大和丸回京都新撰组与将军会合，一起来到飞鸟灵穴(京之南)。在石舞台读过石上文字迷后，调查后面一排神态各异的石像，即左第六个、右第四个、右第二个、右第三个发出咔咔之声，进入地下飞鸟之穴。伊藏也闻赶来，一片混乱。在灵穴前大和丸等人得到蕴藏巨大力量的法术——“转身”可使攻击力、防御力增高。
一路北上来到大陆极北的海岸之村，找到船夫却无船可乘。依村人所说南行龙之森林，在尽头空地有一株参天神木，大和丸打败了固执的木灵，怒气未消想烧毁森林。夏芽及时劝他打消了这个念头，木灵连忙同意供应木材，并替大和丸做了木筏。回村见过船夫，将木筏放在海边，人鱼出现拉木筏渡海。
(第一部完)
第二部 异国他乡
在函馆村的旅馆，大和丸遇到一个异族人ソツシェ利修及手下ティソバ添巴。大和丸上前帮助添巴搬货，他表示谢意。转天人去馆空，大和丸向馆中一女子询问(问两次)，她竟然听得懂异国人的语言。
在村外右方温泉处，大和丸依村人所说泡进水中，恢复了连日来的疲劳。听到有人来躲起，见利修等人来，并枪杀了带路村人。大和丸不小心弄出了声响，便跳出与利修对峙。可惜却让利修跑了，添巴留了下来，众人与他交谈，添巴希望大和丸能送他回故乡，但现在问题是找灵穴。在函馆村记录石像旁左有一男子两次交谈后，他说从村北东行，有一山间住有吃人妖怪。来到北东洞穴，将军及冲田、土方等人皆在。在洞中打败怪兽，它身下出现一洞，灵穴在里面，在一处泉前调查跳入，回见将军，正好听到了不该听的秘密，原来将军是这件事的幕后者。大和丸和将军等人大打出手，冲田趁乱与大和丸低语，大和丸假装逃跑离去。在途中添巴告诉大和丸关于故乡
圣地的事，听后大和丸疑惑不解，在添巴的故乡竟有相同的灵穴。于是大和丸等决定与添巴去圣地看看。
回到横滨(江户之西)在道具屋可买到宝物ぐじャぐのはね(可移动所去处所)还借到了一万元钱。在右手的码头，将木筏交于一位老者。第二天，老者将木筏改造成渡海航船(以后每升几级可回来花钱请老者改造)，在道具屋买齐弹药及维修工具。
渡海东行，经过激烈的海战和水底鱼怪的袭击来到了一块尚未开拓的大陆(今之南美洲)。上岸后添巴先行离去，并留下地址，大和丸在码头村镇みなょ町闲逛一番沿峡谷东行，向右下方来到草原之村，见到添巴，说灵穴在南方。途经ダヲソデ村，南行一条河川阻住了道路，众人挑战水中的水魔，反被擒住。在水下牢房，一个叫ャィレソ的女人放出了大和丸，叫他去拿“たでぃろの羽根”。从牢房左方出水面，来到西北的虹之森，发现几棵跟龙之森林相同的神木。大和丸向神木求取“たでぃろの的羽根”，神木们分别提出条件要：“绿のベ—ル”、“赤の水ガめ”、“橙の腕轮”、“青の角笛”、“紫の水晶”、“黄の石板”、“兰の镜”。最后一个是十个
“ヶロ ス”，此物在森林周围杀死小女孩样的怪物才可凑齐。一番忙碌，终于得到了“たでぃろの羽根”。回河川那女人插上了羽根，托大和丸过了河川。
来到ヒル村，收了一个同伴。听人说南有食人怪，答“是”得到“とりでのカキ”南行经过一个废弃大屋，在人食ぃ山打倒食人怪。再南行遗迹之村，在神殿里找到“黄金的のティァヲ”在下方屋中看到一个魂灵，在她站过的左边放置“黄金的のティァヲ”，魂灵出现，是个少女，选择不战斗，送给大和丸“黄金的のティァヲ”和“ェメヲルドピァス”。出遗迹东行なぼき的谷，用“黄金的のティァヲ”打开洞口，在洞口碰见并战败怪物スピリット后，ピァス出现，怪物要求众人相助，在灵穴边发现尸体。利修出现，原来他是这个王国灭绝的凶手。将利修打跑后，怪物进入尸体变成战士スクゥント，在灵穴发现宝物“不思议なきかぃ”。回遗迹之村，スクゥント和女王タミァヲ相见，女王魂魄放心的消失了。悲伤的印安战士スクゥント要求一人静静，众人在遗迹神殿住了一宿。
第二天早上，大和丸在遗迹前见到了邪恶的三博士，他们大言不惭公开承认灵穴是为了收集而设计的。三博士的灵魔兽击倒了大和丸、十郎太和夏芽，冬夜一人苦撑着，直到スクゥント赶来才倒下死去。三博士被吓跑了，痛失伙伴的大和丸辞别スクゥント来到河川，未想到他赶来加入队伍。重新组织的“影之新撰组”出发了。途中在ダうソデ村给スクゥント买新装备，在草原之村碰见一个日本商人可买到较强武器。渡海回横滨，将军出现。大和丸选择“不”拒绝与将军联手。他要靠正义
力量来拯救日本。
第三部 使命
在横滨坂本龙马家住下，夜里神秘的声音又起，叫醒了大和丸，指示去函馆之灵穴。在函馆村灵穴，渡海而来的三博士新研制的灵兽再次被打败，三博士又跑了(真是无耻之极)。将军又来诬陷众人，危急关头一道亮光将大和丸转移到别处，神秘声音的主人イヒカ和ヘぃたぃ神官终于现身，说出了灵穴的来龙去脉暴走原因，并加入队伍。出来一看是ぁぱぃノ村，在此整顿一下。
回到横滨之西富士山，在山中灵穴发现了将军一伙，当只留下冲田一人时，大和丸上前询问，冲田却变成怪物与众人博斗，最终倒在十太郎的剑下。将军一伙回来将大和丸四人关在了山洞里中，与此同时三博士杀死了近藤。众人冲出洞外看见三博士在富士山上建了一座高塔。
大和丸和两神官讨论，来到高千穗的北西方龙潭，在地下水路脱出来到地下王国。见长老后，在村中购买了各种武具和道具，这是最后一次机会，一定要精打细算。
回富士山在洞口前选择战斗上山顶，钻过火山爬上高塔，此处的迷宫虽然有此困难，但对于已然攻关至此的玩友不在话下，其中难点是在最后一道关闸(门后有记录符号)，必须先去左通道杀灵兽，再杀此关闸门前灵兽，才能拿到钥匙开闸。杀死最强的灵兽后，将其守护的“ヘビのぐひか”在电力装置上插入破坏了灵力收集，三博士跑了。下塔后解救被灵兽袭击的人们，士方赶来替大和叉掠阵。大和丸毅然进入山洞追杀三博士，此时以前的十几位途中加入伙伴全部离去。一路血战打倒三博士自身幻成的灵兽，大和丸最后面对的是改造过的利修。利修所变的超级灵兽有一只爪子，一只头，一只黑手掌。决窍是先打头再打爪子，最后打手掌，应该使大和丸四人处于转身状态，使用能让全队加满血的道具及时补救，在四人坚持不懈的攻击下，终于将利修击毙。大和丸四人已经精疲力尽了，法术不够封住灵穴，为了拯救国家，四人舍
