操作系统全解
键位分布：
遥控器手柄
红外感应摄像头：移动视点、武器瞄准
A键：右手加农炮射击，可保持按住来蓄力/变形球模式下为释放炸弹
B键：跳跃，在跳跃过程中再次输入可以实现二段跳
－键：按住后可以进入目镜模式切换界面
＋键：按住约一秒钟后进入超能模式，再次输入后退出
↓键：发射导弹
home键：强行退出游戏、返回Wii主菜单
①键：调出地图、菜单界面
②键：当前任务信息提示
双节棍控制器
摇杆：控制角色移动
C键：进入/退出变形球模式
Z键：锁定敌人/扫描目标
操作说明
瞄准方式：
与系列传统的2D平面表现形式不同，由于本作游戏方式的变更，战斗时的瞄准就变得十分重要了。玩家在操纵萨姆斯瞄准敌人时需要移动手中的遥控器手柄，将屏幕中显示的瞄准光标移动到目标上。通常状态下的光标呈绿色，当有效瞄准后则变为红色。
目镜模式的切换：
本作中专门针对双节棍手柄的操作方式而加入了目镜模式的切换，通过模式的切换可以在游戏中实现更多的能力。游戏中拥有多种目镜模式：默认状态下的战斗目镜模式（Combat Visor）、扫描控制设备时使用的扫描目镜模式（Scan Visor）以及输入指令时使用的指令目镜模式（Command Visor）以及具备透视能力的X光目镜模式（X-Ray Visor）等。
在游戏中按住－键就可以进入目镜模式切换界面，此时控制遥控器手柄移动光标到屏幕上方的六边形内，同时松开－键，就会进入扫描目镜模式。如果在切换界面移动光标到右侧的六边形中，则会进入指令目镜模式。进入X光目镜模式则需要将光标向左下侧区域移动。
扫描系统：
锁定、抓取以及指令输入等扫描动作是专门针对本作的独特操作方式而设置的全新系统。
在进入战斗后，玩家需要通过保持按住Z键用屏幕中心的瞄准具锁定敌人，此时萨姆斯的视点将保持跟随当前锁定目标的状态，以便玩家进行瞄准射击。需要注意的是，在本作中发射导弹需要配合锁定功能使用，在锁定目标状态下，发射出去的导弹可以自动追踪目标，否则只能进行直线攻击，命中精度大幅度下降。
当需要抓取的物体时，只要保持按住Z键状态，萨姆斯就会释放左手的磁力进行远距离抓取。游戏中经常需要使用抓取动作来进行荡秋千式的摆渡或者拉扯掉附着在隐藏路径上的障碍物，可以抓取的物体通常会闪烁微弱的黄色光芒。
游戏中的某些特定环节需要输入指令，在输入指令之前，首先要将目镜模式切换到指令模式，此时屏幕会变为绿色，调整视点将出现在屏幕中的指令符号移动到中央位置，然后保持按住Z键就可以进行指令的输入。
此外，在游戏会有许多闸门的开启装置需要通过扫描来打开操作界面，通常情况下都需要在默认的战斗目镜模式中按下－键对准设备操纵台进行扫描。
升级系统：
同以往作品一样，萨姆斯可以在游戏中进行各项能力的升级，随着游戏的不断深入，玩家不仅可以通过获得道具来提升体力、变形球炸弹以及导弹携带量的上限，还可以令武器进一步强化。游戏中的一些特殊机关需要用经过专门升级后的武器才能打开。不仅如此，以往作品中仅仅作为交通工具的飞船也可以在本作中派上大用处，某些特定的机关和障碍物必须要通过召唤飞船实施轰炸才能通过。
超能模式：
超能模式是在游戏第二章结尾处换装PED战斗服后获得的特殊能力，需要长按－键来进入和退出。进入超能模式后，无论是普通攻击还是蓄力攻击都将有大幅度强化，是对付高等级敌人的不二选择。但是，萨姆斯在超能模式中射击所需要的能力是与等价的体力消耗作为交换的。在超能模式中，屏幕上方将会有一条表示能量剩余量的计量槽，当计量槽中的能量变为零后就会自动退出超能模式。此外，萨姆斯在进入超能模式后以及受到敌人的特殊攻击后极易进入失控状态，具体表现为计量槽不断增长，必须通过不断射击消耗能量来自救。当能量消耗完毕后就会自动解除失控模式，如果能量槽保持蓄积满的状态超过一定时间，萨姆斯就会堕落为黑暗萨姆斯，游戏也自此结束
战斗要点指南
地图标识向导
说明：在游戏中可以任意查看地图坐标，通过手柄上的按键还可以调整地图的缩放和角度。此外，只要将光标移动到地图的某一位置上，屏幕下方就会同时显示当前场景的名称，点击光标所在位置的建筑可以进一步查看该区域，并且自动将此处设定为当前调整视角的坐标轴，有利于进一步查看地图。在游戏中地图上，标有“？”的位置即为当前任务目的地。为了方便查找核对，本攻略将完全沿用游戏中各个场景的名称。
闸门属性/颜色 必要武装条件
蓝色 POWER BEAM 光束
红色 MISSILE 导弹
白色 ICE MISSILE 冰冻导弹
橙色 PLASMA BEAM 电浆光束
黄色 SEEKER MISSILE 自动追踪导弹
紫色 GRAPPLE VOLTAGE 电磁束缚
绿色 NOVA BEAM 诺瓦光束
获得道具作用
1 能量箱 提升自身防御上限
2 导弹上限 提升导弹携带上限
3 能源晶格 为设备提供能量
4 飞船导弹上限 提升飞船导弹携带上限
5 战斗服升级点 为战斗服增加新功能
特定位置
6 飞船着陆平台
7 存储点
8 地图下载终端
