本作的的玩法非常零碎，应该有很大一部分玩家没有完全的，下面带来大体的剧情分析，感兴趣的玩家可以参考参考。
这一代分为3个组
C组：卡洛斯 天明寺淳平 仓式茜
D组：戴安娜 西格玛 法伊（人名全部参考2代……）
Q组：（注意这组有点特别是4个人）Q Sean 埃里克 米拉 （平时的视角是Q的视角，一般是见不到Q的）
每一个组都有各自的剧情发展，然后所有组联合起来揭开谜团。
这里的结局比较多，主要说一下2代的世界线以及完全的E点剧情。
这个世界线，只活了D组的人，西格玛被炸断了双手和一只眼睛。
其他全灭。法拉死前出于我死了也不让你们好过的缘故，给法伊注射了根号6病毒，让法伊成为了第一个感染者。
在西格玛和法伊要求封闭基地，不让病毒泄露的请求下，戴安娜依然决定将两人救走。
这个时候，基地传来通讯，这个通讯就是大家比较熟悉的2代里面的，有6个人因我而死，很快，会有60亿人因我而死，那个神秘的D女士的录音。
因为从2074年跳跃过来的法伊，西格玛已经透露了一切。
然后，从其他世界线得知基地有时空传送装置（这个东西我给大家说明一下，就是指复制一个人的身体和意识，将其传送到设置的时间点，是复制，不是剪切）
因为机器只能传送2个人，所以只有淳平和茜过来，卡洛斯再和敌人搏斗。导致传送机器爆炸。
因为X门已经封锁的缘故，淳平和茜出不去，然而卡洛斯通过自身能力穿越其他世界线，启动那个世界线的传送装置，也跳跃了过来。
炸开了基地，将茜和淳平救出。为了实施AB计划，茜决定把淳平的记忆抹除。然后和戴安娜，西格玛以及冷冻的法伊，四叶，爱丽丝一起到了月球。
3年后，戴安娜因病去世。然后就是40几年的努力，2代的AB剧情开始。
填好这个坑后，完美路线交代了法伊和ZERO2世，以及布拉泽的真实身份。
在D组的某个世界线，西格玛和戴安娜决定使用传送装置回到之前的历史改过历史，我之前说过，传送装置是复制黏贴
也就是说，传送后，原来的西格玛和戴安娜苏醒了过来，因为传送一次需要充10个月的电。所以他们只能在基地中苦苦生存下去。
要不是有西格玛的保护和安慰，戴安娜早就崩溃了。在漫长的时间中，2个人发生了感情，也有了爱情的结晶，一对双胞胎。
男孩叫做德尔塔，女孩叫做法伊。生出一对孩子后，基地的食物已经消耗完了，因此西格玛和戴安娜决定传送双胞胎，到遥远的过去。
也就是1904年。当时的传送装置位置-德国。
时间线跳跃到1904年，德国研究人员发现了德尔塔和法伊。并且再次做了试验，把法伊从1904年传送到2008年的传送装置-美国。
但是不要忘了，传送是复制黏贴，除了2008年的法伊，1904年的法伊依然存在。在2008年100多岁的法伊成为了美国的科学权威。
在时空试验中，遇到了1904年传送过来的自己，并且抚养长大。
而作为哥哥的德尔塔，则被一对德国夫妻抚养长大。但是好景不长，那对夫妻的亲生儿子雷夫特无辜死去。弟弟含冤而死的德尔塔
在沉寂了9天之后，开始觉醒能力，读取/操纵。可能读取别人内心的想法，以及短暂时间控制别人的行动。成为了一个庞大的教派
自由灵魂的领袖“布拉泽”。
时年124岁的布拉泽，在2028年，内达华基地，使得3代的剧情开始发展。他就是游戏中的Q，那个被人认为又聋又瞎的老人。
之所以会发生3代的剧情，是因为布拉泽/德尔塔从其他拥有时空跳跃能力的人脑中读取了某个未来。一个狂热的教派信徒，使世界发生了
核战争，导致全球80亿人全部毁灭。因为不知道那个人的真实身份，所以他决定泄露根号6病毒。杀死60亿人，最后成功保住了幸存的20亿地球人。
然而他这样因为要杀一个人，就顺便灭掉60亿无辜的行为绝对不能被主角他们接受。于是集合大多数人的跳跃力量。终于有了一个光明的未来。
没有任何人死亡，也没有人感染根号6病毒，虽然面临着那个狂热信徒的灭世威胁，但是主角相信，依靠他们得能力，是可以阻止悲剧发生的。
这就是E点的时间线。
然后是E点各个人的结局
埃里克/SEAN/米拉
米拉其实是个挖心恶魔，埃里克说服她自首后，也和她一起被关起来了（好像是抛尸罪），并且在监狱里结婚。
此时小机器人SEAN过来劫狱，因为他知道传送点，要求两个人去过去阻止米拉杀人挖心。（小伙子，你越狱了知道么……）
淳平/卡洛斯/茜
学会跳跃能力的卡洛斯，让自己的妹妹也掌握了这种力量，从而摆脱了幻想症的折磨。
而淳平和茜两人快要结婚了，让卡洛斯和妹妹玛利亚去参加婚礼。
至于法伊/西格玛/戴安娜
剧情里没交代，这估计得看卡洛斯是不是杀了德尔塔吧，不过话说回来。
22岁的父亲和20来岁的戴安娜有个20岁的女儿法伊也就算了，还有个124岁的儿子德尔塔，这就不好接受了，比自己曾祖父年纪还大的儿子，噗噗噗
