战斗结束后就去船长室找船长，耐心听完他一番话后，他很高兴的把他珍藏已久的０１号秘传机器（ひでんマシン）给主角。现在终于可以砍掉可恶的植物了，而且以前有很多不能去的地方现在可以去。下船上岸之后，船起航了。
虽然可以去很多新的地方，但是主角还是决定先挑战クチバ市的会馆。这个会馆是电气系的会馆嘛，管主的房间门口有电进不去，经过主角自己勘察后，发现房里的柱子上有机关，一番摸索之后终于打开了门。管主最后一个是胖雷丘，还是有点实力的，不管怎样，现在已经有3枚徽章入手了，离我们主角的梦想又近了一步。
现在有了间切能力，去哪里好呢。我们的主角探索欲望太强了，所以决定先去城市右边的山洞。山洞里有好多地鼠，幸好没有训练员干扰，而且地势比较明朗，所以很快就穿过了山洞。山洞出口原来在トキワ村的森林附近，那暂时从这里来回算是比较方便的。山洞出口往下走有一间小屋，里面的人会给主角05号密传机，妖怪学习后可以是用闪光，这样就不怕漆黑的山洞了。不过前提条件是主角必须已经抓到10种小妖怪，不然人家可不会给你，要是没有的话快去抓吧。
再次回到ハナダ市，右边出口用间切后就可以畅通，不过前方有好多训练员等着挑战主角，平均等级20级左右，没什么好怕的（主角的妖怪应该已经第3形态了吧）。一路来到了岩间隧道（イワヤマトンネル），里面一片漆黑什么都看不见，幸好刚才得到了闪光，使用后就会变的光亮许多了。一路上看到很多假扮怪物的训练员，真是恶趣味，汗一个~~。幸好道路不是很复杂，没有太多的岔路，不过路是长了一点，如果单靠一个妖怪的话，可能会出现技能不够用的情况。稍费工夫就出来了。（记得以前玩GB红的时候没有用闪光就这么过来了，真佩服自己）。
出了山洞后不远的地方就是シルワスコープ村，这里最著名的建筑是一座口袋妖怪塔（ポケモンタワー），这座塔是为了悼念亡灵而建立的，里面有很多的幽灵系口袋妖怪。以最优秀的训练员为目标的主角，又怎么能不去参观一下呢？而且从村民的口中得知フジ先生失踪多日。看来看去，还是这座塔的嫌疑最大。所以无论如何都要进去探个究竟。
刚刚来到塔的第2层，一个熟悉的身影又出现了。没错，又是主角的劲敌，既然碰了面就免不了要切磋一番。当然，结果一定还是主角胜他一筹。塔内有好多退灵师，直接攻击他们的妖怪是没有作用的，但是超能系的技能对他们有特效。一路上遇到很多迷雾一般的妖怪骚扰主角，除了逃跑外别无他法，在第6层往上的楼梯口处更是阻挡主角前进。这时主角突然想起，在第2层的某人说过需要得到シルワスコーブ的力量才能是幽灵现出原形。但是这个东西在哪里呢？唉，看来这件事只能先搁一下，先往下一个目标进发吧。
从西面出村，可以到达ヤマブキ村，不过同样道路也已经被堵，但是越过地下通道就可以到达タマムシ市。从タマムシ市往左走，有一只卡比熊挡在路中间死活都不动。在熊的上方的屋子里，主人会给主角02号秘传机，鸟类学习的话可以随时飞到去过的城市，真是超级方便的技能。タマムシ市真不愧是大城市，市里有一家百货商店，可谓是品种齐全，楼顶有自动售货机，给边上的小姑娘3个饮料就可以得到3个技能，（因为去ヤマブキ村不是用饮料贿赂警卫，所以不用多买了）。在百货店边上的高层大楼的楼顶（从大楼背后进入）有一间小屋，里面桌子上的妖怪球里有伊布，这可是唯一得到的机会，千万不要错过。另外市内还有一家游戏机房，虽然主角重多任务在身，但是毕竟是小孩子，怎能挡的住游戏机的诱惑（可以用硬币换妖怪和技能）。不过没硬币盒不让买硬币（还以为小孩子不能玩老虎机呢）。不过在餐厅中有一为好心的大叔给了主角一个硬币盒（コインケース）。这下可以过过瘾了~。玩了几把后，发现一个黑衣男子站在墙边看壁画，非常的可疑！于是主角便上去打话，没想到竟然是火箭队的人。二话不说马上开架，没几下子他就败下阵来。见形式不妙连忙鞋底抹油，立刻逃出了主角的视线。“唉，又让火箭队的人逃掉了。不过刚才他在看什么呢？”于是主角连忙走到那幅画旁边调查了一下，没想到打开了一个暗道。
原来这个是火箭队的秘密基地，一定隐藏着什么阴谋。地下一层有一扇门打不开，先下二层再说。从第二层开始会有很多单向通行的标记，踏上之后就会不停的向前滑行。虽然头晕目旋，不过也难不倒主角。终于来到了第下第5层，打倒最里面的火箭队员后，逼他交出了电梯钥匙，从第2层转啊转可以到达电梯。来到电梯内直接选第4层，终于见到了火箭队的老大！不过实力也只是一般。打败他以后他留下了主角一直在找的シルワスコーブ！赶快回去妖怪塔看看。
