来到月亮神殿,月亮老人福索亚向众人说明了一切:福索亚的哥哥建造了飞船大鲸,乘其来到地球,并和一地球女孩相爱,生下两个男孩,其中之一就是塞西尔。魔鬼热姆斯一心想消灭地球人,当年被月亮老人福索亚和他哥哥联手击败,如今被八颗晶体封印在地下长眠,但他邪恶的意念一直未停止活动。他控制了高贝兹的神智,利用他收集地球八颗晶体,目的是为了激活巴贝尔塔内的巨型机器人,消灭地球的生命。时间紧迫,众人急忙赶回地球,可已经晚了一步,巨型机器人已经复活,并大肆进行破坏,地球已经到了生死存亡的关键时刻。此刻地底世界的吉欧特国王率领坦克部队,斯德集合了巴伦所有的飞艇,一起对机器人展开围攻,无奈机器人装甲坚厚,攻击不起作用。塞西尔乘飞艇从巨型机器人的口部进入机器人体内,途中遇到高贝兹的四魔将联手攻击。机器人心脏部位是中枢CPU,十分厉害,关键是将前面加HP的小球消灭后集中攻击其主体,将其消灭后,机器人终于瘫痪了。
高贝兹气急败坏地闯进来,大骂众人破坏了他的计划。月亮老人用魔法使高贝兹恢复了神智。令人震惊的是他竟然是塞西尔的亲弟弟,塞西尔此时心中的痛苦可想而知,把头扭过去不予理睬。高贝兹见此痛悔交加,一定要回月球找热姆斯算帐,月亮老人怕他有失也一同跟了回去。塞西尔知道月球之旅十分危险,命令罗莎和蕾迪亚留在地球,罗莎刚要抗议,蕾迪亚一使眼色,二人退了下去。飞船抵达月球,两位小姐不知从何处又钻了出来,原来她们偷偷躲在船内根本没离开,还有什么危险能拆散塞西尔与萝莎这对生死恋人呢?
最终之战前,先回巴伦城内收服巴伦国王的化身:召唤兽奥丁大帝(オ-ディン;Odin)。在月球的巴哈姆特山洞(げんじゅうしんのどうくつ;Cave Bahamut)可收到万兽之王:神龙巴哈姆特(バハム-ト;Bahamut)。这可是SQUARE神话世界的最强神龙,还记得让你我废寝忘食的SLG精品《圣龙战记》(Bahamut Lagoon)吗?
来到月亮神殿,月球老人和高贝兹进入封印地穴很久了,在地穴深处有勇士们的最强装备,敌人也异常凶猛。一路拼杀到达地穴深处,月亮老人、高贝兹和热姆斯正在激战,二人同时使出流星魔法,热姆斯终于倒下了。众人正在兴高采烈庆祝之际,没想到死亡并未消灭热姆斯,相反却激发了他的无比仇恨,他的仇恨化作一只巨大的怪兽,将众人卷入无穷的黑暗之中。地球上米西迪亚城主率众不住祈祷(好象RPG打大鬼都要祈祷,记得有一首英文摇滚You need a Pray的歌,看来Pray对老外还真管用),五位勇士终于站了起来,塞西尔从高贝兹手中接过一块晶体,击碎了热姆斯的外壳,接下来就要看玩家的本事了。
结尾
高贝兹为了忏悔自己的罪孽,决定随月亮老人修行,这是一个漫长的黑暗之旅,也许今生今世再也不能和塞西尔见面。在罗莎等人的劝导下,塞西尔终于说出了埋藏心底很久的两个字。劫后余生的人们满怀对未来的憧憬加紧在废墟上重建家园。不久,一起出生入死的战斗伙伴们接到了巴伦王国的请柬——参加新国王塞西尔的登基大典和与皇后罗莎的婚礼,这可是天大的喜讯。来宾中独缺龙骑士凯因,此刻他正站在遥远的山巅默默为两人祝福。塞西尔冥冥中仿佛听到一个声音,那是来自月球的哥哥高贝兹:"永别了,亲爱的塞西尔……"
