夜间再入トラウト府经过调查果然发现トラウト才是真正的罪犯，打倒变身的魔物后解救帕迪而得到了失物。感激之余キルゴア把家传宝物赠送给了龙，当博修问起是否对最近一连串的事件感到奇怪时龙表示深有同感，那种在暗中迅速滋生蔓延的邪恶力量如果不尽快遏止必将使整个世界陷入混乱。
此刻；一个邪恶的生命完全苏醒了。ゲイト村—这个龙自幼生长的故土周围的森林陷入了黑暗的笼罩…
第五章:失落之心
シルビア奉长老之命把龙和博修两人叫到莫多町左下角的猎人工会，已经有许多魔物猎人云集在这里商议对策。多数人都表示由于强力魔物的出现导致现在的局面已经不是普通人类所可以解决的，长老告知龙ゲイト村附近的森林在瞬间化为灰烬后，发现那里出现了大量强力魔物造成不少调查人员伤亡。当听シルビア介绍说龙他们成功解决了トラウト事件时对他们大加赞赏决定委托他们去ゲイト村调查，长老告诉他们去ゲイト村必须穿越一片大丛林，只有找到草人才能够进入。
来到温笛亚获悉旅行马戏团已经前往音乐国，而到达音乐国必须借助鲸鱼グラソパ的力量才能到达。利用塔贝塔的变身技能到达希玛城东南方くじら岬的小屋（注：塔贝塔能力虽然并不强，但他的魔法ヒュ—ル可以自由往返于任何曾经到达的村镇），进入屋后的地穴让琳璞用特技把木栅栏打碎后众人沿一根粉红色管道滑了下去。下面有位老人在和两只海豚聊天，老人告诉龙他们正处在巨大的海上生物鲸鱼グラソパ体内，グラソパ已经沉睡了多时，只有去除它体内某处的封印石像才能使它苏醒。深入鲸鱼体内遇见坏死的黏膜拦路必须用琳璞的木棒奋力砸开，毁坏作祟的石像怪ムソマ—后返回和老人交谈，老人说鲸鱼还是没有苏醒必须再刺激一下，如法炮制重击肉柱状喉结一次后鲸鱼グラソパ终于因产生的痛楚醒了过来。为感谢相助グラソパ同意送龙一干人渡海，向老人索要道具くじらベル可在沙滩上随时呼唤鲸鱼。
来到音乐之国这个千百年来繁荣依旧的城市，由于语言不同暂时无法和城里的住民交流，不过这里贩卖得武器防具的确不错（音乐城附近的钓鱼场可以用小金币钓到龙战士1里那个贪心的勇者曼尼洛，曼尼洛会出售各种防御状态的戒指）。旅行马戏团就位于在城南，马戏团长说要交换草人必须用ウパルパ或者900000元。去到温迪亚和卡贝达村之间的怪物猎人集落采集诱捕ウパルパ用的阿鲁果实（アルの实），在后面森林里打败了魔物アルジャ—可以取得果实。ウパルパ栖息的 ウバ洞窟位于古鲁塞町附近桥的左下方，花钱向洞中鱼人询问获知把阿鲁果实放在两个并排洞口右面那个可以诱捕ウパルパ。只需等ウパルパ的身体全部露出洞口立即冲上去将它擒获（如果打倒后选择不捕捉的话会得到贵重武器所以建议诱捕两次，阿鲁果实可以问鱼人购买）。回到马戏团找团长，孰料团长竟变成魔物袭来，针对该魔物惧怕火系魔法特点可以轻松取胜，救出草人アスパ—（特技：森林步行）后根据指点赶往希玛城南方的树海去寻找大贤树询问事情始末。
