众人在沙漠前扎营休息，龙首先向浩伊斯询问通过沙漠的方法，再在帐篷边的水桶中取水，之后就可向沙漠前进。在沙漠中行走必须在夜间，而当天亮时要扎营休息，扎营的时间为12小时，而一天有24小时(隐藏数值)。在沙漠上行走到一定时间时电脑会提醒你喝水，这时必须饮水，而水共有16桶，如不饭水在行走一会儿后便会使体力逐渐减少，在沙漠里会遇到敌人。而我们所要经过的路线大约是向北走到“西の明星”与三颗在一起的星星排成大约一条直线时立即向东行，然后再当“西の明星”在地平线上消失后再向北行，在向北行时会看到有绿洲模样的地方，出现就证明快到了。这样向北大约三日就可到达。但是就在要成功时沙漠中会有一只BOSS出现，众人要与其战斗，其弱点是冰，胜利后众人扎营休息，但这时妮娜因体力消耗过大而病倒了。而这时必须让龙利用特技将带路的“砂ブタ”杀死，用它的肉令妮娜体力恢复。等妮娜病情好转后就可到达オアシス。在村中经过休息众人的体能得到了充分的回复，而在村民的口中得知北方有一个巨大的遗迹，由于众人觉得可能与神有关，于是便动身前往。在这之前首先去一趟东面的コンデナセ-ド，在这里的一间房屋中找到传送点，并且利用加朗德的特技令货箱击碎，这样最后一个转移点便可利用了。
众人继续向北前进，来到了被称为“古の都”的地方。这里不单没有人而且就怪物也不会遇上，在此会有游戏中最终的商店要更换装备的人就趁再现了。由于这里属于机械都市所以毛毛必须有队中，由于毛毛的特异本领使得众人很快就能到达一处生物实验室，而最重要的I.D卡便位于玻璃后那只怪物的身旁，众人进入实验室后与怪物对决，怪物的样子有些象“奇美拉”(传说中的异兽)。此怪的弱点是光，经过一番苦战将之击败，而I.D卡也可以入手了。从怪物身后的门进入可以得到毛毛的专用武器“ボ-ズ-カ-”(一定要拿到)，利用这件武器就可通过被植物封住的门，进入此门后发现这里竟是一片人造花园，环境十分不错(但有怪物出现)。在庭园深处看见了一位紫发男子，而这个人竟然是失踪已久的好友迪波，原来当他们被与兄弟打败后，迪波变成了龙，而从那时起迪波便知道自己也是龙族
的成员。而这时他的目的是让龙和自己与女神一起统治世界。龙当然不能答应，于是迪波令龙进入了自己的内心世界。在内心世界中龙与自己的幻影做最后的思想斗争，注意这里出现的一些谜题，一定要仔细才能通过，这里本人就不在多说了留给玩者自己去发掘(都说出来就没有玩的意义了，对吗?)。由于龙此时已经觉醒，因此不再受女神的诱惑了。由于迪波不能说服龙，于是便呼出一支巨兽与龙单独战斗，而身经百战的龙有着无穷的力量，很快就可以将之解决。胜利后随之返回现实世界，而迪波想再次说服龙，龙坚决地拒绝了迪波的要求。迪波看到龙这么坚决突然变身为一支巨龙(好大的一只)，为了正义龙只好与同伴与他决战，经过数十回合的激战(实在太厉害了)迪波终于倒下了。在弥留之际迪波对龙说他十分希望能向从前那样与雷依一起过无忧无虑的生活，说完便消失了，龙这时的心情十分复杂，回想起小时候与迪波和雷依一起的日子……没想到会变成今天这样兄弟相残。一切都是女神米丽亚的错，龙决定与女神做最后一战。离开时别忘了拿A号卡。
拿到LEVEL
A的卡后便可进入A号门了，进入后会发现有许多门，而在门后等待的都是以前击败过的BOSS级首脑，这里虽然每一条路都通向最终决战，但是本人却希望大家能尽量把这里出现的敌人全部消灭，因为这不但可以得到大量经验值，而是还能得到一些怪物丢下的珍贵宝物。待准备完毕后众人通过一系列通道可以见到女神米丽亚。在女神米丽亚面前众人不断地向之提问，而问题的主要内容都是有关龙族被灭一事，最后女神米丽亚被众人问得不能自圆其说，还把众人用魔法弹开了，这时巴可罗斯用神秘的力量把众人召了回来，而自己向女神提出了一个关键性的问题。女神最后问龙的意见，这时有两个选择，一是“龙のカを舍て女神と共に生きろ”，二是“自分の足で步く”，若选择一，龙就会与女神一起，世界也没有任何变化，直到永远--BAD
END(如是这样那迪波就死得意无价值了)。若选择二，就会与女神作宿命的一战，她会变成一支巨大的恶魔，这时要选择能力较高的同伴上场。女神的HP很高而是其攻击形式多变，所以大家要在防具上作精心的布置，经过不懈的努力，终于将女神击败。
在众人要离开时发生的巨大的变动，加朗德因为其使命已经完成便使出最后的力量令众人脱出，而自己也变成了化石，这时大魔师会同女神一起毁灭，为什么?难道说她与女神是……?结束后，众人在沙漠默默地望着崩溃的古都，大家都在回忆着……--FIN
(GOOD END)。
结束后，大家可听到一首十分悠扬的歌曲--PURE AGAIN
