刚一着地，克罗诺一行就被包围了，敌人越打越多，这时一个原始时代的女性出现了，她帮助克罗诺一起消灭了敌人。经介绍她叫艾拉，很喜欢有力量的人，便邀请三人参加村里的晚会，并说村子里就有赤辉石，大家便高兴地一起到艾拉的村子。
在晚会上，大家才知道艾拉原来是酋长(母系社会?)，她给了克罗诺赤辉石。在尽情的庆祝中，克罗诺和艾拉比赛喝酒，大家都醉倒了……
三人醒来，发现晚会场已是乱七八糟，地上到处是巨大的脚印，再一查，时空门把也被盗，这样，克罗诺就无法回去了。大家找到并叫醒了艾拉，她认为是死敌恐龙人干的，便加入队伍一起去找恐龙人。
跟着脚印，三人到了南面的迷幻森林，遇到了基诺，他正准备只身去找恐龙人，艾拉叫他去守村子，并说万一她回不来，就让基诺继承酋长之位。
在森林中，由于有了脚印，追踪很方便，不过完全踩着脚印走容易遇敌。通过森林，到达了恐龙人的老巢。这里有不少敌人，其中有一种绿色的大恐龙较厉害，可以用*击魔法攻击，这样它的防御力和攻速会因为“触电”而下降。
在最里面的山洞中，找到了恐龙人之王阿扎拉，他将感电怪叫出来战斗。这个怪物很强大，可以用天属性的一人或二人技使之防御下降，但它也会由此使用将电放出的全体攻击，不过与它原来的绝技相比，这还是合算的。艰苦的战斗结束了，感电怪被击毙，阿扎拉放下盗得的时空门把逃跑了。
回到村中，克罗诺带上赤辉石，告别了艾拉和村民们，通过时间隧道到了梅迪那村，博修将神剑格兰利昂修好了!快去找青蛙吧。
见到神剑，青蛙大吃一惊，他回忆起了痛苦的过去，他的原名格伦和好友萨依拉斯……
“克罗诺，我决定了，一起去魔王城吧。”青蛙说。
大家来到了东边临海的魔岩窟，青蛙抚着岩石，又想起了萨依拉斯……但萨依拉斯已经死了，青蛙终于擦干了泪水，“魔王!我的名字是格伦，往日的恩怨，让我们作个了断吧!”神剑的光辉划破了长空，挡路的岩石被劈开了，大家进了洞中。这时有一只蝙蝠会一直跟着大家，一遇敌就飞走，很可疑。
通过魔岩窟，到达传说中的魔王城了，城内正和想像中的一样阴森、恐怖。
刚进城，会发现一个敌人也没有，在探索过左右两边的房子后，再回到中央就看到比内加在那里。他说魔王的另外两个(变态)部下：外法剑士索伊索和空魔士玛由妮正在等着克罗诺一行.
