来到一周目获得大师球的房间，看到曼珠打败了火岩队老大Maxie，抢了他的Key Stone，并说她要召唤裂空座。曼珠告诉主角要前往天空之柱，随后走了。Maxie上前让手下给主角喷火驼Mega进化石。
随后大吾打电话来，说他把一切的线索联系起来慢慢得出结论，让主角快来绿岭宇宙中心找他。（来来回回的跑不累嘛）
和大吾见面之后，主角把从曼珠那听来的话都告诉他，他提示去琉璃市的觉醒祠堂找道馆馆主Wallace，他应该知道天空之柱入口在哪。
Wallace让主角前往131道路附近的小岛，便是天空之柱的入口。
从128号道路冲浪到131，会有路标指示天空之柱的方位。到入口时，Walllace在那等着，要和主角绝对，打赢他才能进去，此时他的小精灵：55级吼鲸王，55级毒刺水母，57级美纳斯，55级乐天河童。55级鲶鱼王，55级暴鲤龙。
进入后看到曼珠，开始和主角讲明这一切的历史，每上一层讲一部分，一直到顶楼，主角睡着了，醒来曼珠开始召唤裂空坐，她希望裂空坐Mega进化来对抗即将到来的流星群，拯救世界。
但她所得到的Key stone能量不够，完全没反应。
这时主角包里之前的陨石开始发亮，且不断加强，裂空坐上前吞下这颗陨石，Mega进化，浑身发出光芒。
曼珠表示主角可以收服裂空坐。
此时可以记录一下再上前收服裂空坐，以防万一打死了……可以推出再抓，裂空坐70级。
收服裂空坐后，曼珠会送你只有裂空坐才能学会的技能：画龙点睛。
然后提出和主角对战，默认你的第一只是裂空坐。曼珠小精灵：60级黏美露龙，60级怪颚龙，60级音波龙，60级七夕青鸟，62级暴蝾螈。
打赢她后，曼珠让主角和裂空坐一起去对抗即将袭来的流星群。
换上衣服，骑上裂空坐，出发！
主角骑着裂空坐冲向宇宙，把流星群撞得粉碎。
随后和代欧奇希斯对战，等级80，收服或打败它。
一切结束回到天空之柱顶端，曼珠不见了，留下一封告别信。
灾难消除了，画面播放不同的人们欢乐的样子，后面就欣赏动画吧。
主角和劲敌去看星空展，双方父母见面吃饭……（怎么觉得不太对劲……是要相亲的节奏）最后主角回家，剧情结束。
口袋妖怪红蓝宝石重制版二周目剧情结束后，接下来就是抓神兽的事情了，玩家们可以参考口袋妖怪红蓝宝石复刻版神兽捕捉攻略。稍后会继续旅程，口袋妖怪红蓝宝石复刻版三周目攻略中还有不少事情等着我们去做。
