MGS4也为玩家准备了精彩的车辆追逐关卡：第二章德宾车战关卡和第三章Eva车战关卡。两个关卡设计共同的特点是非常完美的结合了游戏操作和电影的表现。打一段游戏看一段CG并不是真正的游戏电影化，在类似电影一般的剧情进展中依然实际操作游戏的进行更能体现两者结合的真谛。战斗的紧张激烈和风驰电掣般的速度感都很好的体现了出来。在德宾车战关卡中，斯内克还需要不时的起身对付从装甲车四周爬上来的士兵，给本来就充满了刺激的高节奏战斗更加增添了令人兴奋的要素。Eva在MGS3中驾驶摩托车带着Big Boss冲出重围时便是锐不可当，几十年后带着她的儿子斯内克穿梭于城市高楼之间冒着枪林弹雨掩护货车的姿态一如年轻时一样英姿飒爽。关于这两个车辆追逐关卡的抱怨，也不得不提到一点，那就是它们的难度实在太低了，原因可以想象，小岛不希望频繁的打断这个紧张得让人喘不过气来的游戏流程，在这里的难度平衡问题上，我相信MGS4采取了观赏性连贯性优先的原则。
追踪抵抗组织成员和Eva车战在第三章的同时出现，不但和MGS4其它部分的游戏节奏大相径庭，相互之间也是差异显著，加上本关城市画面风格的突然“老化”，将游戏的第三章打造成了MGS4中最为独特游戏性上最为跌宕起伏关卡。
美女与野兽
MGS的剧情--关卡--关底--剧情的布局结构非常传统，这一点一直以来从未改变，甚至在MGS4里因为章节的引入这种感觉更为明显了。现实的谍报行动不会遇到什么Boss，以写实为基调的潜入游戏也不会在这方面大肆渲染。但MGS里，关底结构的存在使得Boss战从来都是要占据重要地位的。
遗憾的是，MGS4在这方面没有达到预期中的高水准，甚至在我看来是属于MGS系列平均水平以下的。
美女与野兽四人组是MGS4 Boss战的核心。遗憾的是除了她们在白屏状态下的舞姿还算性感之外，这一组Boss实在是游戏最大的弱点。
哭泣雪狼明显是在模仿MGS中的Wolf和MGS3中的The End。她的武器来源于MGS2的Fortune。The End一战的思路可以算是狙击战关卡设计的高峰之一。哭泣雪狼关卡的大风雪和The End所隐藏的丛林目的一样，试图增加玩家寻找目标的难度，哭泣雪狼在大雪的掩护下突然冲击斯内克，或者用轨道枪在远处射击，只有准备射击的状态下，夜视镜才能看到把身体探出机械的哭泣雪狼的身体，和The End瞄准斯内克视瞄准镜的反光异曲同工。但一来这个狙击战的概念相对于The End没有任何提高，而The End对Sniper Wolf的提高则是震撼人心的，二来哭泣雪狼同时继承了Fortune一般强大的近距离攻击力，这似乎使得哭泣雪狼不太在意利用风雪隐蔽自己，相比The End太多的活跃行为让战斗的难度和耐心对抗的乐趣大大下降。Sniper Wolf的高明之处在于剧情烘托下对于这个敌人的心理描写和形象的塑造非常成功，可惜在MGS4中，所有的美女与野兽的背景都没有合适的交代，只是在击败她们之后由德宾通过Codec叙述。这些故事的确感人而且有让人毛骨悚然的地方，但这样平白的交代方式似乎一瞬间让我脱离了向来以叙事为特长的MGS来到了枯燥乏味的学术报告厅。美女与野兽四人组在试图引起玩家对她们战争创伤的感情共鸣方面可以说是MGS有史以来最糟糕的叙事尝试，直逼MGS2中Rose不停的在战斗正酣的时刻逼问雷电明天是什么日子这样的败笔。
尖叫螳螂模仿的是MGS中的Psycho Mantis和MGS3中的The Sorrow。不但策略和Psycho Mantis战斗完全雷同，连站在斯内克和尖叫螳螂之间的人都一样：被操纵了的麦萝。虽然我说过MGS4设计上的一大宗旨就是在回顾历代MGS经典，但在美女与野兽Boss战中这样的回顾变成了完全的重复，还要加上全部成员的心理描写缺失/失败。和The End一样，The Sorrow同样是MGS系列中Boss战的神来之笔。可惜得是，不但尖叫螳螂的战斗中没有类似The Sorrow关卡中考验玩家心理和思维的成份存在，甚至玩家完全不需要理会那个The Sorrow玩偶就可以完成战斗。这实在多少让人感到遗憾。
怒鸦的身份多少是在对应Vulcan Raven在MGS中那句我会永远看着斯内克你的这句话。关卡设计了多层的塔楼结构实际战斗中这样的垂直空间完全没有得到利用，斯内克可以在任何一层--如果你愿意的话--一直呆着击败对手。攻击方式设计上有些类似MGS3的The Fury但完全没有The Fury在狭小空间里强力大面积攻击带来的压迫感。狂笑章鱼的前辈应该是MGS中还没来得及出手就被FOXDIE屈死的Decoy Octopus--再一次的Decoy Octopus的背景故事的感人程度大大弥补了其出场时间的遗憾，不过这对于在整个Boss背景叙事上完全失败的MGS4来说已经不重要了--这一次伪装终于在战斗中实际派上了用场，但狂笑章鱼的伪装不但地点过于固定变化太少，而且当我看到那个足有一人高的MkII和她只有脸部变成Naomi的样子背后却舞动着长长的机械触手的时候，我不得不怀疑，她到底是在伪装，还是在故意暴露目标。
