回到米西迪亚,城主打开被封印的巴伦地下通道,来到巴伦镇。在酒吧意外地遇到在海上失散的杨,上前问候却遭到攻击,原来他受到高贝兹的控制迷失了心智。利用杨手中的钥匙打开镇左边的门,穿过地道经护城河进入巴伦城。城内静悄悄空无一人,在皇宫消灭假冒国王的高贝兹手下四魔将水魔后,机械师斯德冲进来,告诉大家城内有一艘隐藏的飞艇。事不宜迟,众人跟随斯德走出宫殿。经过一条通道时两边的墙壁突然向中间挤压过来,眼看众人就要被压成肉饼,就在此时波罗姐弟推开众人跳在墙壁前,同时使出石化魔法,化作两座石像挡住了墙壁。看着两个活泼可爱的孩子变成冰冷的塑像,众人痛不欲生,泰拉老头更顿足捶胸,发誓与高贝兹拼命。
斯德启动了飞艇,龙骑士凯因作为高贝兹的特使前来传信:用土之晶体交换萝莎,否则萝莎性命难保。乘飞艇来到巴伦西北方由八姐妹统治的女儿国托罗亚,发现土之晶体已被黑暗精灵偷走。众人在城内见到重伤卧床的爱德华王子,得到一件道具(ひそひそう;Twinharp)。东方的洞穴(じりょのどう;Cave Magnes)是黑暗精灵的老巢,那里丛林茂密,飞艇无法着陆。托罗亚的北方有个陆行鸟村,捉住紫色的陆行鸟可进入精灵洞穴。洞中有异常强大的磁场,众人战斗十分吃力,即使在托罗亚换上非金属装备也同样不会捡便宜,建议打不过敌人就三十六计走为上。黑暗精灵凭借强大的磁力很快将我方打败,远在托罗亚的爱德华王子不顾医生护士的劝阻,奋力弹起竖琴,琴声封住了黑暗精灵的魔力,磁场消失了。勇士们拾起武器,经过一番激战,夺回了土之晶体。
回到托罗亚,八姐妹见到晶体异常高兴。此时凯因如幽灵般赶到,命令塞西尔随他一起去见高贝兹。乘飞艇来到一座塔内,一路拼杀在顶层见到高贝兹,没想到将晶体交出后他竟卑鄙地翻脸不认账,拒不交出萝莎。泰拉再也忍不住,冲上去和高贝兹交手。高贝兹的确异常强大,各种攻击对其均无效,泰拉最后不顾一切地使出流星魔法,强大的力量将泰拉击倒,可恶的是高贝兹竟然无恙。塞西尔有些绝望了,难道高贝兹真的不可战胜吗?为保护大家,塞西尔冲上去挡住高贝兹,无奈功力相差太远,就在高贝兹举剑要斩草除根的一刹那,令人惊异的是高贝兹手中的剑停了下来,眼中流露出迷茫的神色,口中不住喃喃自语:你是谁?流星魔法虽未将高贝兹击溃,但大大削弱了他的力量,使凯因摆脱了控制。塞西尔冲进了塔顶,在千钧一发之际救下了萝莎,一对历尽劫难的恋人终于重逢。此刻凯因语出惊人,当时自己神志昏迷受到高贝兹的控制,但内心对萝莎的强烈爱慕之情使他做出绑架萝莎之举,目的是为了证明自己在各方面都比塞西尔强!
