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战前剧情： 我们两支部队终于是会合了，ジェフリー和ルル也第一次见到了石神，接下来终于可以联合作战了。再次见面的同伴们也有不少话要说，见到那么多大牌，一鹰已经激动的说不出话来了。矢島为保护浩一而被杀害，而加納渚终于同意和イクサー1一起战斗，浩一也停止了中二加入了LOTUS，ゴオ和ミラ的事情也暂告一段落。另一边，ガイキング完成了全装，其他队员也都有了加强，大地魔竜和天空魔竜则留在ダリウス界继续作战，现在已经要对那里的首都展开攻略了。フロンティア那边的ランカ突然代替了シェリル演唱，还参与了エイーダ出演的电影，目前已经是小有名气。シェリル因为身体问题则住了院，不过并不知道エイーダ为何突然停止了演出。 ダイヤ劝说ナオト一同登上大空魔竜，而我方也都正式搬了上去。ミシェル一见到渚就上去搭讪，结果被无情地拒绝了。在大空魔竜里走迷路的ナオト在过道里听说了ロンゴ生病的事情，被发现后ロンゴ要他保密。 此时的第3新东京发布了疏散警报，来找父亲的シンジ无法取得联络。自卫队与前来袭击的使徒作战，然而攻击完全没有效果。使徒一路走到シンジ所在的地方，在最危险的时候ミサト开车把シンジ载走了。见アルマ的攻击完全不能阻止对方，军方决定动用N2地雷，但即使这样的攻击使徒依然健在。 这种时候非依靠NERV不可了，而シンジ也来到了NERV内部。同时JUDA也接到了通知，我方准备前往协助作战。 リツコ带シンジ见到了EVA，ゲンドウ一见面就要儿子驾驶去作战。一向软弱的シンジ怎么会同意这种无理的要求，于是ゲンドウ下令让レイ再去战斗。然而看到レイ受伤的样子，シンジ最终还是咬紧牙同意出击。 |
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战斗剧情： 第一次上战场的シンジ就面对如此强大的敌人，一下子就被打倒了。好在LOTUS赶到，终于可以有牵制的力量了。然而敌人的AT力场让我方的攻击也都无效化，只有从集中攻击的空隙才能打进去。可是邪魔大王国看准了这个时机，杀过来搅局。 可惜土偶的能力太不济，眼看撑不下去，阿磨疎下令剩余全部黄泉兵集中扑向大空魔竜。虽然ロンゴ已经及时转舵了，但还是被命中甚多。很快第二波敌人又上来，生病的ロンゴ已经无法坚持。这时ナオト过来说明了情况，接着マクロス·クォーター帮助击溃了这波敌人，但仍有一机残余。最危险的时候ナオト上前接过舵盘，回避掉了这一击。看见连ナオト都站出来战斗，シンジ也不是那么害怕了。 阿磨疎这边是抗令出击，所以马上就被妃魅禍叫了回去。另一边使徒的再生速度异常强大，只能依靠シンジ中和掉AT力场再去破坏敌人的核心。这时大家都给予シンジ以支持，可是一想到父亲的话，シンジ又退缩下去，结果被使徒一击直击打穿头部。初号机暴走，随手一击就消灭了使徒，然后就完全沉默，立刻就被NERV拖了回去。 最终敌人全部消灭，对于使徒大家有很多问题要问，于是石神就让大家去NERV看一看。 |
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战后剧情： シンジ一醒来，浩一和一鹰就去看望，以前的同学想不到会在这里重逢。 SEELE委员会开始讨论这次作战，ゲンドウ表示还有2号机将会来支援，一切都必须按计划进行。ゲンドウ同意初号机与LOTUS一起行动，这样就会弄明白“那个”究竟是什么。 ミサト带シンジ看了第3新东京的全貌，而在同伴们的鼓励下シンジ终于同意继续战斗。 在15年前的第2次冲击后就出现了ダリウス军，接着国联开始启动ダンクーガ计划和开始配备アルマ，这一切之间必然有着某种联系。然而现在还并不能判断出F.S.的意图，在20年前加藤机关就开始把“那边”的技术应用到这个世界中，他和ロゴス也是推行者之一。目前为了更好的打倒使徒，初号机就交付LOTUS，而零号机留在NERV本部防卫。至于刚才的暴走，可能只是偶发事件。 就这样，石神在JUDA欢迎ミサト和シンジ来到，另一位新人就是ナオト。于是大家又可以庆祝一番，但这次的内容是各人才艺表演，大家都要去卖力准备。 JUDA这里应有尽有，什么都买的到，所以大家的材料很方便就弄到手了。但是浩一还想不出到底表演什么好，正好城崎有个想表演的，就把他拉了过去。 一开场就是山下的报站名，于是立刻就被忽略了过去。接着是遠藤姐弟表演的漫才，レイチェル和小介的问答，然后是城崎表演大切活人的魔术，当然因为ファクター的再生体质，这可是真的切。在这个欢乐的集体中，シンジ也少许打开了心扉。这时森次过来说他收到桐山重工新机发表的邀请函，山下就被叫去和他一起前往。 |