Vamp作为MGS2中打不死的怪物也回来了，并和其他主角一样在MGS4中不得不接受自己最终的宿命。Vamp在过场动画中表现出的精彩的格斗能力如果能成为他的最终战斗的主要解决方式应该是再合适不过的了，用子弹终结这个当年被子弹穿脑都死不了的怪物多少有些感觉怪异。但斯内克除了那把CQC小刀之外是不动刀剑的，这么一来玩家能实际控制的和Vamp的最后一战不得不来个不了了之。MGS4一直营造的关于Vamp近身格斗能力的气氛最终得不到操作上的宣泄。雷电本来可以圆满地完成这个任务，但看来小岛对于玩家在MGS2后对雷电过多的戏份的怨言非常在意，以至于雷电再也不能在MGS4中得到一分钟的实际被操作的机会，这样的顾虑给Vamp的Boss战设计带来了约束。战斗中Vamp不断的恢复体力的设定算是一个小小的亮点，让这场本来有些枯燥的战斗有了些许思考的要素。
还是一头雾水?那就对了
MGS虽然之前只有三作，但游戏中事件经历的时间跨度之长，牵涉背景之复杂，涉及人物之多都是游戏世界中罕见的。如果小岛打算再来三作同样背景设定下的MGS来圆满这个故事也不会有人觉得意外，真正意外的是，小岛打算在MGS4这一作里解决所有问题，让MGS系列有一个终结。
整个MGS设定的下的基本冲突是同样试图维护The Boss所恪守的信念的两派人的冲突，以Zero为首的一帮人利用贤哲的遗产组建了爱国者组织，试图通过绝对的持续来实现The Boss的理想，以Big Boss为代表的一帮人则利用他们自身战士的天赋，试图通过绝对的自由来维护The Boss所留下的精神遗产。到头来，就如同Big Boss最后所说的，他们谁也没能真正理解那个伟大的女人的想法，偏执的意愿导致了偏激的行为，让之后的行为越来越多的偏离的最初的良好愿望。直到MGS4，一切不得不以全部回归到无来宣告结束。以两派首领都真正结束自己的生命，爱国者AI体系被部分破坏来终结这个悲剧的循环。
在游戏第一幕Liquid Sun中，Ocelot，这个为了从内部击破爱国者系统而把自己伪装成Liquid的人，掌控了世界上最强大的五个PMC，从表面上看他是以Liquid的身份延续着Big Boss建立属于战士的天堂的梦想，实际上他的目的在于试验如何终结爱国者之子AI系统通过纳米机器对士兵们--由此拓展到所有人类--精神和行为上的控制，个人和群体行为的控制。为了这个目的，他需要“技术人员”的协助，Naomi被劫持担当起了这个责任。Liquid在扮演着双重的角色，Naomi也是。要从系统的控制中解放出来就需要输入它的密码--Big Boss的基因和生体特征。作为Big Boss的克隆之一，Ocelot首先尝试了Liquid的基因和生体特征，通过嫁接在他身上的手臂，显然，从第一幕结尾剧情来看，这个尝试是失败的。
第二幕标题是Solid Sun，这一章中，Naomi被故意用作诱饵把斯内克--Solid Snake引诱到Ocelot的控制之中，并通过一场看似温馨充满了关爱的体检，获得了Solid Snake的基因和生体特征。可惜这次试验又失败了，如果不是雷电的献身相救，结果还不知道会多么的糟糕。失败的原因在MGS中就有所交待：Solid和Liquid都是Big Boss的不完全克隆，他们的基因是在Big Boss的基因的基础上选择重排过的，唯一和Big Boss完全一样的，是那个第三克隆：Solidus。Ocelot的下一个目标自然就成了寻找被Eva保护着的Big Boss的活尸。
第三幕标题，Third Sun，小岛从一开始就明确了Eva所保护的，并不是Big Boss本人，而是第三克隆。透过半透明的保护膜玩家也可以看到那个活尸所带眼罩的位置和Big Boss是相反的。不过这不要紧，毕竟第三克隆用来作为生物密码打开通向SOP的通道这个功能和Big Boss 本人是完全一样的。于是我们在章节的末尾看到麦箩的特种小队和大量的军队在终于掌控了SOP的Liquid-Ocelot面前如同一堆玩偶，除了束手待毙没有任何的反抗的可能。这么一来Eva纵身火海要和Solidus同生共死的感情似乎有些勉强，毕竟Solidus不但和曾经与Eva经历过爱情的Big Boss无法相提并论，Eva在向斯内克说明他的身世的时候，甚至都没有交代她究竟是否Solidus的生母。无论如何，这时的Ocelot只剩下一件事情要做了--从物理上摧毁爱国者AI的最高掌控核心JD。所有的现代化核武器依然处在AI的控制之下，他的唯一选择，是利用古老的REX上的轨道枪发射核弹头。
