商店篇
全树果:水静市百货大楼
全技能机器:水静市百货大楼
全家具:水静市百货大楼
全进化石:梦世界集市
大师球,神奇糖果等珍惜物品:梦世界集市冠军专柜
秘密基地篇
小智的秘密基地:通关后的115号道路
LV88皮卡丘 LV81乘龙 LV83卡比兽 LV84水箭龟 LV84妙蛙花 LV84喷火龙
渡的秘密基地:通关后的120号道路
LV82暴鲤龙 LV86快龙 LV84刺龙王 LV84恐惧斧龙 LV82化石翼龙 LV84血翼飞龙
希罗娜的秘密基地:通关后的119号道路
LV83鬼盆栽 LV83路卡利欧 LV84波克基斯 LV84美纳斯 LV83罗丝雷朵 LV86烈咬陆鲨
N的秘密基地:通关后的123号道路
LV85佐罗亚克 LV84钢钻鼹鼠 LV84噬魂吊灯 LV83自爆磁怪 LV83雪妖女 LV85暗黑翼龙