第一章 海上都市萨拉班多的恶梦
为了争夺圣地艾尔贝塞姆（エルベセム）的霸权，狄斯特尼亚帝国（デストニア）与阿斯皮尼亚共和国（アスピニア）在中立的海上都市萨拉班多（サラバンド）召开和平会议。本篇的主角辛比奥斯（シンビオス）是阿斯皮尼亚共和国建国元勋高姆拉德（コムラ－ド）的长子，自幼一直接受平等理念的教育，因此对有身份之分的帝国抱着厌恶感。这次和平会议，辛比奥斯与骑士丹塔雷斯（ダンタレス）、魔法师玛斯玖玲（マスキュリン）、僧侣克莉斯（グレイス）一起前来，主要是为了增长见识。为此，共和国代表国王贝内特雷姆（ベネトレイム）让辛比奥斯他们到城中搜集情报（注意！在各个村庄、城镇中有很多隐藏的道具，需要玩者展开地毯式的搜索。另外，教堂可以记录、复活和转职，转职是需要LV10方能进行）。辛比奥斯一行人来到帝国驻扎的东区，被士兵认为是间谍差点就要开打时，帝国的第三王子米狄奥（メディオン，第二集的主角）率众赶到，及时解围。原来米狄奥他们正在追踪假面僧，正说着突然从和平会谈的会场方向传来爆炸声，米狄奥等急速离开，而辛比奥斯亦往共和国驻扎的西区去。却不料在中央区发现一群戴着面具鬼鬼祟祟的家伙，双方一言不合即刻开战。
战役1
辛比奥斯的初战，对手便是米狄奥所追踪的谜之假面僧集团布尔扎姆教（ブルザム）。一如以往的SHINING FORCE，今作亦拥有很高的AI，敌人一般不会卤莽地上前攻击，而是算好步数突击行动。因此，我方部队必须在原地将敌人一个一个地诱过来进行围攻。此外，敌人亦会集中攻击我方队伍中比较弱小的人，如僧侣、魔法师等，但是如果有主角在他们眼前的话，敌人则不会去理睬其他人而只顾盯住主角攻击（BOSS除外）。第一战对手只有五个人，因此能很轻松地就赢得这场战役。（这里有个兵种相克的原理：剑克斧、斧克枪、枪克剑，弓箭是飞兵的克星。）
打倒假面僧后，在回寄宿舍的途中竟然遇见贝内特雷姆带着假面僧绑架了帝国皇帝多米尼特（ドミネ－ト）！辛比奥斯打算回寄宿舍质问国王，却不料贝内特雷姆对此一无所知。就在此时，萨拉班多的总督冲进来，责备贝内特雷姆不该绑架帝国皇帝，现在帝国军正集结兵力要与共和国决一死战。众人讨论下来，觉得这是布尔扎姆教所搞的阴谋，为了能够逃回共和国，埃丘亚鲁将军（エキュアル）他们去吸引帝国军的注意力，而辛比奥斯则保护贝内特雷姆国王抄小路逃走。
战役2
辛比奥斯一行人来至栈桥，正撞见假贝内特雷姆和假面僧。为了澄清事实，自然是不能让敌人逃走。但是，以我方现在的兵力是不可能追上假贝内特雷姆的，最重要的是必须保住站在栈桥中央两名弓箭手的安全。战斗一开始，就让骑兵丹塔雷斯直冲前方，当他赶到弓箭手加罗修（ガロッシュ）身边时，对方正好只剩下1点HP！和加罗修对话后，他就会离开战场，将事实真相禀告于总督，而另一名弓箭手赫瓦特（ヘイワ－ド）则在对话后加入我军。敌军的首领是个魔法师，因此要算好步数，在一回合内将之格杀。
战役3
辛比奥斯一行逃出海上都市萨拉班多，在平原上继续追踪假贝内特雷姆，这次依然是会被他逃走。需要注意的是，当假贝内特雷姆离开战场后不久，萨拉班多会出现帝国的追兵，因此千万不要把兵力安置得太过于靠近萨拉班多。先集中收拾上方布尔扎姆教的假面僧，然后再去对付下方帝国追兵。帝国军中有骑士存在，不要给他们突袭的机会，需将其一个个地诱过来，解决骑兵之后再去对付敌首领。
