序幕
2172年巴菲拉母军派出善战的女副官Viola，往位于木星附近的植民星“艾狄尼亚”执行任务，破坏这个植民星并寻找该处内的...
于工场附近一带匆忙逃跑中的主角Leo，希望找帮手救助被困的朋友，可惜Leo却来不及找帮手，在途中眼见三位好友被Viola击落的机体压死。突如其来的打击令内向的Leo发呆，直到有飞弹攻击他身傍的建筑物时，他才懂得逃生。最后他更乱速乱撞闯入机舱，成为了Jehuty的机师。
开始游戏时，玩者只要击到Raptor，然后依照ADA的指示离开机舱便可。接着只需再把各两只Raptor及MummyHead击落，Viola便会架驶着Neith与Jehuty交手。不过基于Neith没有装备强力的武器，因此玩者可轻易把她击倒。
战斗结束后Leo受朋友的死受了重大的打击，使内向的他更加厌战讨厌杀生，因此艾多拉狄丝号的副长Elena，要求Leo把Jehuty运送给他们时，Leo以朋友的死为借口，拒绝Elena的请求。不过最后Elena详细说明Jehuty对植民星人民有多重要后，Leo亦只好接受Elena的请求。
要把Jehuty送到艾多拉狄丝号的话，必需先获得飞行程式“global.fcmd”。至于获得这个程式的方法十分简单，只要击倒工场内持有Passcode的部队，即可往地图上的绿色点取得“global.fcmd”。另外在同一场地中，玩者可取得程式“monitor.fcmd”。
保护教会
进入TOWN.1后，Leo发现好友Celvice不顾危险走向战区中的教堂，拯救堂内的小朋友。Leo得知此事阻止Celvice进入教会，因为Leo再不想看到好友死于残酷的战争之中，可惜Celvice却没有因而打消进入会的念头，所以Leo只好先把企图破坏,教会的巨大机体击倒。
这部于TOWN.1企图被坏教会的巨大机体，正是第一位BOSS。第一个BOSS分别有两个不同的形态。先谈第一形态，主要以范围大的火炎攻击袭击玩者，不过玩家只要不靠近它使用储气的远距离攻击，应可轻易获胜。另外第二形态的它，主力会使用散弹及近距离重击等两类型的攻击，所以玩者最好继续与它保持一定距离，以便闪避它的近距离重击。至于当它使用一般的散弹时，玩者可使用防卫网。另外当它使用火炎散弹之时，正是唯一攻击它的机会，玩者紧记趁此良机攻击倒它的要害。
战斗结束后ADA发现敌方的增援部队正向着教会的方向前进，Leo担心身处教会的Celvice有危险马上赶到现场，更邀请她乘坐Jehuty。
今版中基于先前曾经与BOSS交战，所以玩者最好先叫收教会前的METATRON，回复Jehuty的HP。另外当消灭这里持有Passcode的部队后，即可获得javalin.drvr。
找寻植民星的情报Date对于ADA来说Leo拒绝杀死对方机师的行为，它都视为不合理做法。现在ADA指示Leo尽量回避战斗，返回工场回收植民星资料以便日后行动时，Leo却选择先向着发出求救讯号的地方拯救居民。使到身为人工知能的ADA，越来越不明白这位新机师的想法……
TOWN2
基于Leo选择先拯救发出求救讯号的居民，因此玩者最好先进入TOWN2。今版中市民的分布位置比较散，因此玩者最好使用近身攻击吸引敌方到街道的中心交战，可确保生还率。另外在今版中亦有持有Passcode的部队，玩者只要击倒它们即可获得“phalanx.drvi”。
（注：若果玩者不选择先进入TOWN2而进入工场，当返回TOWN2拯救居民时，生还率的最大值会下降至90%。）
FACTORY.1
返回工场后，所有敌人的实力都比先前的部队强了很多，至于今版中持有Passcode的部队有队长带领的关系，因此笔者建议各位最好先击破“※”记号的队长，即可令它的手下实力大跌。
EPS
取得植民星的资料，从而得知巴菲拉母军打算利用植民星EPS系统的力量，掌握操控植民星的大权，并且更利用EPS在植民星中央设立能量网，令生物不能在能量网范围内生存，不过基于Jehuty体内不会受到影响，因此能够担此重有的人就只有Leo，所以当务之急必需尽快破坏供应EPS系统能量的两个电子引擎。
TOWN.1
进入CITY.1之前，笔者建议各位先到TOWN.1拯救发出求救信号的居民。由于今版的市民集中在教会，因此要确保100%生还率并非难事，不过玩者要注意建筑物的破坏率也是影响评价的关键之一，所以大家还是引敌人到水渠一带和敌军战斗会比较好。
CITY.1、TOWN.2
进入CITY.1后发现中央的巨大建筑物已经被能量网包围，因此Leo若果要通过CITY.1的话，必需要减低能量网的范围。致于减低其能量的方法，必需要使用在TOWN.2取得的实弹武器，破坏中央建筑物底部的回旋柱上的红点，即可成功通过CITY.1，不过在离开CITY.1之前，请回收场内的“geyeer.drvr”。（注：破坏所有浮游物及面积细少的东西时，请使用ANALOG2（R3）瞄准目标。）
