元治元年，京城附近的专管降魔除怪的新撰组，针对近来妖怪猛增的情况，头目近藤决定重新组建吸收新队员，命名为“影之新撰组”。原组织内高手十郎太受命踏上寻找人才的道路......
饭田町，狩猎归来的大和丸在村口与太郎分手回家，其母叫大和丸在自家取出文箱(大屋下方)，内装大和丸亡父遗物宝刀。太郎此时跑来说有孩被妖怪抓走。大和丸来到町外西北方向的丸山，在洞中打倒妖怪救出人质。回村众人相见正高兴时，妖怪赶来趁乱打倒大和丸，一个独行侠客击杀妖怪后自称壬生十郎太并与大和丸约定富山村见。夜里，辗转反侧的大和丸向母亲倾诉了这些遭遇并得知亡父也是降魔高手，心里感觉自己天生就为这种使命所驱使。早上，从爷爷手中得到宝物，从喜助手中得到草药，在道具屋上方又找到一个同伴，便辞别亲友上路了。
1 操作指令：
A键：执行 X键：调出状态表
B键：取消 Y键：地图及所在位置 SELECT键：过关提示
状态表中：按Y键可查看及更换同伴，后期可赠加乘船所在等级与装备。
按START键，进行几项设定更改。后期可选择人物行进战斗状态下是否变身。(L，R左右移动人物，A键变身。)
第一部 修行
北行富士山，找到十郎太并随其来到东面怪物聚集的皆神山，一场激战后，十郎太十分满意大和丸的武艺及人品。于是二人来到京都(西南方面)，见到新撰组的各成员冲田、近藤、士方等人，并接受了考验。玩到此处，玩友必须逐项完成屋中各队员所提任务：源三郎，来到京都内西南方角的桥上，有一女子来请求大和丸等人送她回家，答是现出妖身，原来是水下的落水怨灵;左之助，京之神社(北面)火光中出现魔兽マェ，法术对它没有用;藤堂，在道具屋屋右上方角落找到茶碗小僧;新八，在组织大屋右边屋中从小孩身上赶走附身灵;斋藤，京之寺(东北方角)灭魔鼠;冲田，这个任务最难，在京都中遛一圈，在组织大屋右边桥前有四棵柳树，在圈成的四方形对角线中站立等亡灵出现。
任务完成的非常成功，与此同时，大将军岛津身怀野心擅自开启了封印已久的灵穴，使妖怪横行于日本大陆。将军不得以求助于影之新撰组。大和丸接任务后首先前往出云村(京都西北处)寻找掌握灵穴秘密的才神一族。出云村一片废墟，在中间发现了床下密道，进入找到女孩夏芽，她是才神家灭家惨案的生还者。夏芽带大和丸二人来到才神家世代守护的圣地——八束山(村之南方)，洞口有封印，只有夏芽之兄冬夜可开，但他远行未归。下山时，新撰组队员赶来告知富山村附近太岩妖魔丛生，由于其处与家乡饭田町极近大和丸担心母亲安危。三人急忙赶回去，确认母亲无事后，又来到富山村，见到太石神社的神主说神社被霸占。出村往东来到太石神社一个神秘的声音响起，按提示在后面一排树左起第二棵前调查，地面出现洞口。那个声音指挥三人来到地下灵穴，灵穴闪出巨大光辉，声音说：灵穴暴走造成树木枯黄，动物灭迹。一片蓝光中石之神出现，被大和丸三人击败得到御灵石，声音又叫夏芽上前拜咒，封印了灵穴，但奇怪的是它又暴走他处。