可以先去左边打外法剑士，索伊索一开始托大不用剑，很好对付。获胜后索伊索开始用他的真功夫，他有好些大威力的剑术，而且水系魔法对其不起作用，要耐心战斗，注意回复。胜利后，可徼获他的剑。再到右边去打空魔士吧，与外法剑士相比，这个“空魔士”实力太差了，什么……是假的?原来那只一直跟着大家的蝙蝠才是真的空魔士!玛由妮其实没什么厉害的攻击魔法，倒是一些辅助攻击的魔法花样百出(难怪叫“空”魔士)。
干掉了魔王的两个部下，通过传送进了中央的大厅。在最里面见到了比内加，他还在叫索伊索和玛由妮，当然不会有人答应。比内加见自己就剩一人了，便坚定果断地使出绝技——脚底抹油。克罗诺一行经过讨厌的机关和艰难的空中楼梯(也能方便地过去)，总算追上了比内加。他的“作茧自缚”防御可十分“有效”，正面攻击显然行不通，其实只要打掉边上的四个绞盘，比内加就会掉下去。
接着就要与魔王决战了，魔王极为厉害。建议用克罗诺、青蛙、玛尔三人，这样有全体回复的二人技。对付魔王分为两个阶段，第一阶段用物理攻击的效果不佳，只能用魔王刚用过的那一系的魔法攻击才能造成较大伤害，如魔王刚用了天系的魔法，那就不能用天系以外的魔法攻击，一旦用错了就会适得其反。 第二阶段的魔王会解除防御，此时用任何攻击都管用了。
魔王被打败了，然而魔神拉沃斯却因此觉醒，产生了一个次元旋涡，大家和魔王都被吸了进去……
迷迷糊糊中，克罗诺仿佛听到玛尔在叫自己的名字，但清醒过来一看，原来是艾拉，自己又来到了远古，而魔王却不知去向了。大家休息了一天，第二天来到村西北的帐篷处，看到艾拉正与长老争论。原来吉诺去打恐龙人却被抓，艾拉想一人去救他，长老先前反对，但被缠不过，只好同意。大家根据长老的话到北面山上的普天兰之巢。这里又是山路，敌人大多攻速快但威力不大。到了山顶，看见艾拉正在召唤普天兰，克罗诺说要一起去，艾拉答应了，便又召唤了两只普天兰，一起飞向东南方的提朗城。
城内象迷宫一样，加上机关重重，路很难找。在监狱中，大家救出了基诺和村人。继续前进会再遇到一个感电怪，打它已有经验了吧。总算找到阿扎拉了，谈了一会儿，就听见传来了恐怖的吼叫声，原来是巨大的黑霸王龙，阿扎拉跳上了怪兽的肩，战斗开始了。建议用克罗诺、艾拉、青蛙或玛尔，这样回复容易些。先用大威力攻击把讨厌的阿扎拉消灭;大怪兽的普通攻击并不厉害，但防御力很高，可以在它用必杀技前的准备期集中攻击，因为这时它的防御力会减弱;在它用了必杀技后立即全体回复。
终于胜利了，阿扎拉倒在了地上，就在这时，一颗小星球般的红色球体飞到了地球(?)，而且好象要落在帝兰城的位置，幸好吉诺及时赶到用普天兰救了大家，球体砸毁了帝兰城。
“是拉沃斯，原来它是这个时代来到地球的。”
“拉沃斯，厉害吗，克罗?”艾拉问，“走，看看去。”
三人到了被毁的城迹，看到又出现了一个时空门。艾拉将村子交基吉诺，与克罗诺等一起通过隧道来到了一个冰天雪地的世界，这时是B.C.12000年，古文明时期。克罗诺等通过天之道到了飘浮在空中的魔法王国吉尔，这儿有极先进的科学，魔法与科学被完美地结合在一起。这里有不少隐藏宝物，还有正在建造中的大飞机黑鸟号。
大家到达了最高处的吉尔宫殿，却无法打开正殿的门。去右边的房间，可以看见公主萨拉和王子嘉基，过一会儿会有一名侍女叫萨拉去正殿议事。再到正殿的门口，看到萨拉用一串项链开了门，克罗诺也如法炮制(项链是玛尔的)，却打不开，问问边上的人才知道萨拉的项链接受了魔神器——魔法王国的动力之源——的力量。于是克罗诺到左边的房间去让魔神器的光照射项链，再开门就能成功了。
正殿内，吉尔女王正和萨拉等人议事，见三人进来，听说是异国人，便要抓起来。大臣达尔顿召唤出一个格莱姆和克罗诺等战斗，这种怪物有一种特性，就是你用什么系的攻击，它也会用这个系的技反击，所以尽量用水或火系的技，因为它的这两系攻击较弱，别用物理攻击，否则会吃大亏的。无论输赢，三人都将被打倒，然后被送到远古来的地方，并且来路也被封印。
