序幕
2172年巴菲拉母军派出善战的女副官Viola，往位于木星附近的植民星“艾狄尼亚”执行任务，破坏这个植民星并寻找该处内的...
于工场附近一带匆忙逃跑中的主角Leo，希望找帮手救助被困的朋友，可惜Leo却来不及找帮手，在途中眼见三位好友被Viola击落的机体压死。突如其来的打击令内向的Leo发呆，直到有飞弹攻击他身傍的建筑物时，他才懂得逃生。最后他更乱速乱撞闯入机舱，成为了Jehuty的机师。
开始游戏时，玩者只要击到Raptor，然后依照ADA的指示离开机舱便可。接着只需再把各两只Raptor及MummyHead击落，Viola便会架驶着Neith与Jehuty交手。不过基于Neith没有装备强力的武器，因此玩者可轻易把她击倒。
战斗结束后Leo受朋友的死受了重大的打击，使内向的他更加厌战讨厌杀生，因此艾多拉狄丝号的副长Elena，要求Leo把Jehuty运送给他们时，Leo以朋友的死为借口，拒绝Elena的请求。不过最后Elena详细说明Jehuty对植民星人民有多重要后，Leo亦只好接受Elena的请求。
要把Jehuty送到艾多拉狄丝号的话，必需先获得飞行程式“global.fcmd”。至于获得这个程式的方法十分简单，只要击倒工场内持有Passcode的部队，即可往地图上的绿色点取得“global.fcmd”。另外在同一场地中，玩者可取得程式“monitor.fcmd”。
保护教会
进入TOWN.1后，Leo发现好友Celvice不顾危险走向战区中的教堂，拯救堂内的小朋友。Leo得知此事阻止Celvice进入教会，因为Leo再不想看到好友死于残酷的战争之中，可惜Celvice却没有因而打消进入会的念头，所以Leo只好先把企图破坏,教会的巨大机体击倒。
这部于TOWN.1企图被坏教会的巨大机体，正是第一位BOSS。第一个BOSS分别有两个不同的形态。先谈第一形态，主要以范围大的火炎攻击袭击玩者，不过玩家只要不靠近它使用储气的远距离攻击，应可轻易获胜。另外第二形态的它，主力会使用散弹及近距离重击等两类型的攻击，所以玩者最好继续与它保持一定距离，以便闪避它的近距离重击。至于当它使用一般的散弹时，玩者可使用防卫网。另外当它使用火炎散弹之时，正是唯一攻击它的机会，玩者紧记趁此良机攻击倒它的要害。
战斗结束后ADA发现敌方的增援部队正向着教会的方向前进，Leo担心身处教会的Celvice有危险马上赶到现场，更邀请她乘坐Jehuty。
今版中基于先前曾经与BOSS交战，所以玩者最好先叫收教会前的METATRON，回复Jehuty的HP。另外当消灭这里持有Passcode的部队后，即可获得javalin.drvr。
找寻植民星的情报Date对于ADA来说Leo拒绝杀死对方机师的行为，它都视为不合理做法。现在ADA指示Leo尽量回避战斗，返回工场回收植民星资料以便日后行动时，Leo却选择先向着发出求救讯号的地方拯救居民。使到身为人工知能的ADA，越来越不明白这位新机师的想法……
TOWN2
基于Leo选择先拯救发出求救讯号的居民，因此玩者最好先进入TOWN2。今版中市民的分布位置比较散，因此玩者最好使用近身攻击吸引敌方到街道的中心交战，可确保生还率。另外在今版中亦有持有Passcode的部队，玩者只要击倒它们即可获得“phalanx.drvi”。
（注：若果玩者不选择先进入TOWN2而进入工场，当返回TOWN2拯救居民时，生还率的最大值会下降至90%。）
FACTORY.1
返回工场后，所有敌人的实力都比先前的部队强了很多，至于今版中持有Passcode的部队有队长带领的关系，因此笔者建议各位最好先击破“※”记号的队长，即可令它的手下实力大跌。
EPS
取得植民星的资料，从而得知巴菲拉母军打算利用植民星EPS系统的力量，掌握操控植民星的大权，并且更利用EPS在植民星中央设立能量网，令生物不能在能量网范围内生存，不过基于Jehuty体内不会受到影响，因此能够担此重有的人就只有Leo，所以当务之急必需尽快破坏供应EPS系统能量的两个电子引擎。
