GFS Olympus
伴随着萨姆斯从噩梦中惊醒，我们的游戏也正式开始了。作为第一个章节，整体的难度并不是很大，尽管战舰Olympus中的地形看起来七拐八绕有些乱，但事实上只有很少的分支岔路，只要一直前进即可。前半段的任务是前往战舰的Ready Room，其间不会有任何战斗发生，沿途需要通过多道安检手续，我们正好可以在这个阶段好好熟悉游戏的整个系统。进入Ready Room见到指挥官以及其它三名赏金猎人后，需要耐心听指挥官进行一番啰嗦，随后整个舰队遭到袭击，任务变更为返回自己的飞船。
前往Ready Room前的安检过程中，第一处需要通过在战斗目镜模式下扫描闸门操作台对面的设备上扫描才能取得密码（固定数值13576），随后反身扫描闸门操作台进行密码输入；第二处不仅需要扫描设备，还需要通过操纵遥控器手柄模拟转动手柄来通过检查。
返回飞船的途中有一场针对能源晶格的争夺战，对于此一战，不要一味追逐持有能源晶格的敌人，而是盯准其中的一个进行专向打击，如此一来个个击破。夺得能源晶格并物归原位后，又要对付封闭环境中出现的异形幼虫，只要坚持片刻就会出现提示：利用变形球形态从紧急通道脱离此处，最后利用变形球炸弹炸开逃生舱舱门，从外部迂回到战舰另一处。
BOSS战：Berserker Lord
返回飞船着陆的平台处之后就会遭遇游戏开始后的第一个BOSS——Berserker Lord。战斗开始后，需要在第一时间对它进行扫描，然后就可以瞄准肩部的两个闪烁红色光芒的位置猛烈开火了，只要将这两个部位暂时破坏，背部的要害就会露出来，只有攻击要害才能对它造成较大的伤害。
狂战士首领的攻击方式较多，它的第一种攻击方式是连续释放带有追踪能力的紫色能量球，只要迅速瞄准能量球射击就能将其反弹对敌人造成伤害；第二种攻击方式是喷吐酸液，围绕着它兜圈子就能轻易地避开酸液的腐蚀；第三种攻击方式是光束扫射，对付这种袭击需要算好提前量起跳，仍然十分容易躲避；第四种攻击方式是冲击波攻击，同样需要算好提前量进行起跳规避。如此反复，只要数回合便能将这个巨兽搞定。
Norion
Norion星球上同样遭到敌人的袭击，萨姆斯的飞船在位于基地中部的Docking Hub Alpha着陆。萨姆斯前往这里的目的是启动分布在各处的动力装置。在听取此处的士兵汇报之后，需要恢复基地的电力。在进入基地后，首先要对战斗服进行依次升级，以便获得抓取能力，随后利用获得的新能力将此处的闸门打开。继续前进会看到一些牺牲的海军士兵，行至Hub Access处又会用到抓取能力，首先拉掉闸门上的盖板，然后便可通过。
萨姆斯需要启动位于Generator A和Generator C两处的动力装置。这两个位置的机关在启动方式上基本类似。需要注意的是，在前往Generator A的途中，在Cargo Dock A平台处会遭遇一场战斗，而在前往Generator C中途的Cargo Dock C则会提前与本地区的BOSS发生遭遇，需要利用变形球炸弹来解围。
在来到两个动力间后，均需要跳过旋转平台到对面的控制台启动机关，随后在场景入口出的掌纹输入台进行录入。这其中，Generator C处在启动机关后还要返回场景入口处以变形球状态钻入开启的通道依次炸开里面的机关，成功之后就会遭遇BOSS。
BOSS战：Meta Ridley
坠落的过程中战斗一共分为两个部分，并且有时间限制，如果不能尽快消灭这个巨兽，萨姆斯就会成为它的陪葬品。当距离较远时，BOSS会处于萨姆斯的下方，它会不断发射光束和红色的物体来攻击萨姆斯。对付第一种袭击时只能采取规避战术，而释放出来的红色物体则可以被萨姆斯击中反弹回去。不断攻击BOSS的本体一段时间后就会进入近距离战斗，此时这只巨兽会分别从头部和爪部发动攻击。在准备攻击前，这两个部位会发出黄色光芒，瞄准发光部位迅速射击就可以化解它的攻击准备动作。如此反复多次，就可以将其置于死地，随后，萨姆斯会在落地前的一瞬间被突然出现的Rundas救起。
Bryyo
着陆后，首要任务是恢复卫星的上行通信机能。一直前进至Gateway，可以在此处看到一扇有黄绿双色动物图腾标志的大门，需要将折扇大门开启。首先去解锁黄色的标志。运用二段跳跃上入口左侧的平台，然后一直向上走，多次利用二段跳跃上不远处的平台，最后可以来到一个有黄色洞口的平台上，运用变形球能力进入，在通道尽头处可以将黄色的标志解锁。随后用同样的办法可以将绿色的标志解锁。随后的任务则是为飞船装填导弹，然后摧毁区域中的特定设施。
