战役4
补给完毕后，米狄奥军登上达斯提山道，却撞见逃亡中的共和国巴利安特军残余部队。虽然米狄奥并不想棒打落水狗，但对方要濒死反扑时只能应战。因为是在山道上，行军多有不便，且要注意敌弓箭手的远程攻击。
战役5
越过达斯提山，米狄奥军达到了大陆横断列车交替站附近。远远望去第二王子的宪兵队正守侯在那里，紧接着有一群亡命民走了过来，被宪兵队逮个正着。谁知此时巴利安特将军带着残兵败将亦溃走到此地，而且似乎把一口怨气发泄在亡命民的身上。米狄奥刚想上前阻止，躲在铁路对面灌木丛中的辛比奥斯军及时现身，喝止巴利安特将军。于是，帝国宪兵队和亡命民就交于辛比奥斯军负责，米狄奥则对付巴利安特将军。这一版中要注意敌方的魔法师，在此游戏中攻击集体魔法的杀伤力是固定的，比如水精灵召唤魔法的杀伤力为40，攻击单独一人的话就能扣掉他40点HP（将魔法防御值视为0来计算），但如果是攻击4个人的话，那么每人只能扣去10点HP。因此有时将人员聚集在一起分担大范围魔法的攻击倒比较妥当一些，否则单独一人很难承受得住大魔法的攻击。
击倒了巴利安特将军后，和辛比奥斯再度会面，问及共和国代表国王贝内特雷姆是否绑架了帝国皇帝一事，得到否定回答后米狄奥总算放下了心。辛比奥斯军搭上大陆横断列车，回共和国去。而米狄奥则打算前往巴兰多领借用雷利安斯将军的军舰西盖特号（シ－ゲイト号），到圣地艾尔贝塞姆去查个明白。
第二章 反叛者们的策略
米狄奥军在前往亚纳费克特村的路上，看到遍地的尸体，似乎此地经历过一场激烈的战斗，而且参战的人员有加赞鲁军、丝琵丽狄多军、共和国军、布尔扎姆教的假面僧，显得相当混乱。此时辛蒂茜丝发现一尚未断气的丝琵丽狄多军士兵，据其所言他们原本在此地联合了加赞鲁将军围攻共和国的普洛方德将军（プロフォンド），孰未料布尔扎姆教的芭桑妲祭司率领其手下突然出现，且加赞鲁将军竟然倒戈相向，与芭桑妲联手抓住了丝琵丽狄多将军，芭桑妲还对她下了咒！大感意外的米狄奥越发觉得事情变得复杂化，为了弄清缘由亦为了借船前往巴兰多领，众人来到了亚纳费克特村。
从村民的口中得知该村只有村长拥有一条中型船可以出海，不过讨厌帝国的村长多半不肯借船。走出酒场的后门，米狄奥就看到两个普洛方德士兵在议论如何借船逃离此地。到货运码头处，正逢普洛方德将军夺取了村长的中型船打算离开。因为自己也很需要此船，再加上对方亦不会放过我军，故米狄奥也只有与其战斗。
战役6
前三个回合，普洛方德将军的副官兼妻子丝忒拉（ステラ）会用船上的大炮打断几处通道。当米狄奥军逼近中央普洛方德将军所站的位置时，丝忒拉就会催促他赶快上船。但普洛方德将军见大多数士兵仍未安全离开，自己也不愿舍他们而去。情急之下，丝忒拉让两个鸟人士兵将普洛方德将军击昏、架到船上并让船开走，她自己则留在码头上继续抵抗米狄奥军。将丝忒拉以外的敌人全灭后，轮到米狄奥行动时，军师古兰达克便会问是否要放过丝忒拉。拆散两个相爱的人这种缺德事，本小姐自然是不会做的。于是米狄奥停止对丝忒拉的攻击，让她和普洛方德将军一同乘船离去。
战役7
虽然做了件好事，但米狄奥的心情亦不见得开朗棗没有船怎么能到巴兰多呢？如果翻山的话会浪费很多时间。就在众人为难之时，村长走过来告知该村的一个秘密：出村后向北走，在运河瀑布旁的一个大岩石下有条地道可以通往巴兰多领！整理好行装后（村长家有遗迹地图），米狄奥军刚一出村就见一鸟人战士飞了过来。鸟人战士的名字叫塞罗（ゼロ），是辛比奥斯派他来帮助米狄奥的。说话间，加赞鲁军就出现了，眼见没有什么可商量的余地，双方立刻大打出手。现在开始可以好好培养塞罗，虽然他会中途离开好几次，但因为是队伍中唯一不受地形限制的鸟人，故依然十分重要。战斗结束后，众人进入地下洞窟。
战役8
一进洞窟，就看到从瀑布上落下两个人来。前一男子直挺挺地落下、倒在悬崖边沿人事不知，后一少女站定后大声呼唤他，看来似乎是对父女。那男子接着又往悬崖下滑落，塞罗见状忙飞下去营救。就在这时有大批怪物出现，又是一场战斗。总得来说，第二剧本比第一剧本的难度要低一些。比如，同样是NPC，这位忍者少女叶月（はづき）就比艾玲（アイリン，武斗家，在货舱中加入辛比奥斯军）要聪明得多，也比较容易营救。虽然一开始是处于被怪物包围的状态，但叶月会突围至中央的高台，然后在该处待机，而那些怪物亦不会去追击她。我军行至地图一半位置时，后方会出现敌援军，因此千万不要把防御力弱的魔法师、弓箭手之流放在最后面。另外，派遣一个移动力高的角色尽早赶到叶月身边，与其对话后她就会仲间。
