从UFO掉落到了蟾蜍村，这里需要马里奥和路易与BABY在地图的左右两边分别顶4色惊叹号方块。地图左下角的时间旋涡可以回到现代。通过右下角的水管来到星星山，山顶的BOSS是炸弹指挥官，当一前一后托着炸弹的外星人被消灭后指挥官才会出现，如果将前两个外星人消灭的话炸弹会直接攻击玩家而且不能回避。总体来说回避攻击都很简单，难度不高。继续前进，来到星星王国的顶端，顶到彩虹方块后进入星星大门。第2副地图中将5个地区的星星方块放出的光相连出现水管。第3副地图谜题很简单，来到左上的房间进行BOSS战，BOSS的攻击方式主要是扔火焰和扔炸弹，当空中出现UFO时可以通过敲炸弹回数值，BOSS站立状态不可使用跳跃攻击。战胜BOSS后得到5颗碎片。
来到现代去找博士，接着来到3楼的时间旋涡。来到女王的城堡，女王的城堡中的谜题机关比较烦琐，不过没什么新花样。在第2副地图中同沙漠相同，需要马里奥和路易与BABY在两个地方同时顶4色方块打开中央的门，进入第3副地图来到顶部的UFO内玩打UFO游戏，然后来到第4副地图，一系列烦琐的机关后进入下水道。下水道吊桥处需要BABY飞到中央同时顶4色方块将吊桥放下。第2副地图中，顶与水管中的怪物成一直线的两个星星方块攻击怪物，最后一个红星时出现5个怪物中嘴巴动的最快的一个是真货。回到城堡第2副地图，将最上方的激光开启后水管解封。来到女王雕像内遇到公主，同时遭到了女王UFO的袭击。注意此时记录后前进直到游戏结束无中断，而且最后要连战3个BOSS，注意补给。打UFO游戏中直接炮击女王的UFO无效，必须通过攻击小UFO撞击女王的UFO造成伤害。紧接着就是女王的BOSS战，女王在保护膜状态下的攻击方式很简单，没有保护后的攻击方式比较难回避，扔出的星星除非被踩掉否则一直会攻击玩家，顺移后扔光球随即性比较大速度也很快而且附带毒性。总体来说女王的攻击次数非常多，不过攻击力不算很高。将女王打败后紧接着进入女王姐姐的BOSS战。女王姐姐的攻击方式有冲撞和配合UFO攻击，每回合公主都会提供星星攻击UFO，这个机会千万不能MISS，没有UFO的话女王姐姐并不强。女王姐姐会变身一次，变成八爪鱼后只有当脚部被破坏后才可以攻击王冠，王冠被破坏后攻击头部才有效，打女王姐姐是消耗战，非常耗时间。回到现代后发现昏迷的库巴，不幸的是被女王姐姐的灵魂占领，于是还要和库巴战斗一次，变异的库巴以外的好打，只要回避他的攻击就可以直接攻击女王姐姐的灵魂，很容易便搞定了。游戏到此全部结束，二周目没有追加内容，而且美版SC和LINK都出现通关后白屏现象。
