众人成功脱出以后，主角十分担心蕾拉的下落。于是大家决定先回菲因，希望反抗军在各地的情报组织能够帮助找寻蕾拉。回到菲因城会议室，大家惊奇的发现蕾拉已经回来了。原来遇到海难以后，蕾拉被大水冲走，在海上漂流，幸好被过往的船只救起来了。用关键词龙骑士与公主对话会触发剧情，公主和哥顿都对龙骑士理查得的加入感到欢欣鼓舞。离开菲因，一行人来到龙骑士之都迪斯特城（ディスト）。看到理查得还活着，那女子又惊又喜，竟哭了起来。理查得询问了他走以后的事情，那女子把帝国军队毒杀飞龙、围歼龙骑士团的事情全都告诉了他。理查得愤怒了，发誓要为战友报仇，为了消灭皇帝他愿意牺牲一切。
看到蕾拉还活着，大家都很高兴。用关键词龙骑士与公主交谈触 发剧情。
回到迪斯特城，理查得与女子对话了解情况。理查得表示胜利的一天终究会到来。
23.染血的魔法书 敏武之死
解除敏西迪亚塔魔法封印的水晶杖（クリスタルロッド）已经到手很久了，现在应该去敏西迪亚塔（ミシデイアの塔）取得最终魔法书—究极术之书（アルテマの本）。来到敏西迪亚塔前，水晶杖会与敏西迪亚塔产生共鸣，魔法封印解除之后主角一行人立刻进入塔内。在敏西迪亚塔3F、5F、7F分别与火巨人守护者、冰巨人守护者、电巨人守护者展开BOSS战！在成功突破三大守护者之后，主角一行人终于到达了顶层—10F。在顶层大厅，众人竟然发现了一直下落不明的敏武。敏武告诉主角，最终魔法书—究极术之书（アルテマの本）就放在他身后的房间里，但是房间的大门被封印了，现在他要用魔法来破解石门上的封印，打开这最后的一扇门！众人退到一旁，只见敏武将全身的法力化作一道绿光击向那被封印的金色大门。一阵眩目的光芒过后，金色大门被打开了，但敏武却倒在了地上......。“敏武！！”主角等人急忙围了过来“你怎么样了？一定要坚持住啊！”敏武慢慢的睁开眼睛，“我已经耗尽了力量，我累了……，或许这就是我的命运吧……。你们赶快进去，以后的事就拜托各位了……”说完敏武就牺牲了。在那道已经打开的金色大门内，主角终于得到了最终魔法书—究极术之书（アルテマの本），然而大家都没想到这竟然会是以敏武的生命作为代价……
水晶杖与敏西迪亚塔产生共鸣，封印解除之后就可以进去了。在敏西迪亚塔3F与火巨人交战（BOSS战）。
在5F与冰巨人交战（BOSS战）。在7F与电巨人交战（BOSS战）。
到达塔顶，敏武已经等候多时了。敏武用全部的法力来打开这最后的大门。
敏武为大家耗尽了生命，壮烈牺牲。进入房间得到究极术之书（アルテマの本），然后通过传送点离开。
24.龙卷风里的攻防战
拿到最终魔法书的主角回到敏西迪亚休整，和这里人的交谈中众人听到一个让人震惊的消息—帝国皇帝制造出龙卷风，正在攻击北方大陆的国家。 主角马不停蹄的往菲因赶去了。沿途看到反抗军的基地阿鲁迪亚（アルテア）和菲因城外的卡迪亚村（ガテア）已经被彻底摧毁了。那菲因呢，菲因现在怎么样了？带着疑问主角一行人立即赶往菲因城。回到菲因城，看到这里安然无恙，众人暂时放下了一直悬着的心。但是可以看见龙卷风正从东北方向这里卷来，菲因城危在旦夕！到会议室和公主交谈，得知除了阿鲁迪亚和卡迪亚村，帕鲁姆（パルム）和波夫特（ポフト）也已经被龙卷风完全摧毁了，龙卷风是帝国皇帝制造的，他本人在龙卷风里亲自指挥，如果不及时阻止龙卷风，后果不堪设想。和哥顿交谈，他正为这事急得焦头烂额“除非我们会飞，否则根本不可能进入龙卷风里，怎么办啊……”。哥顿的话提醒了众人，大家想到了飞龙，如果有飞龙的话就可以突入龙卷风的内部了，不知道最后的飞龙蛋现在怎么样了。众人来到菲因城里的皇家魔镜前面，对魔镜使用龙骑项链（ベンダント）后从魔镜中看到了生命之泉里的景象，飞龙蛋这时孵化了，一只小飞龙破壳而出！飞龙受到龙骑项链的指引，不一会就来到了魔镜大厅。龙骑士和飞龙终于团聚了！主角一行人来到龙卷风那里，飞龙带着大家成功突入龙卷风的内部。龙卷风内部有帝国皇帝的空中城堡，城堡里有帝国亲卫队以及其他强力妖怪把守，一路奋战到7F，终于和坐在宝座上的帝国皇帝面对面了。这里是三连战，前两战打败保护皇帝的亲卫队，第三战终于和皇帝对决了。经过激烈的战斗，四人终于将皇帝打倒了！“我……，我是……不会……就这样失败的……”，说完之后帝国皇帝就死了。回到菲因，公主非常感谢大家打败了皇帝，并高兴的和大家一起举行舞会。正当大家沉浸在欢乐中的时候，一个浑身是伤的反抗军士兵突然冲进来报告：“不好了！帝国并没有崩溃，暗黑骑士雷恩哈特（レオンハルト）掌管了帝国，成了新的皇帝……，新生的帝国对我军进行疯狂的虐杀……”，说完就牺牲了。
