最终话-历尽艰险，终抵彼岸
☆最终话开始之后，在大树下书架会找到利贝尔通讯02年后期~03年前期（SC部分），注意这里会得到一期SC游戏中不会获得的通讯，介绍了方舟事件的解决过程。☆如果此前收集了全部书籍的话，此时会获得饰品“翡翠头环”（防止全部状态异常并大幅提升能力值）
对于PSP玩家，最终话开始后，在庭院的泉水处可以得到回路。战斗次数300次以上、逃跑0次将获得“神镜”回路（地6火8空4，50%几率性反射物理攻击、最大HP-20%）；战斗次数300次以上、逃跑300次将获得“魔镜”回路（水8风6幻4，50%几率反射魔法、最大EP-30%）。
最终话终于到来了，凯文不再是队伍中的常驻角色，此时可以编组任意四名角色到队伍中来。与塞雷斯托对话，就会开启新的地图——深渊。深渊内的敌方经验值很高，由于最后的决战中所有角色都要上场，建议通过深渊的地图将所有队员的等级都提升到130（有资料表明不到130也可，但要求最后的四个队伍中每个队都有一名主力角色等级不少于130级，否则初期的战斗会比较艰难）。
深渊的结构很简单，一条线走到底即可，注意第四个BOSS大天使羊的出现条件：打死前三个BOSS之后，并且没有经过深渊入口的石碑进行传送的话，大天使羊就会出现在深渊的终点。由于不能使用入口处的石碑传送，所以第一批队员只能一直前进到终点前的星之门15才能回到据点。好在前三个BOSS难度不大，大多数人员配比都能轻易通过。
第一个BOSS会用魔法“苍白地狱”攻击，带气绝效果，弱点是幻属性。第二个BOSS可能会用即死攻击，建议开场爆S清理。第三个BOSS会冰冻攻击，建议开场爆S清理小怪。继续前进就会看到最后一个门——星门15，建议调查完毕之后回到据点，把玲和科洛丝带上，直接传送回星门15.
【星之门15】队伍中有玲就能进入，这段剧情不同的版本有不同的内容，具体的问题这里就不细说了，建议想多了的同学去玩玩零之轨迹，那里面对这个问题有明确解答。
继续前进，遭遇深渊第四个BOSS大天使羊，直接用科洛丝的第二个S技——圣星光旋——就能直接秒杀。建议开场用数字键直接抢S。由于天使羊回避率、防御力都很高，魔法攻击无效，所以科洛丝的圣星光旋这个物理攻击、魔法计算的S技有效而且可以造成很高的伤害（只要没装减少ATS的装备回路都可以秒杀），其他人物在堆高STR的前提下使用满CP的S技也能造成不小的伤害，但是凯文的魔枪洛亚和圣枪乌尔、理查德的残光破碎剑都有魔法属性，所以对天使羊无效。深渊的4个BOSS每击败一个都会获得塞姆里亚石，拿着这个跟塞雷斯托对话就能制作最终武器，继承过存档的在第六话开始时就已经制作了，没继承3rd存档的只能现在制作了。
出发前把剩下的门都打开吧。
【太阳之门③ 里·武术大会】（噩梦难度）拿着深渊里面开宝箱得到的里·武术大会参加许可证就能进入了，这次是四连战，四场战斗的对手都很强大，组建最强的队伍来挑战吧。胜利后获得20000mira和魂之理（回路，战斗中自动减EP补充CP，是唯一一个可以自动回复CP的回路）；PSP玩家如果带着亚妮拉丝来挑战的话，胜利后武器利剑“迅羽”会得到强化，强化后的属性值比用塞姆里亚石制作的武器还要强。
【太阳之门⑤】要求有全部种类的耀珠才能进入。是一个问答小游戏，都是关于轨迹系列的各种问题，就看你是否细心了。（附图：P125~126）PSP玩家注意，PSP版追加了一个Maniac难度，奖品为刻耀珠（驱动3，驱动时间减少95%，STR/DEF降低20%，ATS降低15%）
【星之门13】需要战斗胜利400次才能进入，基本上不在深渊刷怪很难达到400战，实在懒得打的可以用改之理改一下= =门内会看到关于帝国游击士协会被袭击事件的调查报告，这个的时间大致是FC前后的一段时间，可以了解卡西乌斯离开家之后的部分行动。奖励10000mira和防具狩猎重铠。
【星之门14】完成其他所有的门之后就可以进入，可以看到关于结社的幻焰计划的一些端倪。奖励30000mira和饰品炽煌之冠。
