新开始游戏时，要给主角取个名字，按SELECT可以切换到汉字输入，不过字库跟GB版《心跳回忆》一模一样的说……真是偷懒……接下来进入游戏，游戏和城之内来到主角的家，一番激励后，问主角是否组好了卡组，不同的回答并不影响剧情（以后绝大多数问题都是这样）。之后三人来到广场上，海马濑人也出现了。
作为这次BATTLE CITY大会的举办者，海马宣布了比赛规则：比赛场地是整个童实野町，最先收集到6枚PUZZLE CARD的8位决斗者，就可以进入复赛；此外，决斗时可以用自己的一张卡片作为赌注，失败者要将自己的一张稀有卡送给对手。宣布完毕后，海马便离开了广场，城之内也先走一步。
大会9点钟才会开始，主角到广场上分别认识了孔雀舞`尾木渔太`羽蛾`龙崎`骨冢等比较有实力的决斗者（对他们按R，让他们离场，包括武藤游戏）。很快时间就到了，比赛也正式开始，先看看自己的卡组吧……汗……还是不看了……这种卡组也能参加比赛吗，还是在广场上找那些杂鱼练练手吧（按A是对话，按R就能提出挑战）……没想到居然都是一些不堪一击的弱者……在这里声明一点，提出挑战后，在对决开始前最好选择自己的一张卡片（要包里的，手上卡组里的不行）作赌注，这样胜利后可以得到对手赠与的一张卡，真是无本生意。是不是自己拿出的卡越稀有，对手给与的也越稀有，在下不太清楚，不过还是建议大家，尽量选最稀有的卡作赌注吧。
广场左下方是游戏家的玩具店，能看到爷爷和杏子，可惜的是不能与他们比试一下……跟爷爷对话，可以得知在自己家的书桌前按A，就可以SAVE了。早不说，刚缴获一堆卡，马上回去SAVE！！在家门口遇见了本田广人，本田说他并不是参赛者，而是特邀客串，来支援朋友们的。不过也可以和他比试，但他的卡组可真是……和《DM3》一样，居然没有一张卡的攻击力超过300……这就是"特邀嘉宾”的实力吗？！我倒~~~~不过胜利之后，他所给的卡还算不错（在游戏中而言是这样，OCG的话，会死得很惨的），多数是攻1500以上的4星卡，而且可以跟他对战无限次。遗憾的是级别不够，目前还不能使用。怎么办？继续努力吧！
回到广场上，右下方能看见恐龙使龙崎，向他挑战，他居然说"你和我不是同一级数，以后再来吧”，气死……好，咱们走着瞧！！继续向下走，可来到海马会社，向看门人挑战，答曰"试试吧，就一次哦”。不过奉劝各位，如果你是拿最开始那套卡跟他打的话，好自为之，在下也帮不了你了……他的怪物平均攻900，且以雷魔族居多，最好在卡组里多放一些土魔族，利用属性相克击败他，能得到一张攻1800的灯之魔精。进到海马会社里面，只见海马圭平在调试一个古怪的机器，一问原来是哥哥做的决斗机器。虽然圭平不接受挑战，但可以和决斗机器对战，它的卡组和看门人相同，从这儿得到的卡就是海马濑人常用的一些低星怪物，实力大都很强。
四处转够之后，就可以到广场右上角的墓地，向骨冢挑战了。进墓地前，先K掉骨冢的"小弟”，这样骨冢就会应战了。按照原作，骨冢的怪物以不死系为主，但在这里……真的很弱……早知他这么衰，之前就不用作那么多准备了。获胜后可得到一张PUZZLE CARD和他的最强卡"099幽灵南瓜王”。多找他打几次，还可以得到"096铠武者丧尸”"097龙丧尸”和"098杀人小丑丧尸”等卡。再到游戏的家去一次，能看到城之内，目前他很弱，胜利后可得强力卡"742真红眼黑金属龙”。
之后去广场正上方的街道，会遇见超能力者铝场三兄弟，也不怎么强，其中铝场的怪物平均攻600，以雷魔族为主。胜利后可得第三张PUZZLE CARD和铝场的主力卡，超恐怖怪物"752人造人间～精神振击者”，昵称"索加”，是能让全场陷阱破坏的BT效果卡。击败铝场后与他对话，会问主角："我没能取得胜利，还将最强的卡输给了你，这样的我，背叛了和弟弟们订下的约定，我是可耻的人吧？"主角回答"不是这样的”（真是老土的对白），铝场的弟弟们会说"他们一直都是以哥哥为荣耀，以后也会这样”（千万不要回答"是”，否则铝场会离开广场，再也不能和他对决了）。以后与铝场多打几次，还可以得到"756魔镜导士”，很强的效果怪物。
