三人返回暗之都市，但却发现这回已经尸横遍野，龙向一些生还者寻问到底是怎么回事。原来怪物来到了此地将他们几乎全部杀死了。众人估计可能是雷依干的，于是便来到了北面的关所，在关所中雷依首先追上了暗之组织的首领米库巴，这时龙一行人及时赶到，而雷依对龙能来到这里感到很惊讶，就在这时米库巴突然变身成一支巨大的怪物给雷依重重的一击，令他倒地不起，龙当然不能就手旁观，由于这次雷依是强制出阵，所以在人员上要好好安排。在战斗中发现米库巴的防御力十分强大，它的大防御更是可以抵挡一切攻击。在这里首先要把雷依复活，但复活后的雷依的HP如超过一定的数值便会自动变身成虎王而且不受控制，所以要再次让敌人将其打死，这样再使之复活便不会出现变成虎王的雷依，而雷依也可由玩者控制了。经过一番苦战终于将其击败。战斗结束后雷依正式归队。四人决定继续寻找龙之一族的秘密。
众人来到东面的关所处，但由于国王颁发了新的通行证所以现在还不能通过。于是众人便先向实验工厂走一趟，众人来到实验工厂后利用输送机到中央处，见到许多年不见的同伴毛毛。她正在聚精会神地研究着，于是龙便上前打招呼，但毛毛却并没有意识到龙的到来。直到她用手触摸到龙时才发现龙原来还活着，但她却以为龙还在天使之塔。接着毛毛与众人一同来到宿屋，在宿屋中妮娜把整个整个告诉了毛毛，但毛毛除了有关科学研究的事对于其它的却一窃不通。于是妮娜询问毛毛工场是否出了问题，毛毛说博士不知什么原因失踪了，工场也因此发生了爆炸而且也不能再继续工作了，看来关键是找到博士的下落。当众人问毛毛为何会在工场出现时，毛毛说自众天使之塔一役后便失去了贝克罗斯的消息，为调查贝克罗斯的去向才来到这里，于是众人便由毛毛带领来到东南方的“贤树の森”，在“贤树の森”中众人见到了贝克罗斯，而且看见它好象正在和贤树说着什么，之后它便算是重新归队。
找到贝克罗斯后所有的同伴就算找齐了。众人再回到实验工场，这时要注意将队伍组合成龙、毛毛、贝克罗斯。在实验工厂中工人说实验室中有一股十分怪异的气体，并希望龙可以利用石头将温室屋顶打破令气体放出，龙当然要帮助他了。在这里必须利用贝克罗斯的特技，首先按加速跑，然后在画有“×”的地方把石头奋力踢下去，如此便可以将两处温室的天窗击碎，这样那股气体便可放出。之后三人来到一间房屋内，利用毛毛的特技将壁炉门击破，便可进入秘密通道。在这里有许多超科学的装置，而且有的门必须要用密码才能打开，其中有三道门，只要细心寻找密码便可轻松使之打开，众人来到压力房内要同巨大的变异体作战，战胜后可以找到一本书，调查后便可得知打开四号门的方法，众人回到电脑屋，在四号电脑前输入密码(密码顺序为1-3-2-5-4)。输入成功后四号门便可打开，通过四号门便可见到博士，但奇怪的是博士正打算利用矿石与贤树的精华输入已死去母亲的身体，也正是因为这样才令工场出现了问题。毛毛上前质问博士并劝他停止这种危险的实验，但博士非但不停劝告，而且还喝了一瓶液体使自己变成了一个怪物，同众人打了起来。由于怪物并不强所以战斗很快就结束了。事后毛毛无限感慨，因为她又何尝不想令自己的父亲复活呢。离开这里之前要把控制杆关掉(选スイツ于を切る”。
一行人在郊外扎营休息，妮娜提意与雷依一同回到王城，因为国王对龙以前将她带走而感到不满，所以要求龙在城外等候。在王城内由妮娜领队同守门的卫兵对话便可进入王宫，妮娜将打倒暗之组织与实验工厂的事说给国王听，国王听了很高兴，便决定将新的通行手令交给他，在此之前国王要雷依先参观一下王宫，于是妮娜与雷依一同四处参观，在来到厨房时却遇上了哈妮，接着二人回到国王处，国王将新的通行证交给雷依，当国王想留下雷依时妮娜说还有事要与雷依先行一步，就在离开时，有名卫兵发现雷依与龙是同伴时，于是国王大怒，要把二人关起来，无论妮娜如何解释都不行，没办法，只有逃走了。就在这时哈妮从妮娜身上跳出，妮娜相信它会带自己与雷依逃出王城。跟着哈妮走了一会便来到了以前那个被锁住的门的地方。雷依将门打开后发现一部古怪的机器。正当二人束手无时哈妮将之启动，而且跳到中间圆形的石台上便消失了，雷依出门后把此事说给妮娜听，妮娜也决定离开王城，这时国王带了许多士兵追了上来，就在千钧一发之际，二人由那个传送装置逃离了王城。
逃出后二人发现已经是在城的外墙处，雷依感到十分不可思议，二人就此离开这里与龙会合。众人因为拿到了通行证很顺利便可通过关所，再经过火山又来到了天使之塔，在天使之塔仍然必须要有加朗德在队中，加朗德与众人来到塔顶。在塔顶加朗德向天跑拜，因为他已经算是完成了神的使命。但天空出现的并不是神而是那个被封印在天使之塔中的那名神秘女子，这名女子便是“龙之战士Ⅰ”中的大魔导师迪斯。迪斯说要想见到神必须要将她身上的封印解开，而解开封印则必须将ガ-デイアン·加伊斯特……说到这里便消失了。加朗德说必须找到加伊斯特，因为加伊斯特与他一样是受命灭绝龙族的人，但他却并不太清楚加伊斯特的事，所以必须回到ウルカン·タバ村打探有关加伊斯特有事。
众人来到ウルガン·タバ村，由加朗德带队找到长老。长老向众提明加伊斯特在西方海边的一个渔村内，于是众一同向西面的海边进发。在海边首先要经过タイドペレス，在这里由于潮水的起落是周期性的，所以要利用这一点才能通过，另外，别忘记找到此地的一块变身水晶，当遇到在木伐时要利用龙的特技将绳索切断即可。离开这里向前行就是加伊斯特所在的村子。打听到加伊斯特的住所后在村子的最深处找到了加伊斯特。此时加朗德与加伊斯特谈了有关龙之一族的事，虽然加伊斯特还是不太相信神是错误的，但还是答应帮助众人解开迪斯的封印。但他要求龙独自与他一起呆一会儿。加伊斯特向龙说出了400前与龙族战斗的事。原来世间人人都相信龙族是引起战争的凶手，但事实上却是加迪昂一族首先向龙族进行了攻击，但由于他们都相信神是正确的，没人提出异议，直到后来有些人才觉得此事不那么简单，现在加伊斯特只要与龙作一场比试，龙也答应了他的请求。在开战之前先到外面将事情告诉加朗德，这里回答“真实を知らねばならない”。然后进入加伊斯特房间回答“神に会い真实知る，”他让龙站在两支火把中央，而自己变身为一支巨大的怪物与龙决斗。他的弱头是冰，但两方的火把会不断回复其体力，所以要先把两支火把干掉，然后再变身成冰龙便可战胜加伊斯特。战胜后加伊斯特因支持不住而倒地不起，这时加朗德进来后他便将封印解开，而自己也变成了一堆土灰，就在他临终之前说神是否因害怕龙之一族的力量而把……。在加伊斯特的遗体处调查可得到加朗德可以使用的强力武器。