大和丸追踪来到日光村，一个老妇人寻求帮助。大和丸护送她来到江户，在此收了一个大相扑士作同伴。继续朝北东方向走，在宝珠山顶寺庙中拜访了僧侣，询问进山方法，他要求大和丸去ひぇぃ山取到圣火，才可送给仓库钥匙开启左手的密道。众人来到京北面的ひぇぃ山顶取到圣火回宝珠山换到カギ，开启了仓库门(仓库里有两处秘道可找到宝物，墙上有裂纹记号)，读了洞口的封条，进入找到灵穴封印后出现了名刀“大典太”，从刀上感应到先辈灭怪师北斗丸战斗的情景。出洞后又得到消息六甲村妖怪横行。六甲村在京都西北方，十郎太家父一郎太在此开道场。在十郎太家住下后，夜里夏芽和大和丸闲聊，一郎太带着一个女人进来，两人大吃一惊，原来这个女人便是十太郎，她一直女扮男装。第二天，道场的三个弟子也加入队伍，向村南妖怪横行的荒地行来，奇怪的声音又出现指引众人跑步踏上地上有符号的地方，到了一个巨石挡住的洞口，宝刀大典太劈开了巨石，封印住灵穴又见到一柄刀，其状极似大典太，正惊愕之间，被打败的妖怪叫来了同伴，新出现的宝刀将妖怪击退。宝刀大典太与新宝刀交谈起来，这刀名叫“数珠丸”，还有几把宝刀长眠地下，镇住各地灵穴。
大和丸来到日光村(富山村之东)，经打听得知所需的青色宝珠是村长的家宝。见到长老，他正为村子每年给妖怪上贡而忧愁，今年的贡品是村长村的女儿。村长得知众人的来意，竟提出让夏芽替代他女儿做贡品，夏芽答应了。フタラ山顶，夏芽作为贡物一人留下，大和丸和十太郎埋伏在附近。突然天暗了下来，猿神出现，三人将猿神打倒。
猿神还欲垂死挣扎，远处飞来一物将其杀死。原来是位旅行客援手，他看众人无事便想离开，夏芽叫住他认出是自已的兄长冬夜。冬夜得知此事来由，怒气冲冲去找村长打架，三人追到村长家劝阻趁机叫村长交出了青色宝珠。回到八束山，冬夜解开了洞口的封咒，在地下打倒了三只毒虫。下一个目标是高千穗的灵穴。西行在码头乘船到九州，顺海岸南行到高千穗先记录一下，往北东行，找到一处大瀑布，景色美不胜收，击败水蛇怪进入水下，封印了灵穴得到宝刀三日月。在瀑布前，宝刀三日月告诉众人下次要去的场所。大和丸在高千穗南面的村落，做好事可得到法术。
回大陆，来到户来村(大陆极东面)附近的十和利山，却无法进入。回户来村得知一老妇人手中有四块石板可开秘道，但必须拿东西交换。无奈来到十和山西边的大森林中在地上找到四颗大葫芦状的草药，回见老妇人，得石板打开山之秘层。密宫共有六层，途中有两处可记录进度及恢复体力，在深处地上有三个石柱成三角形处取得宝刀“童子切”。封住灵穴后，群妖追赶，大和丸四人寡不敌众来到山洞外用御灵石封住秘口，夏芽体力不支昏了过去。回村住下，早晨听到户外人声嘈杂，原来是一家人送男人远行，从他们那里得知四国剑山有灵穴出现。
在罔山村见到摆渡人，渡海来到别府村见到历史名人坂本龙马，向下来到山城村。一进村，几个少女谈论剑山的财宝，见有生人便跑开了。村中遇见一个叫ひふみ的女人说她的恋人可帮助大和丸去剑山现在却被抓了起来。大和丸答应救人来到左方大屋(原有两武士阻止进入的地方)，门口空无一人冬夜建议从后门近入。在大屋后右上角紧接的小屋找到入口，进入地牢，见到武士伊藏及爪牙拷问被捕男人ゆぅま。大和丸打倒侍卫又将伊藏锁进牢房，救出了男人ゆぅま。回见女人ひふみ，原来她是一只猫精所变，男人ゆぅま。说出了寻找剑山入口的秘诀，必须在山四周的五个寺庙拿五件宝物放在山上五根石柱方行。大和丸依次拿到秘宝の指轮(1)、秘宝の本(2)、秘宝のカキ(3)、秘宝の水晶(4)、秘宝のつぼ(5)。在山顶按十二点、九点、七点、五点、三点分别放置(4)、(5)、(1)、(2)、(3)，开启通道。在山中灵穴，宝刀“鬼丸”被冰封住。冬夜、夏芽合力封住灵穴。突然有******抛来，原来是伊藏捣的鬼。打跑伊藏从赶来的土方口中的知京都有急事。