这时塔即将爆炸,萝莎使用魔法将众人送回巴伦。大家正担心高贝兹使用四颗晶体去干什么坏事,凯因告诉大家这个世界共有八颗晶体,在地底世界还有四颗黑暗晶体,当全部晶体聚合时,通往月球之门将被打开,说完交给塞西尔一把地底之钥(マグマのいし;Magma)。
地底篇
乘飞艇周游世界,来到阿卡特村(アガルトのむら;Agart),村中有一口古井,使用地底之钥后村外山崩地裂,出现一巨大洞口,原来这就是通往地底之门。勇士们来到地底世界,意外发现高贝兹的飞艇正在和地面的坦克激战。众人乘坐的飞艇被流弹击中,迫降在德瓦夫城(ドワ-アのしろ;Castle of Dwarves)附近。在城中见到地底世界的国王吉欧特(ジオツト;Giott),得知两颗黑暗晶体已被高贝兹夺走,城中的晶体由于坦克部队的顽强抵抗完好无损。众人在国王带领下进入晶体室,正撞到高贝兹。仇人相见分外眼红,虽然勇士们已今非昔比,无奈高贝兹太强大了,正在苦苦支撑之际召唤师蕾迪亚及时赶到,众人合力打败了高贝兹。多日不见,蕾迪亚长大成人了,原来她跌入大海后被海王带到唤兽之岛,黑魔法和召唤术大大得到加强。高贝兹趁众人疏忽之际偷偷拿走了晶体。
为扭转不利局面,吉欧特国王建议趁高贝兹注意力集中在最后一颗晶体上时袭击巴贝尔塔,夺回失去的七颗晶体。从城内的秘密通道进入巴贝尔塔,发现晶体已被转移到地面,而高贝兹制造的超级加农炮已对准德瓦夫城即将发射。众人冲进主炮控制室,巨炮发射已经进入倒计时,眼看地底世界即将毁于一旦,关键时刻杨把众人推出门外,将自己反锁在屋内。出塔后斯德驾飞艇正好赶到,背后高贝兹的飞艇紧追不舍,斯德开足马力让飞艇冲出地底,自己跳下用炸弹将洞口炸毁封闭。回巴伦城找到斯德的徒弟,给飞艇改装加上锚钩,将以前用过的气垫船拖到艾伯伦城(エブラ-ナじょう;Eblan)附近,换乘气垫船到左边山洞。艾伯伦城已经被毁,全城人们躲在洞中继续抵抗。王子为救父母只身前往巴贝尔塔,众人急忙前进,半路救起被高贝兹手下四魔将之一火魔打倒的王子艾吉(エッジ;Edge)。塔顶王子遇到父母,他们已被高贝兹变成凶猛的巨兽,王子不得已和父母决斗。击败火魔后,艾伯伦的大臣带领手下急匆匆赶到,王子嘱咐他们随时提防敌人入侵后,随塞西尔进入晶体室。看见七颗晶体熠熠生辉,众人大喜,不料刚要上前就掉进陷阱,跌落地底世界。巴贝尔塔通天彻地,再往塔顶已不可能,出塔后发现敌人停靠的飞艇,偷偷开走来到德瓦夫城面见吉欧特国王。国王将女儿卢卡的项链(ルカのくびかさり;Luca)交给塞西尔,这是开启西南方封印之洞(ふういんのどうくつ;Sealed Cave)的钥匙。由于飞艇无法飞过熔岩,在城内找到养伤的斯德,将飞艇进行了改装。
西南的托姆拉村(トメうのむら;Tomra)有很强的装备,在唤兽之岛(げんじゅうのどうくつ;Land of Monsters)可收到阿斯拉女王(アスラ;Asura)和海王(リウァイァ;Levia)两个威力巨大的召唤兽。与阿斯拉女王交战时,她会不断给自己加HP,用魔法罩给她加上反弹魔法,她加的血会补到我方身上。在斯鲁夫洞穴(シルフのどうくつ;Sylvan Cave)的深处见到了被精灵族守护的昏迷不醒的杨。唤兽之岛和斯鲁夫洞穴到处是灼热的岩浆,走在上面会损失大量HP,敌人也非常厉害,建议将萝莎练至LV.35后习得漂浮魔法(レビテト ;Float)再进入。
在封印之洞拿到最后一颗黑暗晶体,出洞时高贝兹又控制了凯因的神志,偷袭塞西尔夺走了晶体。吉欧特国王见最后的希望破灭,忙叫塞西尔到地面找米西迪亚城主帮忙,重病缠身的斯德连夜为飞艇加装了钻头,塞西尔一行乘飞艇从地底世界的右上方火山口冲出地面。
月球之旅
在米西迪亚,城主已等候多时,在众人虔诚的祈祷下,传说中的奇迹月亮飞船大鲸终于出现了。去月球之前,如持有在地底世界取得的道具(ネズミのしっぽ;Rat),到地上的小岛(アダマンとうのどうくつ;Grotto Adamant)换取硬石(アダマンタイト;Adamant),再回到地底世界的东南角小村(かじャのククロのいえ;Kokkol,the Smith's),将硬石交给里屋睡觉的老板,他会将塞西尔的武器传说之剑(でんせつのつろぎ;Legend)改造成最强兵器(エクスカリバ-;Excalbur)。