众人追入巴尔萨莫村（バルサモ），却见假面僧居然在村中大摇大摆地走动，完全不把主角他们当回事。在村庄的左上角共和国的军营中，有位普洛方德军（プロフォンド）的战士奥布拉特（オブライト），因为他的小队全灭而心灰意懒。在旅馆二楼中间的部屋中，辛比奥斯他们遇到了布尔扎姆教的四祭司。他们分别是擅长风系魔法以及肉体攻击的高利亚德（ゴリアテ）、男女无区别都会去魅了的芭桑妲（バザンダ）、极高攻击力最为好战的狄丝赫玲（デスヘレン）、会变身且最具智谋的费亚鲁（フィア－ル）。除了这四人之外，屋内还有被打扮成假面僧的多米尼特皇帝。众人虽想解救多米尼特皇帝，但实力不济被四祭司用魔法赶了出来，再进屋时却发现布尔扎姆教的人全不见了！看来是四祭司有意拖延时间，让帝国军能包围这座村庄，使两国之间的战火进一步扩大。在出旅馆之前，先通过二楼的密道绕至里屋救出帝国的一位魔法师（虽然不会加入辛比奥斯军，但会是第二集中米狄奥的伙伴，所以一定要救他。）出得旅馆，在一家民屋的天台找到奥布拉特，发现帝国军已经赶到。奥布拉特加入队伍并带众人从村中的水井逃走。
战役4
这是在平原上和盗贼之间的战役，因为那些盗贼与布尔扎姆教勾结，当然不能放过他们。此外，如果在村找到遗迹地图的话，就可以进入遗迹寻宝。但是，进入遗迹时会有盗贼来和你抢宝物，遗迹中的盗贼全灭或逃走，遗迹就会倒塌。因此一定要将平原上的敌人收拾了差不多时，将我军尽数派进遗迹中（主角除外）。
战役5
消灭了盗贼之后，在山道上又遭遇到怪物。这是一场很轻松的战斗，此外在战场上不要忘了去拾宝箱中的物品。
第二章 大陆横断列车
辛比奥斯他们终于到达了雷路罗德城（レイルロ－ド），打算乘大陆横断列车直接回共和国。在城中的酒吧内可以找到朱利安（ジュリアン，第三集的主角），从他口中可以得知有关千年王国和休多鲁（ヒュ－ドル，持有强大力量的神秘种族）的事情。在车站内，辛比奥斯发现帝国第二王子亚罗卡特（アロガント）支配下的宪兵队封锁了车站。回营房一商量，大家决定躲在货物中混过宪兵的耳目搭乘列车。
战役6
众人来到货仓，却见盗贼正在里面大肆搜刮，而且居然还从货物中找出一个偷渡者！偷渡者是位很可爱的武斗家，名叫艾玲（アイリン）。英雄救美是很自然的事，故辛比奥斯他们不余遗力地去帮助她。战斗一开始，先派遣战士奥布拉特和僧侣克莉斯穿地道抄近路，当他们赶到时艾玲正好只剩下几点HP，与她对话便会仲间。敌方的飞鸟战士则用弓箭手去对付，骑兵则去突击魔法师。当只剩下那个飞鸟首领时，战斗就告结束。
战役7
因为一番大战以后将货物都弄得乱七八糟，自然无法再躲藏在里面了，辛比奥斯军唯有离开雷路罗德城。出城后，朱利安追上来说有办法能搭乘上大陆横断列车，便加入我军。在平原上又遭遇帝国军的拦截，由于地形开阔，我军可以利用中央的灌木丛将敌军的飞鸟战士一个个引过来，将之格杀后再去收拾后方的魔法师和小队长。另外，如果在城中找到地图的话，可以去遗迹和盗贼抢夺宝物。
战役8
朱利安带众人来到列车的交汇处，欲等列车在此停留时上车，但却发现帝国宪兵队早已等候在那里。这时有群平民从帝国逃往共和国，战败的共和国将军巴利安特（バリアント）也逃到此地，并将一口怨气撒在无辜的亡命民身上，而帝国宪兵队亦要歼灭亡命民。辛比奥斯军当然不能袖手旁观，帝国米狄奥王子的部队也适时赶到，巴利安特军便交由他去对付，我军的首要任务就是拯救亡命民。每一回合开始，相驶而过的两辆列车都会前进几步，因此解救的方法就是要让亡命民向两辆列车的中央移动。我军的骑兵丹塔雷斯、战士奥布拉特、两位主角辛比奥斯和朱利安则全力冲往列车之间的中央地带，先启动扳道器，让一条铁路移向弯道，令亡命民能够逃进来，然后尽快收拾中央的三个敌人。至于山坡上的敌人则交由剩下的魔法师、武斗家、僧侣和弓箭手用间接攻击去对付，消灭了大部队之后，将亡命民安置在后方，然后集中兵力对付上方的敌军小队长。救一个亡命民全员可以加10点经验值，战斗结束后已经战死的巴利安特将军的部下骑兵希芭露丽（シバルリィ）会加入，此时建议将她的武器由长斧换为可远距离攻击的长矛。
战役9
安全搭乘上列车后，辛比奥斯开始在列车中转悠。在神父身后货堆上的木桶中可以找到鸡食，拿着它去喂货舱中的一只鸡，那只鸡便会跟着主角走。为了将来能看到一个很可爱的“蛋”在队伍中蹦来跳去的，一定要做这个步骤！再回到伙伴处，会发觉盗贼来袭，于是在车厢内又是一场战斗。没有援兵、没有BOSS，又是一场很轻松的战役。
