由于本作和PS2版的剧情变化不大，所以在这里主要介绍通关流程，不再过多地写剧情了，不过各角色的事件会在其中提及，并会在后边的楼进行翻译给出；本作迷宫不是很复杂，有地图的帮助后大多都是一条路一直走就可以了，所以只在相关的道路分歧处做出提示，其它道路就不提示了。
学园生活开始
序
一开始是一系列的剧情对话，慢慢看就可以，大约10分钟左右。对话后终于可以开始正篇了，首先走出教室，去选项上三个标有感叹号的地方触发剧情，然后主角拥有了自己的工房（可在其中进行存档、调合、友情事件等）。
第一话 猫と少年と炼金术
学生课
先去学生课接受课题，获得イカロスの翼（依卡洛斯之翼，效果为在迷宫中直接返回校园，无消耗），选择调合学|基础 ，课题目为取得きょ水、青ぃ花びら、ハゥレン草这三样道具，其中きょ水在ァトリェ（工房）调查水龙头后获得（如图所示）。
剩下两样在“学园外”的“生きし森”中获得。
生きし森
一开始剧情取得青ぃ花びら后强制发生第一次战斗，对手是三只可怜的キノァラ（以后遇到战斗时最好先用主角的アナライズ[如图所示]来调查怪物的血量以及属性、耐性弱点，让战斗更轻松）。
轻松赢得战斗后，便可以正式在野外地图上冒险了，按方块键可以摧毁地图上的草等障碍物并有可能获得素材，同时可以对怪物进行先制（方法为用那条线打击怪物，被怪物直接接触到则为被先制）到一个路口处往上走到一堆草前用上述方法获得ハゥレン草后任务完成（该道具为随机获得，没有的话可换另外的再试），系统提示可使用イカロスの翼（如图）返回校园。
剩下两样在“学园外”的“生きし森”中获得。
生きし森
一开始剧情取得青ぃ花びら后强制发生第一次战斗，对手是三只可怜的キノァラ（以后遇到战斗时最好先用主角的アナライズ[如图所示]来调查怪物的血量以及属性、耐性弱点，让战斗更轻松）。
轻松赢得战斗后，便可以正式在野外地图上冒险了，按方块键可以摧毁地图上的草等障碍物并有可能获得素材，同时可以对怪物进行先制（方法为用那条线打击怪物，被怪物直接接触到则为被先制）到一个路口处往上走到一堆草前用上述方法获得ハゥレン草后任务完成（该道具为随机获得，没有的话可换另外的再试），系统提示可使用イカロスの翼（如图）返回校园。
剩下两样在“学园外”的“生きし森”中获得。
生きし森
一开始剧情取得青ぃ花びら后强制发生第一次战斗，对手是三只可怜的キノァラ（以后遇到战斗时最好先用主角的アナライズ[如图所示]来调查怪物的血量以及属性、耐性弱点，让战斗更轻松）。
轻松赢得战斗后，便可以正式在野外地图上冒险了，按方块键可以摧毁地图上的草等障碍物并有可能获得素材，同时可以对怪物进行先制（方法为用那条线打击怪物，被怪物直接接触到则为被先制）到一个路口处往上走到一堆草前用上述方法获得ハゥレン草后任务完成（该道具为随机获得，没有的话可换另外的再试），系统提示可使用イカロスの翼（如图）返回校园。
教员室
回到校园后去教员室,获得リフュ-ルボット（即任务道具）的配方书，然后系统会教你第一次调合，只要注意按到跟素材相同的属性即可，第一个任务完成。
学生课
去“学生课”接受第2个课题，战斗学|基础，目标为风之回廊-雾层的白金ぷに。
アトリエ廊下----アタノ─ル室
进入学校列表中标有感叹号的这里，这里为今后合成武器、防具、装饰品的地方，玩家可以通过这些道具在成长之书上提升自己的能力以及习得技能。完成默认的调和并给物品选择好能力后离开即可进入风之回廊-雾层。
风之回廊-雾层
如图所示地图上用红色感叹号标出了当前任务要去的地点，非常方便。走到地图上标有红色感叹号的地方发生剧情。对手是第一批连战型的怪物，这种怪物只出现在剧情和支线任务中，与它们作战时需小心自身的hp、mp的消耗，以免陷入战斗不能。