果然，戴上シルワスコーブ之后原先骚扰主角的小妖怪以及挡在第6层楼梯口的妖怪都现出了原形。终于来到第7层，フジ先生果然被抓到这里来了。救出フジ先生后来到他的家中，作为谢礼他给了主角妖怪之笛（ポケモンのふえ），先放着吧。
“タマムシ市的会馆还没有挑战呢，先去会会。”于是，主角又来到了タマムシ市。这里的会馆里的妖怪全是植物系，带火系的或虫系的会好些。挑战前药先买些，因为对方使用毒粉或催眠粉比较多。馆主的王牌是霸王花，算是植物系中的佼佼者了。
从タマムシ市往左走，原先的卡比熊还躺着…………。试试吹妖怪之笛把它吹醒吧。
吹了一阵子后果然有反映，不过好象因为主角打扰它睡觉使它抓狂了，竟然攻击主角。卡比熊可是非常强的，不但防御高，而且HP也多，睡觉还可以恢复HP，打呼也能攻击。不过最后还是被主角制服了。（劝大家抓住它，因为游戏中一共只有两次抓卡比熊的机会，而且实力的确是强，不过抓的时候满困难的，要记住坚持就是胜利！）
现在有很多道路可以去，不过主角还是决定回ヤマブキ村的出入口去看看，毕竟这里最近嘛。
在拿伊布的大楼里从正门进第一层的老婆婆会给主角茶（おちや）。通往ヤマブキ村的路上，警卫正好要茶，给他就可以过去了（行贿的方法和以前不一样^_^）。来到ヤマブキ村里，到处都四火箭队的人，而且会馆也不能去。先去中间的大楼（シルフカンパニー）看看吧。这里竟然有11层！难道是火箭队的总部？不管了，不如虎穴焉得虎子，干脆捣了他们的老窝。（虽然里面有补给点，但仍要做好长时间战斗的准备，毕竟是11层~~）。
楼内每一层都有传送点，但是最好不要乱踩，因为传到后来自己都不知道怎么来的，很容易迷路，也很容易漏掉重要道具。只要一层一层往上走就没问题。在第5层可以拿到钥匙，这样原先很多不能开的门都可以开了。
在第3层中间屋子的传送点来到第7层。劲敌又再次出现，打败他后和边上的人说话，会意外的得到乘龙。往下面的传送点走很快就可以到达BOSS处。（如果不想拿大量道具的话只要第5层拿钥匙，第3层传送到第7层就可以了）。
火箭队的老大也比以前强了不少，不过终究还是敌不过主角。这样，这所大楼中的战斗总算结束了。和坐在沙发上的老大爷交谈可以得到大师球。
整个城市都恢复了正常，会馆也可以去挑战了。这个城市有两个会馆，分别是格斗系会馆和超能系会馆，挑战格斗系会馆是没有徽章的，不过打败馆主后可以挑选一个格斗系的小妖怪。超能系会馆内分为一间间小房间，其中由传送点相连，要找到馆主算是一间麻烦的事情，不过多走几次应该可以找到。馆主的王牌是胡地，非常厉害的说。
终于有5枚徽章了，向下一个目的地セキチク市进发！从シルワスコープ村往下，过了九曲桥后又有一只卡比熊挡路。老规矩吹笛子（如果另一个没有抓住，这个就不要再漏掉了）。一路往下，路上经过一个钓鱼爱好者的家，他会给你厉害的钓鱼竿（すごいつりざお），可以钓一些高级的水系妖怪。从タマムシ市往左来到自行车道一路往下，同样可以来到セキチク市。
在城市的上方有个狩猎场，这里可以花500元买30个特殊的妖怪球，里面有很多外面捉不到的妖怪，特别是迷你龙，两次进化后成为快龙，有多厉害大家也知道。一路走到狩猎场的深处，这里有间小屋，同屋内的人交谈可以得到03号秘传机，水系的妖怪学习后就可以在水上移动了。
出了狩猎场来到市内一家人家（就是PC右边的房子），主人说他的假牙掉了要主角帮他找一下。主角在狩猎场内的确是拣到了一副假牙（就在拿03秘传机不远的地方）。于是马上还给了主人，主人热心的把04号秘传机给了主角，妖怪学习后可以推动大石头。对着屋内的大石头先练习一下吧。隔壁的钓鱼爱好者同样会给主角一根好的鱼竿，用来掉厉害的水系妖怪。
来到セキチク市后忙了好一阵子，现在终于有空挑战这里的会馆了。这个会馆以毒系和超能系为主，馆中有个无形的墙，要来到馆主那里必须从外围饶进去。馆主的王牌是双弹瓦斯（记得以前好象不是，变弱了？）不是很难对付。这样一来就有6枚徽章入手。紧接着往下一个目标前进。
看看地图，前往グレンじま镇必须经过19号水路，原先不能去，但是现在有了03号秘传机就可以马上出发了。从19，20号水路来到双子岛，到这里就没路了，先到山洞里去看看吧。
