回到现代先后找博士和老蘑菇学变球的技能。在一个有齿轮的房间，用变球技能在齿轮上滚出现新水管可以通到蟾蜍村，不过目前进去也走不远。在跑楼梯的游戏中用变球技能可以达到城堡最高处，进入此处的时间旋涡来到过去沙漠。
来到沙漠，这里的机关是将4作像开启，方法是马里奥和路易以及BABY分别站在面对的两作像前面顶4色方块。进入建筑物中，亲眼目睹了女王将公主送入食人花口中，还不快去救公主。路上的谜题并不难，很快就可以来到BOSS处，BOSS是个棒糖外星人，攻击方式有两种，第一种用棒糖攻击，容易躲但是攻击力高，另一种是扔黑蘑菇、红蘑菇和火球，随即性比较大不过伤害一般，黑蘑菇有中毒效果，总体来说此BOSS不难缺很磨时间。
虽然打败了BOSS，却因为敌人人多势众被砸入了地下。地下入口附近有商店，用小马里奥杂碎墙壁进入，趁此机会补给一下吧。来到地图中央，此处机关需要马里奥变球滚齿轮，小马里奥吐水，并且击中上下屏幕同样的物品3次。第2副地图滚球游戏的最后一段必须走路完成，中央机关还是变球滚齿轮，小孩上去顶3个方块便可。来到第3副地图开始食人花BOSS战，BOSS飞行状态的攻击方式只有一种，但是随即性比较大，钻入地下以后攻击方式有两种，都比较容易对付，但是要注意BOSS钻入地下后不可跳跃攻击。打败BOSS后得到第3块碎片，将BOSS身后的墙壁敲碎继续前进救出公主。
回到现代找老蘑菇学小孩的飞翔和压扁技能，用飞翔技能救出被压扁后吹走的小公主。然后来到公主的房间遇到库巴，库巴将公主劫走的路上不小心掉入了时间旋涡中。使用刚学的飞翔技能进入库巴掉入的时间旋涡。
来到过去的火山遗迹，这里的谜题都很简单，用飞翔和压扁的技能都可以解决，第1副地图山顶上的惊叹号方块需要用小马里奥砸下。第2副地图中央处的机关需要马里奥和路易旋转滚齿轮增加风里，小马里奥压扁状态飘到云上顶惊叹号方块。来到火山口发现公主的王冠，突然火山爆发，立刻赶往山下的研究所。火山喷发的岩石将研究所全部破坏，然后必须让马里奥旋转开启阀门，小马里奥喝饱水灭火。没想到博士突发奇想用高压水泵扑灭火山（汗）。然后再回到火山口遇到巨石BOSS，BOSS的攻击方式有两种，一种是吐出石头连续攻击，一种是范围震击，BOSS受到一定攻击后变成4个小石头，攻击方式很简单。总的来说此BOSS不难。
进入火山第1层，来到大炮处将BABY扔进墙壁的洞中，接着开始老虎机游戏，游戏结束后机关开启。第2层无难度，顶绿色惊叹号方块便可继续前进。第3层玩吃钻石游戏得30分以上便可以消去红色方块。来到最底层和BOSS交战，BOSS是库巴和小库巴，库吧的攻击方式主要是范围震击和喷射火焰，速度比较快而且随即性也高，麻烦的是小库巴还会给库巴回血，在库巴变成龟壳来回撞的时候一定要将其打回去，这是唯一可以攻击小库巴的机会。打败库巴后公主被抓入UFO内，马里奥等人也一同进入了UFO。
进入UFO第1层，这层内的惊叹号方块会在黑暗中游走，必须让BABY敲击墙上的按钮开灯才顶的到。来到第2层，终于追到了公主，却没想到是外星女王的圈套，幸好被记者MM所救，不过最终没有逃脱陷阱的命运。