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战前剧情： アリス被请去帮忙打扫マクロス·クォーター上シェリル用过的房间，另一边一鹰他们又要准备上学去了，今天城崎也进入了他们那所学校。シンジ因为已经转校所以不方便回去，就被叫去训练。 这时アリス的打扫完成了，她找到了シェリル所遗留的东西，那是某种胶囊，至于里面是什么成分就需要再化验一下。 悠一行来到绑架博士的敌人的前线基地附近，虽然突破了前沿防线，但是随后出现的一架红色机体却将他们打的大败。看到无法取胜，悠他们立刻潜行离开了这里。 浩一他们在路上遇到了学校里的大红人道明寺，早就想取代他的浩一很快就动了手，可是没想到道明寺居然能够接下浩一的拳脚。看到打不赢，浩一立刻中二病发叫来了ラインバレル。只是道明寺在知道浩一是正义的伙伴后，表示愿意帮助浩一，早瀬军团就此诞生。 桐山毫不掩饰他对LOTUS的质疑，为此他开发出了迅雷，但是四ッ谷博士他们都对此并没有表示出多大关注。 シンジ也在抓紧练习，争取能够赶上浩一他们。回到JUDA的浩一又被大家说教了一顿，而城崎则被叫去石神那里处理战斗数据。然而就在这个时候加藤久嵩突然来到宿舍这里，他还带来了五飛与マサキ。他是过来想说服浩一加入他们，随即大谈想象力对于未来可能性的重要程度。谁也弄不明白他葫芦里卖的什么药，只是他说出了ラインバレル是来自异世界的技术，同时他们加藤机关也是来自异世界的先锋部队，目标就是征服这个世界。城崎也好，フロンティア船团也好，都是和他们来自同一个世界。但征服世界这种事情正义的伙伴自然是不会同意，何况还有矢島的仇要报。被拒绝后久嵩一行泰然离开，フロンティア的政府上层应该是对这个人有所了解，然而事情真相却对我方进行了隐瞒。就在同时，符拉迪沃斯托克的联合军基地受到加藤机关攻击，我方立刻受命前往。 |
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战斗剧情： 联合军很快被全灭，加藤机关打算在这个位置放置球体，然而先到的却是ダンクーガ。但是那架R-ダイガン也尾随而来，不过只是露了一下脸又马上消失了。作战中它又突然出现，把ダンクーガ打飞出去，而且一击就大破了ダンクーガ。这对葵他们造成巨大心理冲击，让他们都失去了战意。加藤机关的部队趁势要上去，但マサキ要他们执行警戒不要乱动。就在葵的意识逐渐模糊之时，LOTUS队赶到。看到マサキ那台巨大的机体后，我方也都吃了一惊。虽然不清楚对方在做什么，但是石神社长却很有把握的要大家立刻去阻止。很快分析结果出来了，那台机体周围出现了次元歪曲，看来必须要尽快处理掉。シンジ没有第一拨上场，ミサト还他再好好训练后再去战斗。这边森次让美海支援他行动，山下只要在后面负责炮击和收集资料就行了。 突然グラン·ネイドル周围出现一队和出现在JUDA本部一样的隐形部队，他们立刻就围上了森次，山下不管什么命令不命令，直接放下自己的任务去救森次结果自己反被打伤。森次在干掉敌人后随手切断了山下机的行动回路，让他停在那里好好当炮台。看到这里シンジ也忍不住了，要用自己为山下当盾，不等ミサト同意，自己切断电源就冲了出去。 战斗中ジャック攻向森次，又是美海上去交战，但她明显不是敌人对手。为此森次机受了损，但是最终还是战胜了敌人，而ジャック也认同了森次这个对手下次要与他再决一胜负。 最终虽然打中了グラン·ネイドル，但是次元歪曲已经作成，一个黑色的球体出现在众人面前。但是久嵩还命令继续战斗，消灭掉ダンクーガ。 我方力战击退了全部敌人，调查队也赶过来研究那个黑球是什么。然而这个时候陸突然出现在ダンクーガ那边，他机体的特殊装甲让我方的远程炮击完全无效，就在他要下手的时候R-ダイガン出人意料地攻击了他，并将他击破，我方才得以捡回了ダンクーガ。 |