消灭了怪物后，塞罗亦将叶月的父亲救了上来。原来他们父女俩是来自巴尔美基亚大陆（バルメキア）的远东村（ファ－イ－スト村，《Shining the HolyArk》中忍者之村），为了找其弟子亚夏而来此，但路过运河上游时见盗贼们正在破坏铁路桥，两人看不过去上前与其争执时被打落河中。因为伤势过重，叶月的父亲没过多久就咽气了，临死前叮嘱女儿要好好地跟随米狄奥王子。强忍住悲痛的叶月随着米狄奥军上路，出得洞窟时已经是半夜了，众人便到附近兰塞德村（ラインサイド）歇脚。次日，米狄奥他们发现加赞鲁将军与共和国埃丘亚鲁将军竟然同宿于此村中！且两军一大清早就出发，联手去伏击辛比奥斯军！于是，米狄奥决定前去帮助辛比奥斯。在此村中一间民房内可找到鸡食，拿去喂笼中的一只母鸡，它就会跟着你走。
战役9
出村后看见共和国军在平原上遭到原生怪物的袭击，从他们的谈话中得知最近不知为何怪物们突然变得凶暴化，原本在黑夜才活动的怪物现在居然在白天也出现。待共和国军走后，米狄奥军亦在平原上与拦路的怪物们交战。此处有一座遗迹，地图便是先前在亚纳费克特村中获得。战斗结束后，米狄奥和军师古兰达克均感觉到艾尔贝塞姆神的守护力减弱不少，或许这就是怪物突然狂暴的原因吧。
战役10
行至山地，看到埃丘亚鲁军在入口处埋下伏兵，接着辛比奥斯军来到通往共和国国境的吊桥处，与加赞鲁将军、埃丘亚鲁将军展开了正面交锋。于是，米狄奥就去攻击那些伏兵，试图减轻辛比奥斯的负担。这一战要小心会有伏兵从两边的大蓬车中出现，当行至地图一半时，山那边埃丘亚鲁将军就会呼唤其援军去攻击辛比奥斯。当然，因为米狄奥的插手，埃丘亚鲁将军的如意算盘并未实现。继续和埃丘亚鲁的伏兵交战，先将两边的敌人收拾，再去对付中央的敌首领，注意一定要在第一时间将两个魔法师消灭。此时，另一个战场上辛比奥斯军已经攻到了吊桥上，狗急跳墙的埃丘亚鲁将军要砍断吊桥，遭到加赞鲁将军反对的他失足落入河中，生死不明。当米狄奥军将那些伏兵全灭后，那边厢辛比奥斯亦击溃了加赞鲁将军。两人再度会面，相互致以感谢。塞罗跟随辛比奥斯回共和国，而米狄奥军则翻越山脉，前往巴兰多首都。
第三章 遥远的巡礼之道
米狄奥军穿过群山时已经是明月当空，正巧前方有一村庄可以休息。但众人行至村口就感觉到一股诡异的气息，此时布尔扎姆教的高利亚德祭司（ゴリアテ）率领其手下出现在米狄奥面前。不过，高利亚德另有任务在身，没空和米狄奥军纠缠。他甚至还向众人询问是否见过一12岁左右银发的少年，并告诉米狄奥他们在搜寻的这个人名字叫“古拉西亚”（グラシア），是因贝达（インベ－タ）族的末裔！看到这里各位大概也明白了，此番《SHINING FORCEⅢ》的时代设定是紧接着《Shining the HolyArk》之后的。按其所言“灵魂” （スピリット）有阳的因贝达（イノベ－タ）和阴的休多鲁（ヒュ－ドル）两面，是善与恶混合的力量之源，乃创造主审查人类繁荣资格的道具。千年以前，继承了“灵魂”的人类，被力量所迷惑，形成了阴的休多鲁，建立了千年王国，最后被阳的因贝达所灭。被选中的人类继承“灵魂”的传承仪式（イボリュ－ション仪式）是在方舟内的圣棺前举行。而在《Shining the HolyArk》中，继承“灵魂”成为“因贝达”的主角亚瑟（ア－サ－）、罗狄（ロ－ディ）他们与攻击圣舟、企图夺取休多鲁力量的莉莉克斯（リリクス）等人交战，最终拯救了圣舟。另外，根据第一剧本中第三主角朱利安所说，《Shining the HolyArk》中的安利基王国（エンリッチ）在十年前已经灭亡了，而他就是从该国长途跋涉至此的，难不成朱利安与亚瑟、罗狄他们有什么关系吗？
待高利亚德走后，众人进村一看，果然如前者所言该村没有半个人影，是座荒废了的村子。回到本阵中休息一晚，次日辛蒂茜丝刚出门就吓了一跳棗村中到处都是人，充满欢跃的气氛，和昨夜所见的那副死寂的样子截然不同。辛蒂茜丝忙唤来米狄奥，与村民们对话后得知这里是妖精们的村庄，当拥有邪恶气息的人来此时村民们就躲到树上的家中，难怪高利亚德没有找到他们。另外，还了解到高利亚德所找的古拉西亚就是艾尔贝塞姆的神之子，前几日他曾外出修行来过此村。
