游戏的故事发生在前作的两年之后，两年后的伊修地区发生了很大的变化，从官方公布的地图来看大部分冰封的地图不难猜出是冰龙丘雷姆的杰作。前作中围绕着伊修地区古老的双子英雄传说展开，N的出现给玩家留下了很深刻的印象。远古时代人类和精灵的战争不断，双子从龙旋塔获得了龙神的力量平息战争统一伊修地区，又因为分歧让龙神分裂成黑白两龙分歧的战争之后是兄弟的和解建立了古代的繁荣，后人却没能继承英雄的遗志滥用黑白龙的力量使得世界几乎毁灭，帮助人类重建伊修后黑白龙终于进入长眠...回归到游戏中，等离子团老大企图利用N唤醒黑/白龙来达到自己的目的，N做为古代双子英雄的继承人其实不过是等离子团老大的一个棋子。而被世人所误传的古代双子的传说在剧情一步步进展中逐渐将真相浮出水面，同为英雄双子继承人的主角最后得到了N的认可，也是因为主角让N对精灵、人类乃至世界有了新的认识。留下黑：“实现美好的梦想，将它作为你所追求的真实!”白:“美好的梦想和理想会赋予我们改变世界的力量!”后N乘上龙从一代的故事中消失。真实、理想、梦想，再看看丘雷姆的黑白形态揣摩游戏的主题不难看出本作的主题将围绕“梦想”展开。从公布的画面来看这次的N终于站出来和等离子团老大对立了。追随N脚步的旧等离子、追随老大的新团体以及新的人物城市...将会给我们带来怎样的故事呢，拭目以待吧!
(以上剧情分析出自贴吧网友非原创，感谢口袋爱好者深度分析，感兴趣着请自行搜索“回顾+展望，伊宿建国传说”)
1.新的主角：与黑白不同的新主人公登场了!新的主人公的年龄和系列作品主角年龄保持一致比起黑白主角年轻。出生在新的城市ヒオウギシテイ(桧扇市)。(ps.刚公布主角还被玩家吐槽男主角太女性了，不过在宣传视频中的表现还是蛮帅气的。)被给予梦想的主角将以怎样的方式获得冰龙呢?一起期待吧。
2.新的劲敌：修?和主角一起住在ヒオウギシテイ(桧扇市)热衷于将精灵变强的少年，与主人公和精灵进行对战!在宣 传动画超酷的的表情和台词给笔者留下了深刻的印象。(ps：很有佐助的即视感的角色，估计人气会很高的说。)虽然外表冷酷其实是个十分关心妹妹的好哥哥，游戏中妹妹的精灵被等离子团夺走，似乎和等离子团有某些关系。
3.新毒系馆主：何米卡，道馆徽章是一把贝斯乐器，整个道馆就像一座摇滚歌厅!擅长使用毒系精灵。
4.新水系馆主：西兹伊性格豪爽我行我素，偶尔会给主角提供建议，擅长使用水系精灵。
5. 神秘角色阿库罗马：完全无法猜测的谜之人物。热衷于研究精灵们强大力量的秘密，在旅途当中会不断向主角伸出援手。但是从最新公布的图中看出貌似和新等离子团存在某种关系。也许就是为等离子团提供强大的技术来源的角色。
6.老角色登场：两年后的白露,这次的白露戴上了令人印象深刻的红色眼镜，受到了博士的委托，来到了主角所在的桧扇市给主角派送精灵。带上了切莲的眼镜难道...
切莲：在口袋妖怪黑白中和主角一起冒险的少年现在已经完全是个大人了!两年间的磨练让这个青年成长了不少!作为一个训练馆馆主，将会阻挡在玩家的面前!不过也会和主角一起与黑势力对抗。眼镜摘了啊大家懂的~切莲将使用普通的精灵作为第一个道馆馆主的身份登场.
7.重点角色：N 在口袋妖怪黑白中作为等离子团的傀儡“王”曾经一度打败冠军的天才两年后的他究竟去了什么地方?黑2带着黑龙的N白2带着白龙的N将和主角一起对抗老爹，(以下是个人YY)老爹诱骗出N让丘雷姆接触了黑/白龙从而获得了遗传因子变身了。在败北的N鼓舞下玩家控制的主角战胜并收复了黑/白丘雷姆，大团圆...(个人YY轻拍)
8.新等离子团：在黑白中以征服世界为目标活动的等离子团本来应该解散的，却在两年后的合众以相同的目的复活了。企图征服世界的等离子团与主人公的冒险将有密不可分的联系!两年后的合众地区又出现了等离子团，并且仍然不死心，正继续以征服世界为目标活动着!另一边的，是拒绝做这种坏事的等离子团。曾经的等离子团也分裂成了两个部分。
除了黑白中登场过的角色会以不同的故事出现帮助玩家以外，历代的馆主和冠军都会在伊修地区登场。同玩家一起争夺“口袋妖怪世界锦标赛”冠军的宝座。
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(ps.历代角色要以收费DLC形式登场就悲剧了)