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战后剧情： ダンクーガ暂时就由LOTUS接纳了下来，田中司令也只好正式确认了一下，同时派ルゥ也过来会合。葵他们都被救了过来，ゴオ告诉他们不用在意被击破的事情，下次取得胜利就可以了。 森次让山下别再擅自行动，而虽然シンジ救了山下，但也让山下无地自容，于是看不顺眼的浩一上前质问关心同伴难道有错不成！ 三島这边隐瞒了ブレラ和ギャラクシー船团的事情，而且キャシー要求调用电脑查找加藤机关的资料也被拒绝。 カトル报告了五飛的事情，而同时我方也得知了リリーナ失踪的消息，很可能是联合内好战派所为。另外加藤机关的球体无法探察到其中构造，但相信是为了调来他们本队而作的装置，就如同穿越门一样的东西。而后大家质问为什么他们队长说认识石神，这时石神才说明他曾经也是加藤机关的一员，很快他就岔开话题，气氛重归轻松。而后零号机的修改也完成，レイ很快也能来到。 加藤机关的众干部也来问マサキ设置球体的作用，但他只是说久嵩的理想是不会背叛大家的，五飛表示一定要找出久嵩所说的正义究竟是什么。而另一个最他们作战很关键的人也快要完成了…… 田中把事情向F.S.作了报告，对ダンクーガ队的磨砺并没有结束。 |
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战前剧情： ルゥ也来到了JUDA，她一来就投入到了整备工作中。另外城崎也要上大空魔竜，为我方担当情报管理，只是石神社长给她灌输的那点常识要尽快忘记。 鉄也他们在对新参战人员进行培训，相信这批人就快成合格的战士了。シンジ来到新的学校，但是很快就被ドウジ打了一拳，正是因为シンジ的行动迟缓才让他妹妹受了伤，这让シンジ很是苦恼。 浩一他们则被新开的早瀬军团弄得很是疲劳，然而山下却还是那个大受打击的样子。浩一和他交谈后才知道当初正是因为JUDA治好了山下的病，山下为了报答才驾驶机体作战的。 ダンナーベース那边被告知，最近出现了拟态兽寄生MS的事件，综合分析看来拟态兽很可能发生了进化。被占据的MS在向日本方向移动，ダンナーベース将持续关注。 浩一去劝说山下打起精神来，一番谈心后似乎有了点作用。而静流和杏奈的配合还是非常不成熟，就在她们继续训练的时候，ダンナーベース方面报告被寄生的MS就出现在附近。 零号机的整备完成，就等大空魔竜来接了，然而这个节骨眼上，第5使徒来了…… |
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战斗剧情： 先是シンジ他们出击，随后LOTUS也来到，拟态兽的目标也在这个方位，然而先来的却是第5使徒，这又将是一场恶战。 这时就在一旁的山上，ドウジ和ケンスケ在观看这场大战，全然忘记了他们所处地的危险。很快拟态兽占据的MS部队来到，而在战斗中悠也来到，一鹰上前问候，但却受到悠的攻击。一鹰完全闹不清楚原因，但是现在只能应战，而在场的大家也都帮助一鹰出谋划策，一鹰顿时又来了信心。 然而悠在受到攻击之后拉开距离再度发动攻击，虽然一鹰已经让アリス进行预测，但还是慢了一步。一鹰机体完全不是高速移动的ストレイバード的对手。小介提出要弥补差距只能靠人从武器在后面推动ラッシュバード，而最好的武器就是ラインバレル的エグゼキューター。胜负在此一举，但是アリス却不能很好的完成角色转换，这时杏奈告诉她同时不可以想两件事情，战斗的时候就要专注于战斗。一鹰的最后一搏获得成功，大破了ストレイバード。但是悠并没有回答什么，而是立刻离开了这片区域。 シンジ一顿乱打，结果也没能完全消灭使徒，反而被使徒打飞到山上，电源线也被切断。我方正打算掩护炮击，然而却发现ドウジ和ケンスケ正好在那个位置。シンジ为保护两人也只能硬挡住使徒，而ミサト也叫两人赶快登上初号机。随后シンジ一脚踹开使徒，在电源用完以前上前捅死了使徒，而后用完电的初号机倒了下去，随即被回收了。 最终消灭了全部敌人，但是一鹰的心却不安了起来。我方则得到ゲンドウ的允许，可以进入NERV。 |
