鼬 まげん•しゃりんがん 鼬和佐助 两人使用しゃりんがん后，鼬选择つくよみ
宁次 必中暗记回天 宁次和天天 宁次使用びやくがん之后，在天天前选择回天
故事紧接前作，中忍考试的时候，大蛇丸在佐助身上下了咒印。在决赛的时候，佐助打败了我爱罗，从而粉碎了大蛇丸毁灭木叶村的计划，然而，三代火影在这次的战斗中牺牲了……
故事一开头，鸣人就在自言自语，说他自己以后是成为火影的忍者，这时佐助突然出现，当然少不了一番讽刺。就在他们吵嘴的时候樱出现了，樱当然是向着佐助的。之后卡卡西出现，他会询问玩家要不要战斗教学（要教学的话选第一个），新手还是看看教学模式吧。打了一下就发生剧情，可怜的鸣人被佐助的火遁•豪火球之术一招摆平。看到佐助从卡卡西那里学会了千鸟，鸣人要求卡卡西带他去特训。而卡卡西要他们三人去执行任务。之后从樱口中得知要去忍者学校的“依頼受付所”去接受任务。于是三人便朝着木叶村出发……
在上方有一个宝箱，屋子里也有一个，从房屋里的人那里得知这里是木叶村的森林。
朝下方走，看到一个木叶标志的场所，走到上面就可以回复HP和查克拉，。另外发现有些宝箱在很高的地方，现在暂时拿不到的，以后再来拿吧。一路上不断解决怪物和忍者，还找到不少的道具，终于回到了木叶村。
鸣人那贪吃鬼刚到村子，第一件想做的事情就是到一乐那里吃拉面。话没说完，就闹肚子痛，之后要在60秒之内进到鸣人的家（右上方的屋子）里去。之后向上方走，顺路发现几个宝箱，来到忍者学校，进入“依頼受付所”。 
对话，就会把在森林里发现的狗交还给旁边的人，而主角们也得到道具和钱作为报酬。之后再接受任务，要去找三忍之一的纲手回来，然而大家都不知道她的消息。
来到忍者学校的2楼，在教室里找到惠比寿。依鲁卡老师说惠比寿是最优秀的忍者老师，鸣人当然不认同。当鸣人向他打听自来也的消息的时候，他背着身，理也不理鸣人。于是鸣人就多重影分身，再使出色诱之术……惠比寿果然抵挡不住这招，告诉鸣人他们自来也的下落，于是鸣人一行准备朝きたのひよう出发。众人正要走出学校门口，犬冢牙一队在后面叫住了他们。犬冢牙听到鸣人他们要去执行寻找三忍的任务之后，为了修炼也要求同行。而志乃和雏田也要求同去的，却被牙阻止了。
和木叶村门口的忍者对话，他会告诉你下一步去那里
于是四人一同出发，在大地图也出现了新地点“ひのくにかいどう”，进入之后发现右边被石头塞住道路，从左边一直上去就可以通过。之后来到このはきんざん，这里要用到地上的瞬身卷物来移动，途中不要忘了收集道具。
继续深入，走在里面某些地方会掉下去,这时可利用绳子爬上去。还有些宝箱被水隔开，暂时无法拿到。最后下来到某个地方，发现前进的路口被大石头塞住。牙就使用一招牙通牙粉碎石头，牙他们正在前进的时候，佐助发现了危险，立刻拉回他们，这时另一块大石块掉下来，好危险。正在他们发愁接下来怎么办的时候，鹿丸小队驾到，井野和樱这两个情敌见面总少不了一番对骂。就在她们闹的不可开交的时候，鹿丸说他们是要去找五代火影的继承人——纲手，听到这里鸣人又胡说拉，可怜被樱一拳打倒在地。鹿丸叫丁次使一招“倍化之术”粉碎了石块。好了，这下终于可以前进拉。等他们走了之后，出现两个人物，原来是四人众其中的两个，刚才的好事就是他们在背后搞的鬼。建议在出口那里练下级，因为下个地点开头要打个蛮厉害的BOSS。
进入之前最好回村子里面买多几个回复查克拉的道具。准备好之后来到きたのひとう，这是一片寒冷的雪地，而爱胡闹的鸣人和佐助打起雪战来。而在一旁注视着他们的“四人众”召唤出一个怪物まげんくぐつ来攻击他们。
まげんくぐつ：这个BOSS的皮厚血多，一般攻击对它的伤害很小，鹿丸和丁次的合体技“影真似大突破”以及牙的“牙通牙”对他的伤害都有100左右。因此主要用他们进行攻击，查克拉不够时用鹿丸使用道具给他们回复，再配合樱的回复，10来个回合就可以结束。
好不容易才打败了BOSS，那两个“四人众”闪身去向大蛇丸报告情况。鸣人一行接着去寻找好色仙人。由于雪地很寒冷，因而只能在外面呆上5分钟，超过的话就会回到进口附近的那间屋子里。
朝东走，发现很多雪人，向下走，还是很多雪人，之后在某个红雪人和黄雪人之间的雪地走过便可以进入下一个场景（具体见图1和图2）。沿路一直向上，便可以找到自来也。好色仙人见到鸣人好像很高兴，一上来就一下“螺旋丸”招呼给鸣人，只见鸣人断线风筝般飞出去。之后向他打听纲手的消息，从他手中拿到了纲手的照片。自来也还提到了“晓”这个组织以及四代火影施加在鸣人身上的五行封印，之后就溜走了。众人决定去短册街去找纲手。而另一方面，大蛇丸正在为三代火影封印了他的双手的事生气，当听四人众说自来也去了短册街找纲手的时候，于是就带着手下兜前往。