大贤树是传说中与诸神一齐最早诞生在这个星球的古老生命，目睹了千万年以来发生的所有事情。要聆听大贤树的心声必须得到音乐国的睡眠之枕（セラビのまくら），但龙在音乐国根本无法与那里的住民沟通，唯一一个不是当地人的男性指点说拿到哈兰多城（ハイラソド）的名人之笛（めいじんのフエ）就能听懂说话。哈兰多是斯泰恩的故乡，由斯泰恩带队进入哈兰多城后大家获悉这个其貌不扬的家伙原来是这个国家军队的中队长。斯泰恩前去拜见公主后龙等三人在城中闲逛，在会议室听到女将军シュプケ—正大放厥词，三人不幸堕入了陷阱之中。斯泰恩因为找不到龙他们独自在城内探索，半路中听到头顶传来熟悉的呼唤声，原来是故友トウルボ—，トウルボ—对斯泰恩无故临阵脱逃十分愤恨而提出决斗。战斗分两次进行，第一次最好防御、第二次天桥折断后才是真正的较量。斯泰恩把トウルボ—从水池里救起，トウルボ—告诉斯泰恩自从他离开那段时间城里已经发生了很大变故，女将军シュプケ—完全掌握局面并挟制了公主，于是两人相约分头去营救公主。从左侧门一直上行会见到シュプケ—正劝说公主把哈兰多建设成强大军事国家。斯泰恩刚想阻止就落 入了陷阱中，不过四个同伴却因此再度重逢。经过一场撕杀挫败了女将军シュプケ—的阴谋，公主出于感激把镇国之宝“名人之笛”赠送给龙（在攻击魔法之门时切忌不要使用魔法攻击，否则魔法门会回复HP）。
回到了音乐之国拜见女王，却不料女王正因为严重的肥胖症卧床不起。宫廷巫师告诉龙国中最强的名医ゲド因为举止轻薄而被流放到マオリ山，只有此人才能妙手回春。マオリ山座落在位于地图中央的一个香菇型小岛（超级玛莉？！），在山洞内的恢复泉水边练级是很不错的主意，出没于此的金色石头人等怪物经验值相当高，泉水又能及时补充HP、MP。ゲド这个色鬼只接待女士的访问，无论尼娜或者琳璞都会用各自的方法将他炮制一番。押着他回到音乐之国仍无法治愈女王，ゲド叫龙回マオリ山向他的弟子取一样重要药品，弟子看了书信后说药品缺少材料请龙帮助到山上去采摘蘑菇，上得山后找到一丛呈三角形排列的蘑菇选右下角的那个，交给弟子后合成了道具幻灵之镜（ジジの かがみ）回到音乐城转交给了ゲド。ゲド使用ダイエット魔法将龙他们身体缩小送入女王身体内，一场艰苦卓绝地脂肪扫灭大作战爆发了！随时使用幻灵之镜可以观察到所在位置脂肪的情况，如果显示怪物大活跃就说明数量多反之就是没有，铲除殆尽后女王就会恢复健康。获得女王承诺后上楼开启宝箱并与侍女谈话可得到睡眠之枕。
在大贤树的心中是一片追忆的世界。必须依照老年、中年、少年的次序对三个相对应的村庄展开调查，交谈中能够获悉许多世界衍生以来的事情，记忆之塔会出现在少年之村。盘踞在塔顶的是邪神アルハメル，アルハメル不但占据了大贤树的心灵还狞笑着说若干年前ゲイト村村民失去记忆也是他暗中捣鬼。将他打败后与大贤树展开了交谈，不过大贤树只是平静地说道：“只要一直南行就会找到他们所需要的答案…”
注:本游戏隐藏同伴是前作的大魔导师迪丝（ディ—ス），在地图东南方大沙漠的盗人之墓附近会找到隐秘入口，两位精灵会告知说由于岁月久远使得迪丝已经忘记了许多法术，她正在一个与魔法有极深渊源的所在修行。笔者赶到莫多町的魔法学校在某教室后排果然找到了这个传说中的高人，且加入时LV35段！
第六章:悲之翼
