斯内克在战场上捡起的每一件武器都要交给德宾解锁或者贩卖成德宾点数。为了解决斯内克不能攒着武器总是在战场和德宾商店之间来来回回这样的困难，MkII登场了。除了解决这个逻辑上困难，MkII对于游戏的进展也有着重要的辅助作用，合理利用它可以帮助引诱、电击敌人，搜集物品--一些地方是斯内克钻不进去的。在特定的区域，这个小机器人还要负担帮斯内克开门的功能，并同时需要斯内克的合作--保护它不受攻击。在游戏各个章节的任务简介中，操作它可以在飞机内搜寻不少重要的物件，比如增加电池块数，得到照相机，得到一些人物的面具，以及相当有趣的--观察Sunny在二楼偷听楼下谈话时的反应。
斯内克的装备也没有忘记随着时代的进步而进步，他的腰包里出现了ipod--作为MGS4的赞助商，苹果产品频繁出现--游戏中斯内克还可以收集大量不同的ipod歌曲选择播放，这对于直到今天依然不能实现自由选择播放背景音乐的PS3而言无疑是一个有益的补充。特定的ipod歌曲对于敌人的行为还可以产生影响。斯内克使用的雷达、望远镜、夜视镜也统一进化成了新的Solid Eye。这个系统可以清晰的在屏幕上标示出敌我关系以及体力等相关数据。在搜索和背景环境融为一体的一些敌人时，Solid Eye的数据显示也是异常有用。不过科技总有缺陷，强大的Solid Eye却不能区分动物和人的信号，在右上角的雷达屏幕上，任何活的动物都会被识别，这也给游戏带来了一些意外的紧张感和难度。
心理压力系统也得到了保留，而且可以像前作一样通过吃一些东西来恢复。通过不同心理状态下对斯内克行动能力的影响，游戏的难度得到了适时的调整，从这一点上看系统也是不鼓励玩家通过大规模杀戮来游戏的。斯内克可以通过给自己注射来稳定精神力槽恢复正常表现，为了配合游戏剧情的交代，斯内克是不能一直这么做的，超过一定数量的使用注射剂之后，先是恢复效果变弱，然后逐渐的完全失效，并带来副作用。心理压力系统在这里起到了辅助游戏叙事表现游戏人物个性的作用，另一个直接被应用于游戏叙事的场合是，当斯内克听到任何说自己老了生命不多了的言论的时候，你可以看到左上角精神力槽立刻消去一段。
那些模糊的记忆
MGS4是一个显然的给系列一直的爱好者们准备的大作，虽然没有任何前作经历的玩家应该也可以体会到游戏的优秀和诚意，但至少有一点他们是肯定会错过的：那就是游戏中穿插的大量的回忆闪现的画面。
在游戏中每到一处勾起斯内克回忆的地方，每提到一个曾经在斯内克冒险经历中扮演过重要角色的人物的时候，屏幕的右上角都会提示按下X键，去查看此时此刻斯内克头脑里浮现出的种种过往经历。这些从原始的PS/PS2版本画面拉伸并且附加了噪音处理的画面非常模糊，但任何曾经沉迷于斯内克游戏世界里的玩家，都应该可以在那画面闪烁的短短半秒钟里，回想到那些前作里扣人心弦的时刻，和曾经鲜活年轻的一张张面孔。对于整个MGS4终结往日罪孽之根源的主题来说，游戏通过这些画面的回忆让玩家在情感上一步步的达成了和游戏中斯内克角色的一致，对于斯内克的衰老的体会，也从简单的外貌，深入到被回忆所充斥的内心。MGS系列是一个极其注重玩家感情调动的游戏，MGS4的回忆画面成功的起到了助推的作用。
游戏的第四幕发生在MGS的游戏场景：Shadow Moses岛。在这个篇章开头的地方，游戏刻意把画面切换到了MGS当年的画面，一抹一样的关卡，一抹一样的面部模糊不清的斯内克，甚至连分辨率都在这段回忆里从高清降到了当年的标清的水准，玩家在雪地上行走留下脚印被巡逻士兵怀疑，第一次站在摄像头下系统的特写，寻找通气管到进入仓库的方式，一切一切都是那么熟悉。这一段不长，斯内克进入仓库之后游戏就切换回了老斯内克的现实世界，原来这是他在旧地重游前的一段梦。我不得不佩服小岛在诱导玩家感情投入上的技巧，这之后当斯内克再次来到熟悉的场景的时候，当他站在没有直升机的平台上观看周围已经被冰封的记忆场景的时候，MGS系列跨越十年的线索就轻易的被小岛不经意的串联了起来。
这是游戏中第一个让我不由自主地必须掏出照相机拍照留念的地方。我说不清楚这是一种什么样的感情或者动机，但它无法克制，如果这算是被游戏玩的话，我也心甘情愿了。
之后整个第四幕几乎每一步都充满了对MGS的回忆，不但是画面上的，而且还有不时浮现在斯内克耳畔的MGS的对话。这一幕的Boss战也是在回忆MGS当年塑造得最为成功的Boss形象之一:雪狼。在和Vamp的决斗中，雷电如同当年的灰狐一样出现在斯内克需要帮助的时刻，斯内克指向Vamp的枪和当年指向灰狐的枪一样不听玩家使唤无法射击。当年被斯内克击落的直升机残骸还可以看到，当年斯内克走过的地方被塌空的地板依然空着，当年通着电流让斯内克不得不绕道而行的地板现在依然可以被接通电流用来击倒Gekko。对于没有经历过MGS的玩家，这一关可能不过是一个场景描绘生动但却只是充满了冷冰冰的机械敌人的普通关卡，但对于曾经在十年前被MGS拉入了这个系列的围城中从此不能离去的爱好者，漫天风雪的背后是充满了热情和温暖的幸福回忆。
