雅典娜发现自己变成VR映像，在育成室里，还看到高冲所长。原来他们正在研究使用古代生命体的基因制造生化人！调查周围的人和大门会发生并木出现把研究员枪杀的情节。调查研究员的尸体会清醒过来，发现自己在医院里，床前的是拳崇…… 第五章 哀哭
回到学校，到1-A教室找理香，同学说她到了二楼。在二楼 ，有个三年生趴在地上找隐形眼镜，在附近使用超能，找出隐形眼镜，得知理香在3-C教室，3-C教室的同学又说她去了三楼，询问三楼的同学得知理香放学了，现在应该在生徒玄间。到生徒玄间，见到理香，但理香有意避开雅典娜……
学校的学生走得七七八八，而雅典娜孤独地坐在屋上的长凳上。突然，学校发生爆炸，与此同时小丑出现，告诉学校已满布炸弹，要雅典娜去拆除，而它的目的只是想彻底引出雅典娜的能力。到三楼的第二理科室，对着教坛使用超能，可知道在理香的储物柜中有重要物件，到1-A教室打开理香的储物柜可拿到青色磁碟和两本教科书。回到第二理科室，小丑叫雅典娜去女厕看看，于是到三楼的女厕可找到两瓶洗剂。再回到第二理科室，把青色磁碟插入教坛，输入7895123（根据酸碱中和，X+Y=Z，即Z字），解除第一道锁。而游戏进入15分钟倒计时，对着前门使用超能，然后在书桌找到另一张磁碟。到一楼1-A教室的教坛使用磁碟，选择图上所示立方体展开后的正确颜色（第一次：2-红、5-深绿；第二次：1-浅绿、3-蓝、6-深绿；第三次：4-紫），解除第二道锁。到三楼3-D教室里对着门使用超能可找到红色磁碟，然后到二楼3-C教室的教坛使用磁碟，破解谜题（不作提示了，因为只要是中国人的话，即使是幼儿园大班也可以解决这道题！^_^），解除第三道锁，成功拆除炸弹。雅典娜来到屋上，见到小丑，进入回合制战斗（用第一种超能攻击它，注意按START键使用食物回复），打败它后地板会倒塌。
记忆后从女厕出去，会受到WARM军团攻击，向右迂回前进到尽头，进入家庭科室，但被机器人找到，一场苦战。打败它后，地板裂开，雅典娜和机器人都掉到楼下去了。在放送室，走近机器人的残躯，机器人忽然向雅典娜射击……理香听到枪声，跑进学校。雅典娜爬起来后，走没几步，又受到机器人袭击，避开地上的活动地雷，趁机器人走到桌子的角位时爬上桌子使用第一种超能迅速把它打倒。之后，雅典娜走出校庭，受到军队围攻，理香不顾一切地跑上前去，结果中枪倒下，而雅典娜爆发出超能量把周围的军队都吹飞了。 最终章 决战
雅典娜醒来后，神秘少年出现，谈话后得知自己身在EARF研究所。在室里可拾到培养室门的第2级密码3278，调查一个衣柜可找到可开室门的卡片。开门后到地下二楼，遇到拳崇，一起进入资料室，找到MO、磁碟、和培养室门的第1级密码9812。出来后继续往前走可来到一个暗室里，可找到衣柜钥匙。离开后继续往前走，拳崇往右走去，结果被困。回到刚开始的地方，用钥匙打开右侧衣柜，拿到卡片，使用在拳崇被困处的左方通道尽头大门可进入培养室，里面可找到培养室门的第3级密码9614。打开记忆点旁的电源，然后到暗室把MO使用在蓝屏上，再来到减压室门前使用MO开锁，跟着要在60秒内回到暗室调查白屏再回到减压室进入，用MO打开里面的门。进内后，对被冻结的人使用读心术，原来她就是高冲所长，看了一些影象后，可得知WAD的阴谋。忽然，警铃声大作，这时要在3分钟之内使酸素刚好达到100，解救高冲所长（解救成功与否会导致片尾动画不同，详情见后。解救方法：依次选择5、1、6、9、2），无论解救成功与否，高冲所长都会交给你一张卡片。
到培养室，输入3段密码，然后用卡片打开门，来到地下三楼。到下方记忆后，进入上方的大门，与最终BOSS决战（走近中间的光线发射口，用第一种超能迅速击毁，然后原地使用第三种超能把两旁的发射口击毁，再向后退，把降下来的炮台逐个击毁，但注意别走到一个以上的炮台的射程内，跟着趁上方发射口停顿的空隙，坐升降梯上去迅速击毁！），之后最终BOSS会使用粒子炮，危急之际拳崇出现挡住攻击，然后雅典娜使出最终攻击（超必？！KOF？），把BOSS一举击溃。之后进入内里，把4个能源供应装置击毁，就可救出少年，但少年最终也不幸死去。
The End