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战后剧情： ミサト询问シンジ为什么那个时候不听她的指挥要冲上去，而对于驾驶EVA的事情那是要シンジ自己去选择的。接着浩一他们又来看望シンジ，不管怎么说シンジ冲向使徒去救人的决心是可以理解的。看到这群人，シンジ突然坚定了自己继续驾驶EVA的决心。 很快ドウジ和ケンスケ也要来看シンジ，ドウジ为自己打了シンジ而向他道歉，而且一定要シンジ还他一拳，于是这3个人也就成了好朋友。 一鹰那边也因为违抗命令而受到责怪，但由于ゴオ的宽容而免于处罚。回去以后还要对一鹰和アリス进行训练，这样或许还是可以胜过悠和ハルノ的。 初号机和零号机都搬上了大空魔竜，而新来的レイ却不怎么爱说话。她并不会对驾驶EVA害怕，在レイ的心中碇司令的命令就是全部，但シンジ并不已为然。由于说了父亲的坏话，シンジ挨了レイ一巴掌，而后这个话题引起了亲父派和仇父派的大争论。 本来悠来是为了夺取ラッシュバード的，但这回却不得不临时改变了计划，而下次他必须要夺回这台机体。 |
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战前剧情： シェリル被告知ギャラクシー船团在坏灭前紧急启动了折叠航法，所以躲过了一劫，而他们也来到了这个世界。然而这边的ラクス和エイーダ都太有名了，シェリル现在还够不上号，还需要努力一把才是。然而シェリル还不知道，她也是グレイス计划中的一环。 アリス提出要对她的AI进行改造，但是目前还无法做到，一切只能凭她自己的可能性。在外面，大家都在用小型机器人进行操纵训练，打的很热闹。此外由于资金被控制，NERV现在可是没那么大可用资金，但为什么ロゴス要这么做呢？ 训练结束，女性队员都去洗澡了，于是剣児和ボス又开始想搞点动作，但被其他人架去大浴池里。在宿舍里，大家听到了ランカ的新歌，这首歌在参加联合军的各国中已经流行开来。最近シェリル也要为新片子演唱主题歌，这个时候アルト收到了一盘影碟，内容是ランカ她们发来的问候，而霞渚与加納渚长的居然是如此相象。 ジブリール告诫ネオ，下次绝对不允许再失败。他把デストロイ配备给了ネオ，让他先暂停消灭ミネルバ的任务，先去压制ユーラシア西部的叛乱，而这机的驾驶人选只剩下ステラ。 桐山把迅雷配备到了全日本各地，他已经准备好要发动叛乱了，而道明寺将出任指挥官。 杏奈和静流的合体训练又失败了，但杏奈是一天比一天熟练。而ゴオ最近总是一声不吭，现在不能驾驶机体对他的打击非常大。然而就在这个时候，大量拟态兽再度出现。 |
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战斗剧情： 半夜出现的敌人实在是让人很窝火，然而这批拟态兽还源源不断地出现。接着メナージュ·ゼロ和ルウ也来了，剣突然发现敌人中一体拟态兽就是他一直在寻找的那只。由于剣也可能感染了病毒，霧子让我方避免与他发生战斗，以免激发出他的争斗本能。 新出现的拟态兽非常强大，但是剣还是执著地攻击它，最终从它体内挖出一台机体。那台机体是他以前搭档所驾驶的セレブレイダー，剣让ルゥ坐了上去，随后他们两机合体，一击将拟态兽消灭。然而正是这一击引发了剣身上的病毒，他发狂了。剣直接攻击向杏奈，静流挺身而出挡下致命一击，但自己因为受到冲击而失去意识。这个时候ゴオ不顾一切重新驾驶机体出击，看到阻止不了他，我方所有人也只能全力给予支援。 ブレイドガイナーTDM并不是那么容易击破的，没合体的ゴーダンナー在力量上已经输了一大截。在最危急时刻，杏奈与ゴオ一起冒险合体，顶着发病的风险他们一起击退了剣。 战斗终于结束，ゴオ总算也没有发病，我方立刻先把他送回去检查。 |
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战后剧情： 结果虽然ゴオ没有发病，但也已经接近了临界状态，靠精神硬顶着才没发作，以后再不能让他驾驶机体。另一边回收了被扔在战场上的コスモダイバー，只是现在恐怕只有静流能驾驶。然而此时静流也没能醒过来，这样一来我方就少了两名机师，我方其他人必须要再多发一份力了。 此时JUDA方面发来通讯，ザフト军发来求救信号，联合军在ユーラシア西部大肆破坏，要LOTUS赶紧去阻止他们。然而同时，迅雷部队在日本作乱，桐山杀死了日本首相自己取而代之。接着JUDA本部也受到攻击，我方必须分兵对抗。所以一鹰必须选择要去哪边。（选项：連合軍の暴走を止めに向かえ/JUDAの防衛任務にあたれ） |
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