战斗过程中玩家可以先使用狙击枪从远距离压制敌人，待等敌人靠近之时在换成步枪反击即可。难度系数并不是很大。
战斗结束，突然坑外传来巨大的噪音，又一台巨大的AI兵器出现在Big Boss面前，很显然，这次他要应付这个大家伙了。
任务完成后，任务列表更新内容：
主线任务：対コクーソ戰 1~4人
Extra029：アイテム奪取 1人
Extra080：対戰車戰：KPz 70 1~4人
主线任务：対コクーソ戰
参与人数：1~4人
推荐兵装：机枪+火箭筒
本BOSS是一辆巨型坦克，相比第二章出现的飞行器AI机体，这个比之前的好对付得多。玩家需要做的是坚持呆在山坡的坡道上，敌人的攻击方式便局限在那些远程武器。坦克也会试图碰撞墙壁来造成震动，让玩家们受其影响。坦克的主炮攻击是三连发，前两发可以单纯通过跑动来躲避，但是你必须使用回避动作来规避第三发炮弹。在坦克主炮开火时，不要靠近掩体，否则最后玩家将在没有掩体的环境下与敌人展开对峙，而机枪就可以轻松的杀死Big Boss。除此之外坦克还有跟踪飞弹，这个和第二章里的BOSS的飞弹有点相似，但是躲避更加容易一些。
当BOSS的HP下降到3格的时候，坦克的侧面会出现一个梯子，之后就爬到坦克上面去战斗吧，上面的机枪一旦开火，开火方向就不能改变。所以可以先勾引他们朝某个方向开火，然后放心把自己想宣泄的全扔到那个核心上面去。核心破坏后仍然要进入其中回收记忆卡，尽可能多地收集就好。
坦克的碎片砸开了一扇门，Big Boss顺势进入了基地。
任务列表更新：
主线任务：地下基地潜入 1~2人
Extra031：機密書類回収 1~2人
主线任务：地下基地潜入
参与人数：1~2人
版面：AI兵器格纳库
Big Boss从本场景的2楼入场，目前全基地处于警戒状态。所有的门都是关闭的，这个场景内深入用的门就过不去了。唯一通过的方法则是电梯。如果你有重武器的话，你可以在开始后往右走，会看到所有士兵在那里围在一起说什么，这是你枪杀所有人的好机会，这种方法很快，但是会降低评价，不在乎评价的玩家可以这么来。
潜入玩法的话，开场后从左手边跳下去，然后依靠视野内的那台离自己最近的AI兵器当掩护，走它与墙壁间的缝隙到达另一边。可以回收一个俘虏，同时干掉在俘虏附近的敌兵。之后继续呆在这一侧并走向另一个AI兵器旁边有梯子的塔后面，使用声波探测雷达，当有敌人靠近（雷达闪烁红色）时，靠墙后敲击墙壁，敌人会被你引下来，之后轻松干掉。接下来走到AI兵器的前脚那里，靠墙，等到靠近机体的巡逻兵走出你的视野，走中路的巡逻兵走到最远的时候，敲击。这个走的最远的家伙会被引来，干掉。之后用同样的方法干掉那个靠近机体的巡逻。剩下那个视野里你能看到的原地固守的巡逻会被吸引过来，干掉。如果那个巡逻没有被吸引的话，可以按原路返回另一边，然后走兵器与墙壁的缝隙，干掉靠近电梯的敌人后在过去干掉他。
要注意！电梯在警报状态（红色倒计时）下不能使用！
版面：地下通道A
成功进入后立刻往左走寻找掩体，不久就会有两个士兵跑向电梯。不要管他们，继续前进，建议沿右边走，遇到的敌人会少一些。注意不要着急，因为本场景的巡逻在玩家进场后会陆续从我们要通过的出口进场。
版面：地下通道B
这个版面人不多，但是有个盾牌兵。开场后干掉视野内的巡逻兵，然后把那个到处溜达的巡逻兵吸引来消灭。之后便可以沿着右侧缓慢移动，会发现通向目标的通道有两个口，而右边这个口的士兵是个普通兵，偷偷靠近然后把它电死（MK22催眠也应该可以，我选择的是电他）。然后绕到盾牌兵背后电死他，你CQC也可以，这样可以打掉他的盾牌。之后走到通道那里的门，连打
开门，当Big Boss把门撑起来后推摇杆即可通过。
接下来是游戏CG，Big Boss终于见到了幕后黑手，也见到了那台神秘的AI兵器Peace Walker。但是Big Boss实际上落入了敌人的陷阱，周围卫兵突然冲了上来。
接下来是一个难度很高的QTE，玩家需要连续在动画过程中输入指令以完成CG。主要按键有左右键，键，R键。如果你失误了，Big Boss会被卫兵抓住，但是不会Gameover。31手慢被抓住了，后来再尝试通过此QTE，一直没有成功，按键量很大，而且很快。如果你Big Boss在CG里华丽的突围场面吸引了你就容易按错了哦...