打赢了前三批怪后boss带着三只红色ぷに作为第四批怪登场（如图所示）。Boss的攻击既快伤害也高，推荐用菲萝的ヒ-リングエコ-α来应对，该技能为自动给我方血最少的人回血，在前期非常重要，在boss战时一定要确保有能使用该技能的mp。胜利后获得关键道具輝くぶにぶに玉，随后剧情返回学院。
学生课
去学生课报告后完成该课题，随后进入第一话的event。
アトリエ
刚纳鲁又抛下主角们不管了，这工房不是他的吗？算了，还好他临走之前留下了一本ニクロ布调和书，也告诉了材料在哪里取，自力更生吧。
旧校舍大地图上追加“旧校舍”（如图所示）。该地图的敌人可以说直接提了一个档次。
尤其是中boss型怪ソ-ド˙ガイスト（如图），血多，攻击力高，晕眩值也高，遇到一定要小心应战（该敌人弱点属性为火，可惜现在玩家手上没有一件能够打击其弱点属性的武器，推荐以后再打，目前逃为上策）。
尤其是该地图本来就颜色昏暗，很难看出是否已到晚上，而晚上怪的能力又是变态的高，只要运气不好就直接送回保健室了，故建议一直注意时间，快到19点时马上找一个怪少的地方呆着（如第二张图所示的位置再好不过了），等到第二天早上再继续行动。
上第二层走到尽头遇到boss（资料如图），该boss比较好打，可以说还比不过前面的小兵。除了攻击力稍微高些、血多些外，没有任何难度，注意好加血即可轻松获胜，得到关键素材ふさふさ，剩下的就都是剧情了。
剧情过后第一话结束。
第二话 期末试验とメガネの转校生
剧情过后可以先去商店买些素材和调合书，购买的地方主要有校庭、购买部、食堂、保健室以及以后追加的档案馆。然后去教室触发剧情。随后就可以去学生课接受课题了。
学生课
到达这里进行接受本话第一个课题：予测学（如图）。
高台
该任务主要是去新追加的地图“高台”的目标地点钓鱼（如图所示），钓鱼时注意一定要有提前量，游标运动是很快的。
这一次课题开始就要注意了，要是达不成条件很有可能达成差评价，到时候追加补课可就不好了。这个课题主要跟你钓上鱼的次数和钓上怪物的次数有关，前者加分，后者减分。这次的作品相对于PS2版的钓鱼难度有所提升，主要体现在出现相关任务物品的几率变低，出现时游标速度变快，所以大大增加了这个项目的难度；黄色最长的时候不要钓，这时有很高几率是怪物，最短的时候就是我们在相关任务中需要的任务道具了。
食堂----コシッブ屋
注意此时追加的流言系统，只要玩家达成特定的条件后就可以在如图所示的位置，用金钱换取有益的流言，大部分都为能力上升，掉落物品率增加什么的。现在最主要的就是跳跃200次后的流言，效果为我方全体Hp上限提升30点，在初期是相当不错的，而且比较容易获得，建议购买。
学生课
再次来到这里接受本章第二个课题：药学1，接到课题后去生きし森。
生きし森
到达这里后一直往东走，在地图上有标示，走到标示处后调查目标地点即可完成任务。这里需要注意的是时间，由于限定6时间以内，所以时间还是比教宝贵的，进入迷宫后尽量避免战斗，因为时间从进入迷宫算起，跟怪物战斗会消耗大量时间。还有一个需要注意的地方就是，由于最后需要浇水，所以身上必须带有きよ水，如果没有的话旁边的小河可以采集。到达指定地点发生剧情，剧情过后可以先在此处采取物品。之后返回学院后去学生课交课题即可。
自由时间
进入第一个自由时间，在该时间内有特定的事件，一般来说优先完成打工任务，因为该任务只能每个自由时间的第一周可以做，过了该时间就没有机会了，而且下一话也接不到该话的任务，以后每个自由时间都如此，要特别注意。完成打工任务后再进行角色事件，要再有时间再考虑休息。
学生课