在继续解释这个关卡的高潮之前，我们来看看一个被许多人似乎误解了的玩笑：当斯内克击败哭泣雪狼继续前进的时候，Otacon突然以不可略过的Codec对话提示斯内克，需要换盘，换Disk 2。许多人将这个笑话看成是小岛对游戏不可能移植其它机种的调侃，不过我不觉得小岛会如此的狭隘，整个第四幕的核心感情基调就是在回忆MGS，换盘的笑话也没有脱离这个主旨，和那个充满了马赛克的低分辨率的MGS面罩一样，透过Otacon，小岛是在感叹MGS系列十年来的历程和发展，这种比较在第四幕被细腻的展现在每一个角落中。它是整个MGS4系列总括基调下的产物，和游戏平台无关。
在第四幕的最后，玩家终于在MGS系列中第一次，驾驶了Metal Gear，Metal Gear REX。作为游戏系列设定中强大的战争机器，玩家从来都是和它们作战，一代要捣毁REX，二代要捣毁Ray和Arsenal，三代要捣毁Shagohod。但玩家却从来没有机会亲自操作任何一个Metal Gear来实际游戏过。作为对这一点的补偿，作为对系列一直以来的终极武器的终极体验的机会，在第四幕的结尾玩家终于以斯内克的身份坐进了REX的驾驶仓，首先在脱离武器库的过程中，将游戏里一直几乎是不可一视的Gekko成群的推翻压暴，这是一种对玩家在MGS4中一直积攒的感情宣泄需要的回应；之后，REX和液体蛇驾驶的Ray在海边展开激战，则是对玩家从MGS系列以来一直对这个战争机器的恐惧、敬畏、痛恨、企图占有等等交织的复杂感情宣泄的回应。
除了特意安排的回忆闪现画面和整个以回忆为基调设计的第四幕关卡以外，游戏其他部分也穿插了许多和前作关联的内容。举一个给我印象深刻的例子，Eva在逃脱追逐战前的剧情动画中掀开覆盖在摩托车上的布的场景。如果没有观看过MGS3中Eva精彩表现，不理解她曾经生活给她个性留下的印记，这个动作很容易被简单的看成一个已经七八十岁的老妇人还在故意耍酷。而对于在MGS3中曾经和Eva经历过那场战争和爱情的玩家而言，不需要任何的回忆画面的提醒，这样一个动作就足以唤起他们心目中对于半个世纪前的那个金发女郎的全部感情。
MGS系列是一个前后故事贯穿世界观统一串联的游戏系列，作为系列的最后一作，可以说总结的重要性，要远远大于创新。Big Boss最后靠在墓碑上说出游戏的最后一句对白“这样挺好，不是么？”，是小岛通过Big Boss的口，在问全世界的MGS系列爱好者：“就这样了，我为MGS系列设计的结局，你们是否满意？”感谢MGS4中贯穿全篇并在第四幕中集中表现出来这些唤起大家美好记忆的模糊画面，如此的系列终结作，谁会不满意。
经典的潜入与车辆追逐关卡
MGS4说到底还是个潜入游戏，为了让这一点更加明确，也让一些习惯了“无处躲藏”概念的玩家的心重新回到潜入游戏的环境里来，游戏特地设计两个专门的潜入玩法的关卡，第二章追踪奈奥米足迹以及第三章追踪抵抗组织成员。
追踪奈奥米足迹这一部分其实并非一定要按照游戏的提示小心翼翼的来。Naomi的去向是固定的，整个关卡也是相当狭小封闭的，虽然有那么几个岔路但都是不长的死路，走错了也很快就能回头而且死路的尽头往往能捡到不少好东西。这么一来除了第一次通过的时候可能会严格的按照游戏引导走追踪路线以外，以后再玩恐怕不会再有这么行动的乐趣。而且因为目的地非常明确，这么做的意义也的确不大。追踪奈奥米足迹这个关卡可以说是一次试图挽回潜入游戏形象的不成功的尝试。
但第三章追踪抵抗组织成员就完全不同了，首先你不可能一路杀过去，虽然你也知道他们最后的目的地，如果一路杀下去你所要跟踪的目标也十有八九会被暴露然后被抓，或者干脆和你直接交火。如果抵抗组织成员反复被抓，那么任务会失败。其次，就跟踪行动本身来看，抵抗组织成员在这个城市地图里行走的路线是会随机变化的，这比起奈奥米足迹要复杂多了。最后，抵抗组织成员在一些路口会因为PMC的存在而等待玩家的帮助。这些要素综合起来使得第三章追踪抵抗组织成员关卡成为了一个具有相当深度和乐趣的潜入关卡。很高兴在战火纷飞的MGS4里能体验到一关如此纯粹的间谍游戏。唯一的抱怨是，这一关的气氛似乎有些脱离MGS4整体的时代背景，从画面到音乐一下子仿佛回到了MGS3的年代。