取得实弹武器的方法在TOWN.2中，玩者即使击倒所有的敌人亦不能取得实弹武器，因为玩者需要把场内紫色的浮游体击破，放置该武器的道具箱即会出现在版图之上。
EPS.1
进入EPS.1后，首先把所有的敌机击落，接着把所有紫色的浮游物体击破，即可取得Passcode开启位于战中上方的道具箱，获得“halberd.drvr”。另外完成上述流程后，玩者可从画面右上方的入口，进入内部破坏电子引擎。
EPS.2
进入EPS.2后，当把所有部队击破后，玩者进入画面右上方的通道时，发现入口被一道保护网阻碍前进。因此玩者只好到其他地方找寻新的程式。不过在离开之前，紧记把持有Passcode的敌方援军消灭，才好离去。
TOWN.1
在TOWN.1中玩者可发现到一队持有Passcode的S级部队，只要玩者击倒它们便可取得Passcode，到EPS.1取得操控其它机体的程式。不过要击倒这三个S级的MummyHead并非容易办到的事，因为S级机除了实力增强之外，AI的性能亦比起一般的机体优性，所以玩者最好与它们保持一定距离，使用储气的远距离攻击，偷袭它们会比较安全，直至三部S级机剩下一部为止，才改用近身战。
EPS.1
获得TOWN.1及EPS.2的Passcode，即可到EPS.1的地下通道的另一方回收程式“rap_ctrl.tomd”。另外各位在离开地下通道之时，要小心在门外的两部高等级的MummyHead及Raptor。
TOWN.2
把TOWN.2的敌机消灭后，上前调查地面上的机体残骸，即可使用新的控操程式操控敌方的Raptor，到EPS.2的地下通路回收能看到隐形物体的程式“detector.tcmd”及破坏地下的电子引擎。
（注：在EPS.2地下通路内破坏隐形浮游物可取得METATRON。）
TOWN.3TOWN.3是一版SOS的版面，玩者只要避免在街道上战斗应可获得不错的评价。另外由于“detector.tcmd”在先前被玩者控操的Raptor身上，因此必需要返回EPS.2击落它回收该程式，才能击破位于ESP.2地下通道前的浮游物，取得Passcode来开启EPS.2的“gauntlet.drvr”道具箱。
MOUNTAIN.1
进入MOUNTAIN.1时Leo不慎中了远方的敌人袭击，被电脑病毒入侵Jehuty。因此ADA会建议玩者不要和眼前的巨大机械人战斗，所以玩者还是乘乘地听从ADA的意见逃走，找解毒软件。
CITY.2
好不幸竟然在身中电脑病毒的时候，才收到CITY.2的求救信号，不过基于为了取得100%生还率的缘故，笔者还是建议大家“硬着头皮顶硬上”。
CITY.2内只有三队部队，而且等级亦十分之底，不过玩者亦要十分小心，因为身中病毒的Jehuty就连普通的一击亦受不住，所以玩者必需要在不中任何攻击的情况底下完成这版。
另外当击破所有紫色的浮游物，玩者即可获得用来开启“comet.drvr”宝箱的Passcode。
FACTORY.2
进入FACTORY.2时，立刻向着地图上显示出来的箭咀方向前进，击倒内里的机械人便可取得Passcode，取得解毒软件。解毒后一击被杀的状态亦会随之而解除，所以玩者可放心与FACTORY.2内的部队战斗。另外击落所有的绿色浮游物，即可获得神密武器。
CITY.1
今次的CITY.1是一版SOS版面，而大部份的居民亦藏身于画面中央的巨大建筑物之内，因此玩者只要不靠近该建筑物战斗，应可获得不错的评价。
CITY.2
再次返回CITY.2会发现持有Passcode的机体，不过要小心该部队的两名敌机均属S级机体，各位要小心仅慎一点对付它们以免被它们前后夹攻。
TOWN.3
除了可在CITY.2取得Passcode外，只要击落于TOWN.3内持有Passcode的部队即可获得与CITY.2相同的Passcode，接着便可到FACTORY.2开启解毒软件另一傍的道具箱取得“decoy.drvr”。
（注1：若果未回收观看隐形物体的程式，在TOWN.3绝不可能击落任何机体。）
（注2：decoy.drvr的弹药，可在FACTORY.2取得。不过若未曾破坏FACTORY.2内的浮游物体，则不能够取得decoy.drvr的弹药。）
PARK.1
取得令对方雷达混乱的武器decoy后，当发现PARK.1内的BOSS瞄准Jehuty相使用攻击时，立刻使用decoy回避它的攻击，并且可趁它混乱之际，使用强力的远距离攻击偷袭它。另外当它HP少于一半时，它会变身改用其它的攻击方式袭击玩者，例如以高速撞向Jehuty、发放飞弹、破坏光线及束缚弹等。因此玩者最好与它保持一定距离及多处于地面位置，这样则可避开它高速的撞击。其次这个BOSS的弱点正是它用来撞击玩者的中心位置，因此必需要捕捉它使用高速撞击后，预备再使用第二种攻击之时，立即攻击该位置才可击倒它。
