（可怜的Luigi）
从沙漠中一个水管进去，终于见到了Luigi，烧断绑着Luigi的绳子，两人激动的抱在一起。“真感人，我的围巾都湿了。”Shadow Thief再次出现。“红家伙，我在等你的到来。我找了一个新手下，它会帮我打败你们。” Shadow Thief叫出手下，两人大吃一惊，这不是假扮公主的恐龙吗？“它就是我的新手下Rirdo”“不要叫我Rirdo，叫我Rirdi”“我在不在乎这些呢。”“我要让你们看看我的新手下的力量。”“是的，爱情的力量。”“别乱说话，我不在乎是哪种力量。”Shadow Thief和恐龙说起了相声…“我要杀了你们两个傻瓜。”又是一场激战。
“你一点用都没有。”Shadow Thief有把失败的原因推给别人，“你是说都是我的错？”恐龙伤心至极，它用尾巴把Shadow Thief打出了地洞。说了一堆莫名其妙的话后，恐龙离开了。
赶回豆豆王国，又是一片狼籍。“炸弹像雨点般一样，一切都被毁了，快去避难吧．”村口的老人伤心地说着跑开了。作为英雄怎么能逃跑呢？赶去城堡，一进门就看见Lady Lima，“这是我们最绝望的时候，豆豆王国快要被毁灭了。”“Bowser的城堡对豆豆王国发起了空袭。”女王的话还没说完，又是一阵震动。“我们已经安全疏散了Peach公主和Little Fungitown的居民。” Peasley王子也赶了回来。“可是我们的国家要怎么办？”豆豆女王万分失望。Mario提出要去Bowser的城堡，女王听后喜出望外：“有你们我就放心了。”“这是我们自己的时，我们不能再麻烦他们了。”王子一个人前去Bowser的城堡。女王不放心王子一人去冒险，Lady Lima告诉Mario和Luigi在他们国家有人会飞，可以飞去Bowser的城堡。对了，那不是Blablanadom吗？两人立刻去找Blablanadom，来到Hoohoo村Blablanadom还在那里，“什么？Bowser的城堡袭击了豆豆王国。Peasley王子也在那儿。抓紧我，我们去Bowser的城堡。” Blablanadom将两人带去了Bowser的城堡。
最后的战役终于到来，一切都该有个了结了。“Mario他们赶来了。”Fawful急报，“Koopalings，是你们表演的时间了！”Bowletta一声令下，七只Koopalings出动了。Bowser的城堡中危机四伏，兄弟俩一路打败七只Koopalings。并在王子的帮助下打败了Fawful。
再往里进就是最终BOSS战了，受挫的Bowletta将Mario和Luigi吸进肚子，里面是Cockletta的灵魂。这才是一切的根源。打败她后Mario和Luigi被吐了出来，Koopa也恢复了原样。接下来的通关动画就留给大家慢慢欣赏吧！
[boss1:一进去马里奥和路易就会被它搞晕，此时方向键有些混乱，饶过火焰走到BOSS旁边，战斗开始。
这个BOSS比较简单，攻击方式只有旋转和吐火球两种。火球可以被锤子砸回而对BOSS造成伤害。旋转攻击如果一定时间内没有打到它也不过是掉点血而已。轻松搞定。
boss2:跳过BOSS吐出的火波到达BOSS边，战斗开始
这个BOSS除了会吐火球外，还会地震攻击，它在空中转几圈就会放出几个冲击波，跳过即可。
boss3:这个BOSS会分身成4个，用锤子反复砸，只要有一次打中正身就可进入战斗。
战斗中它只会分身和吐火球，分身无攻击能力，打中正身后分身会消失。
boss4:一开始它会缩成龟壳，一定时间内跳过它的攻击，开打。
其攻击方式除旋转和吐火球外，又增加了龟壳滑行攻击，只要眼疾手快，还是比较容易解决的。
boss5:将所有机关打开后，BOSS会出现，但当走近后，它又逃跑了。回到有机关的地方，BOSS再次出现并向mario和luigi挑战。
该BOSS难度上有很大提高，首先是从它开始有了8个回合的时间限制，超过就回GAME OVER。它的火球攻击的反击判定变小，龟壳滑行的时间变长，再加上远程地震攻击可以将几个波同时发出，没有一定的等级和技术还是先去练习一下再来吧。
boss6:先用下面的门把mario和luigi分开，将BOSS砸回下水道，战斗开始。
强化版BOSS3，并可以用手镯攻击，击中后身体变重。分身也可进行攻击。
boss7:先让luigi进去，和BOSS玩小游戏，将火球挡回4次，机关打开，与mario会合去找BOSS的麻烦吧。
该BOSS的旋转攻击这时已对大家造不成伤害了。它吐火球时也会拿出拍子反弹，除此之外就没有什么好注意的了，8回合内轻松搞定。
接下来是Fawful：这个家伙比较麻烦，有一个厚厚的铁壳保护，当BOSS处于铁壳内时是无敌状态，攻击无效。BOSS在铁壳内可发动眼部光线扫射攻击和旋转光球攻击，无法反击。有时会进行俯冲攻击和光线攻击，光线攻击时需在几秒内顶破头上的障碍物才可能躲过，否则会死得很难看的。在旋转光球攻击后BOSS会由于铁壳过热而跑出来,可以有两个回合的时间狂踩之。
最终BOSS战，就看大家的躲避技巧了。曾经沧海难为水，大家一定没问题吧？]