现在再去向龙崎挑战，面对连续击败两位"强者”的主角，他也就接受了。龙崎跟铝场实力差不多，怪物大多数都是土魔族，不过有附加地形荒野，是能让他的恐龙军团提升威力的地形。基本上，一只风魔族怪物就能把他的恐龙肃清了……胜利后可得第四张PUZZLE CARD和一张"011剑龙”，比较弱的6星卡。接下来也是跟铝场相同，他提问时要选择"不是这样的”，否则他也不会和你对决了，不过从他这里也拿不到什么好卡。再转身向上走，只见骨冢站在广场上，走过去一问，原来是输给古鲁斯集团（漫画中由马力古操控的猎卡集团）的人，从墓地给赶了出来。主角好奇地过去看，原来是稀有卡猎人，K之！！由于手牌上限为5张的影响，"被封印的埃及大法师”几乎是不可能凑齐的，所以尽管"欺负”他吧。取胜后得到"751机动砦～齿轮泥人”，超级废卡。之后稀有卡猎人离开，骨冢也能"回家”了。OK，广场的敌人经己肃清，接下来转换战场！！
离开钟塔广场，可以到美术馆`公园和卡片商店。美术馆有海马会社的社员看守，现在还不能进入，不过能见到莫良了，遗憾的是，在这里见识不到他的"恶魔爵士乐队”和死亡轮盘DEATH（真见到的话，依主角现在的实力，是完全没有胜利希望的），他只会用一堆平均攻500的烂卡和主角玩，而且胜利后也得不到什么好卡。 取胜后再次向他挑战，莫良会以"卡组还未完成”为理由推托，之后便BYEBYE了。至于卡片商店，就是可以掏钱买卡的地方，来得越晚，这里出售的卡也越多。店右上角有一台密码机，不过输了密码之后，不会马上得到，而是出现在卡片柜台里……真黑……跟后面的店员对话，他会说"潘多……啊不，是店长吩咐过，下面的仓库不能进”。哦……有猫腻，原来店长的真正身份是奇术师同志（没看过原作的朋友，这里看不懂的话还请见谅，到后面就知道了）啊……向店长挑战，居然回答"我们只是卖卡片的，不和人比试”，哼，真会装……
接下来去公园，一进去就遇见古鲁斯集团的成员——人形，但是他现在只会说"…………”，估计是在等待主人发指令吧……先不管他，去找昆虫师羽蛾，K掉他身边的"喽喽”，再向他挑战。对付羽蛾还是需要一番准备的，由于附带地形森，他的那些昆虫平均攻都在900左右，还有"763寄生虫”"766代打螳螂”和"899救世主的蚁地狱”等效果卡作祟，如果不使用对羽蛾有针对性的卡组，可是会出其不意的输掉哦！！取胜后会得到第五张PUZZLE CARD和羽蛾的主力卡"762昆虫女王”。不过，羽蛾这家伙死不认输，连续击败他3次才罢休，并告诉主角海马现在在桥下。之后，把公园里的"闲杂人等”都打扫干净吧……左上角的那个爆炸式发型，对话选第二项才能和他对决。右上角的女生，击败她后，与她对话，她会问"我是一个可怜的弱者吗”，选择"是”会得到一张"768薄幸的美少女”，同时MM就GO人了……还是选"不”吧……
之后回钟塔广场，到游戏的家去，发现马力古（目前他隐瞒了真名）在店里，不过他自称是经"朋友”城之内介绍，来这里玩的，不接受主角的挑战。此时再去卡片商店的话，能进入地下室了。此时店长表明了身份，原来他是古鲁斯集团的成员——奇术师潘多拉，要试一下主角的实力，主角只得应战。附带的地形暗，是对潘多拉的魔法使卡组有利的地形，不过他的怪物几乎全是黑魔族，如果你之前有在卡店买过几张幻想魔族的话，基本上就不可能输了。胜利后得到潘多拉的主力卡"865黑魔导师（潘多拉版）”，这是大家最最熟悉的卡，不必介绍了。而潘多拉突然变成了洗脑态，是被马力古用千年之杖操纵了，马力古与主角对话之后，潘多拉便倒下了。以后再来卡店时，店员会告诉主角"前任店长因病还乡了”，我倒~~~~
地图上又多出了"桥下”和"ビル”两个地点，从现在开始，卡组里要有一些攻1000以上的4星以下怪物和必要的魔法陷阱，否则会非常艰苦。先到桥下，如羽蛾所言，海马正在这里和人对决，不过他很快就用青眼的白龙把对手摆平了。临走前，海马还要主角转告游戏"要和他在进入决赛前就分出胜负"，让游戏快点来找他。不愧是以与游戏战斗为生存目的的男人，汗……继续深入，在公园里碰过面的人形会向主角挑战，他的怪物以恶魔魔族和水魔族为主，有了前面的准备，并不难对付，胜利后得到"810再生史莱姆”，是能产生分裂的效果卡，还不错。之后的剧情和潘多拉一样，人形也倒下了。
再去ビル的游戏厅，正巧孔雀舞在门口，向她挑战，轻松取胜后得到"062神鹰女郎”，再与她对话，舞会告诉主角城之内再游戏厅里，然后便BYEBYE了。进去后与城之内对话，他要去水族馆和尾木渔太比试，所以先走一步，主角只能一个人在这幢大楼里晃了。这里有三层，能对决的人很多，多数是以雷魔族和恶魔魔族为主，而且会频繁地见到"610电气蜥蜴”这张效果卡，能使对手场上一只怪物下回合不能动作。打败他们一般能得到攻1500左右的4星卡或攻1800左右的6星卡。
