本作的最特色系统，在游戏中玩家可以进入数码宝贝管理空间来管理数码宝贝的进化事物，可以获取新的数码宝贝，让自己的数码宝贝进化退化，修补数码宝贝进化坏损，完善进化树等。
リピアリンゲ：游戏中获得的进化碎片在这里进行修补，修补会用到各种工具，跟《超执刀》一般，进化碎片的修补难度会根据进化形态的稀有度而改变。
修复进化碎片，有时间限制的哦!
ヂジブレート：数码进化列表，玩家可以在这里查看已修复的进化碎片。
進化ツリー：需要玩家来完善的进化树，每个数码宝贝都有自己独特的进化树，或多或少，有的数码宝贝的进化树还会在一些分支上相连，完全进化成另外一个物种，有的进化树则需要通过别的数码宝贝的进化来取得。值得一提的是有些很强大，帅得掉渣的神级数码宝贝会有独特的进化取得方式。相信这样变态的收集系统足够没日没夜的去研究了。
ヂジコンバート：和前作的捕获系统一致，玩家在遭遇某个数码宝贝的时候就会开始扫描，不断重复遭遇该数码宝贝，就能蓄积扫描值，当扫描值达到100%，就可以将扫描好的数据嵌入数码板块中将数据实体化获得数码宝贝了。获取的数码宝贝会直接送到数码农场，由玩家自由培养。
進化&退化：玩家在这里可以详细查看每个数码宝贝的正常进化规律。
ヂジモンロード：当数码宝贝的友情值达到100%，就可以相互取得部分数据强化自己。实现数码宝贝的大融合，玩家就能更好的培养属于自己独特的数码宝贝了。
进化管理系统的可研究性非常强，也可以说是个变相的庞大的收集系统。在这里就可以知道为什么数码宝贝的升级速度会那么迅猛了，数码宝贝每次的进化和退化都会回到1级继承部分之前培养起来的数值重新开始升级。退化可以在基础值上进行强化，进化则可以继承进化前的数值再度大幅强化，想要培养出相同的数码宝贝基本可以说是不可能的。
系统：★★★★☆