BOSS战：Rundas
Rundas的攻击种类比较丰富，并且拥有较高的移动速度，所以在与它战斗时需要注意保持移动，否则会很被动。它最为惯用的招数便是释放冷冻气体，一旦被冻住就要迅速按B键解冻；此外，它抛掷出来的冰块是可以破坏的，并且可以出现许多回复道具；最后，它还会抡动大块的冰柱砸向萨姆斯，很难回避开。Rundas会经常处于飞行状态，因此需要在最短的时间内确定它的降落位置，一旦它着陆，就要瞄准射击，当它被打至晕厥状态时，可以用抓取能力扯下它的冰外套，随后再攻击它的本体才能对其造成伤害。
返回GFS Theseus后，由这里的另一个出口来到Ruined Shrine，为飞船装填导弹。首先在操作台输入掌纹，消灭出来搅局的敌人后将平台升起。来到场景入口处右侧再次输入掌纹，乘坐随后出现的升降机上到平台，利用变形球能力进入右侧发光的通风管道，来到操作间启动机关便可获得飞船用导弹。返回平台，从这里一直攀上最高处，然后跳到另一侧斜下方的平台上，以变形球形态进入控制间，启动最后的机关后便可回到地面召唤飞船在此降落并装填导弹。
再一次来到Temple of Bryyo，建议在进入场景之前先将目镜调整至指令模式，随后突入这个区域。此处会出现两部能量信号发生器，同时伴随无限刷新的敌人，迅速扫描其中一台机器，再分别拉动机器上面的手柄，如果动作够快，就会成功召唤飞船进行空袭。炸毁两台设备后就可以返回飞船。
BOSS战：Korakk
这个家伙的实力其实并不配BOSS的头衔。战斗开始后，首先要敲掉骑手，这样一来就可以安心对付下面的怪兽了。怪兽的攻击方式并不多，当它伸出口器发动攻击时，迅速射击闪烁亮紫色光芒的部位可以将其打成硬直状态。随后需要以变形球炸弹攻击它的下腹部，得手以后，需要尽快变回人形并拉扯它的尾巴，这些连续动作均成功实施后，BOSS腹部的蓝色弱点就会露出来，用最具威力的家伙使劲儿招呼这个部位吧。如此反复，只要动作够快，一个回合就可以打完收工。
行进至Jungle Generator，需要破坏阻碍飞船轰炸的防空炮。对付右侧的防空炮时，首先需要对炮的主体进行扫描，然后来到底部基座中央位置，用抓取能力拉出基座，这样一来，炮身结合处就会出现黄色能量罐，一定要迅速击破。如此反复两次，就可以令这门放空炮报废。拆炮行动的全过程中，场景内会有无限数量的敌人杂兵刷新，所以不要恋战。拆除左侧的防空炮需要更多的技巧。由于此处的敌人具备飞行能力，所以瞄准起来较为费劲，此外，敌人同样是无限刷新的，所以不要指望先清理门户再破坏防空炮。与右侧的炮不同，这门防空炮需要搬动场景周围的三根手柄才能是炮身结合处的能量罐弹出，并且，空中的敌人还会趁萨姆斯离开后将已经扳开的手柄重新复位。因此，除了需要有熟练的操作之外，还需要掌握好敌人出现的时间差。将炮身上三个位置上弹出的能量罐引爆，这门防空炮就彻底瘫痪了。
BOSS战：Mogenar
位于Bryyo Seed场景中的这个家伙能力并不出众，但需要破坏四个要害部位，所以对付起来较为麻烦。它的身上分布着四枚红珠，前面三枚后面一枚。萨姆斯所要作的就是不断攻击这四个弱点，令其由红变白，当红珠被打至彻底发出白色的光芒后，再利用超能模式下的光束将其破坏。每当破坏一颗红珠后，BOSS的脚部就会冻住，然后不断发动冲撞攻击，此时需要通过变形球炸弹将其脚部解冻才行。需要注意的是，这个臃肿的大家伙每隔一段时间就会伸出两只虚拟的手去抓取场景两侧的红珠，一旦红珠被其彻底抓住，已经破坏的红珠就会复原。所以一定要抢在其得手之前将悬浮在空中的红珠破坏掉。BOSS的攻击模式十分程式化，除了利用跳跃和脚部产生的冲击波袭击萨姆斯之外，还会利用释放出虚拟的手掌。此外还有光束扫射等等，但都比较容易回避。将四颗红珠全部破坏即可获得最后的胜利。
Elysia
前行至Steambot Barracks之前的路线只是单一的路线，并没有什么岔路。整个过程中需要注意的是需要活用抓取能力沿着空中的索道摆渡前进。索道中会出现一些障碍物，需要提前破坏才能顺利通过，否则一旦撞到，只能从头开始。随后与Steamlord发生的战斗也比较容易应付，只要集中火力射击悬浮在空中的Steamlord即可。