根据网友们提供的补充，就算所有按键全按对，最后也会被抓住，但是可以抢到一张ID卡，在越狱关卡里可以直接用了开门。但是故事线的话，这里就没有什么双线剧情了。
被抓住后，任务列表增加任务：
主线任务：独房からの脱出 1~2人
主线任务：独房からの脱出
参与人数：1~2人
本关不建议2人游戏，因为开场时的CG内的QTE在有两个人的时候会很难，而任何一个人失败都会导致Gameover。
开场后玩家会受到敌人的拷问，玩家需要连打来尽可能阻止自己屏幕左下角的HP的减少，总共要进行3回，每回需要抵抗的时间都会增长。如果HP耗尽则Gameover。抵抗3次成功之后，玩家被打入监狱。
(这个QTE确实比较恶心，蹂躏按键啊...)
可以行动之后，先到所示的镜子处拿到小锯子。然后趁警卫不在的时候使用锯子锯开门。如果你被警卫看见在锯门，就要从拷问的QTE环节重新开始。
锯门时依次往复按L/R键来锯门。速度一定要快，在这个过程中按X可以假装没事。但是动作一定要快，假装的那个动作过程很短，按早就会悲剧。
出门后用QTE解决掉两名卫兵，然后进入附近的电子门，调查里面的电子中控系统。在操作面板上选择Unlock按钮，之后按下旁边的下箭头，按箭头是为了一会儿就俘虏用。
出门之后往左边走，一路走下去，中途可以回收一名俘虏。走到尽头后本关卡结束。
成功越狱后，任务列表更新：
主线任务：ピースウォーカー格納庫へ 1~2人
Extra054：スネ一ク装備品奪還 1~2人
主线任务：ピースウォーカー格納庫へ
参与人数：1~2人
版面1： AI兵器格纳库
这次玩家在一层登场，这时警戒状态已经解除，也就是说所有的通道都开启了。按照上次来这里的路线绕道AI兵器的另一面，然后依次干掉那里的敌人，然后走门进入下一个场景。电梯旁边的敌人请无视，如果有心情可以上楼梯到二层把那个哨兵也干掉，他有一定的几率看到你在楼下的动作。楼上还有个俘虏可以回收。
版面2：地下通道A
走门的通道后发现我们来到了这个版面的二楼，这里的哨兵很少，而且比较好对付。待两个哨兵交流完毕后，呆在上图位置，然后把其中一个人干掉。之后绕回来，从这个障碍物的另一边走过去干掉另一个哨兵，之后回收这里的俘虏，俘虏在中间的空间里的地图右上角。就可以去下一个场景了。
版面3：地下通道B
这里的2F只有一个盾牌兵，偷偷绕到他身后搞定他即可。然后从他身后那里的楼梯下去，注意动作要慢，你下楼后你的背后是两个盾牌兵加一个普通步兵。其中有一个盾牌兵还在巡逻，不过如果你没有被发现的话，这时通往目的地的那个通道时开启的，如果出于警戒状态，玩家还需要像上次那样去开门。下楼后有一个箱子能帮我们躲开卫兵的视线，现在箱子旁边蹲下观察敌人的动态，等巡逻的盾牌兵背对出口时，立刻跑过去就好了。
Big Boss再度出现在Peace Walker的格纳库，但是敌人却显得很无所谓。他们把自己的计划告诉了Big Boss，并且启动了他们实现这个目标的重要工具，被称为AI终极兵器Peace Walker。Big Boss紧追Peace Walker再度跑到外面，并且攻击了机体，谁知机体转过身来，发出“进行自我防卫”的机械语音，向Big Boss攻来。