图1 从这里向下走
图2 向上走一步就进入下个场景
回到“ひのくにかいど”，这时右边的石块消失了。从右上方的路口进去一直向右走，就可以来到短册街。拿着纲手的照片向街上的人打听纲手的消息，之后在右上方的空地那里见到自来也和某个女人在谈话，之后那个女人一下打飞自来也就走了。鸣人一行上前，发现自来也不省人事，鸣人再次使出色诱术。自来也一下精神过来，原来刚才那个女人就是纲手，叫鸣人去百樂那里去找纲手。
和自来也一起来到百樂，看到纲手正在这里喝酒。自来也和她说了三代火影死了，要让她做第五代火影。而纲手拒绝了自来也的要求，说钱和命不同，简简单单的赌上性命，简直是傻瓜才会做的事情。更甚至说火影根本就是个废物，只有笨蛋才会想做火影。听到这里，鸣人再也忍耐不住，提出要和她决斗，当然不是纲手的对手，受她一招“痛天脚”就败下阵来。
纲手问鸣人为什么对火影这个称号这么执着，鸣人说成为火影是他的梦想，使出还没完全掌握的螺旋丸攻向纲手，不过被纲手躲开了。纲手对着自来也说教他这种不是他能学的忍术，是不是有点不正常，难怪像鸣人这种爱做梦的小鬼会说出要当火影的笑话来。鸣人怒不可抑，说只要三天就可以将螺旋丸彻底融会贯通。于是纲手就和鸣人打赌，说鸣人一个礼拜内能学会螺旋丸的话就承认鸣人能成为火影。
来到短册街的宿屋住宿，进去房间后留下鸣人一人在屋子里，正在鸣人等好色仙人等的不耐烦的时候，静音来了，和他说了关于纲手、断和绳树之间的事情，叫鸣人不要和纲手打这个赌。另一边，自来也正在和纲手在百樂那里喝酒。自来也问纲手是不是很在意鸣人，因为鸣人和绳树很像。
听静音说完后，鸣人不管那么多就去修行，来到“ひのくにかいど”，发现自来也已经在这里等他了。这次修行，自来也教鸣人通灵之术，然而可不是这么容易就学会的。现在的鸣人只能召唤出蛤蟆吉。有了蛤蟆吉的加入，就可以上到高的地方。
回到宿屋和静音对话，却由于一直修行，很疲惫而昏倒在地。之后纲手来到，静音阻止她明天去见大蛇丸而被纲手打晕。当鸣人醒来时，发现在地上的静音。静音醒来后想去追纲手，这时自来也来到了，不过他的情况很不妥，原来昨晚纲手在他的酒里下药，使他现在无法制造查克拉，而且身体都麻痹了。静音说了纲手是去和大蛇丸做交易，就是纲手治好大蛇丸的手，而大蛇丸就使断和绳树复活。于是众人决定去阻止他们。
来到ひのくにかいど，纲手站在断和绳树的坟前，这时大蛇丸出现，纲手假意要给大蛇丸治疗手而想乘机攻击他，不料被兜识破了。交易失败，大蛇丸带着兜愤愤地离开了。这时原先被挡住的道路可以通过了。上来没发现纲手的人影，却看到了被纲手打碎的墓碑。继续向前走，在尽头发现兜和纲手正在打斗，最初纲手占上风的，但后来一见到血浑身就颤抖，完全无法战斗。鸣人一行上前攻击兜，战斗到一定程度的时候发生剧情，兜一招全体攻击打败鸣人他们。自来也叫鸣人退下，之后使出通灵之术，谁知道在这个紧要关头由于受到药的影响只召唤出蛤蟆吉（晕死），接着鸣人也使出通灵之术，召唤出从没出现的蛤蟆龙（汗死）。这时兜突然冲到纲手那边，把守在一旁的静音打飞，再闪到鸣人身后，打飞了鸣人。就在兜对纲手下杀手的时候，鸣人冲过去挡下了他的攻击。鸣人趁机使出还没学会的“螺旋丸”来反击，谁知再次被兜打飞。正在兜嘲笑鸣人想成为火影的梦想时，倒在地上的鸣人一下站起来，大叫“这是我的忍道”朝兜攻击过去……还是和之前一样，败下阵来。不甘失败的鸣人，在影分身的帮助之下，终于成功使出了四代火影的必杀技“螺旋丸”，终于将兜打飞。然而之后鸣人也倒下来，原来在刚才的攻击中，兜趁机将他心脏的经络切断了，还好在纲手的治疗下和依靠九尾的力量活了过来。另一边的大蛇丸为了不让“晓”得到鸣人身上的九尾狐力量，趁自来也不注意的时候，跑过来攻击鸣人，却被纲手挡了下来。然而，恐血症的纲手根本就不是大蛇丸的对手，被大蛇丸打的伤痕累累，几次倒在地上。最后，纲手终于克服了恐血症，这时自来也也赶了过来。三人同时使出通灵之术……
自来也、纲手VS大蛇丸：蛮简单的，自来也的螺旋丸攻击力很强，不过要消耗300查克拉，使用2次就没拉。不过他的普通攻击也很厉害，一般对大蛇丸造成200伤害。而纲手有一招单体攻击的术可以扣掉大蛇丸300多的HP，重复使用即可。大蛇丸的攻击很简单，草锥之剑可以使玩家的HP变为1，还好命中率很低，而他召唤大蛇的攻击最多召唤2次。一般不用回复就可以打倒大蛇丸。
虽然打败了大蛇丸，不过很可惜被他溜了。纲手看着地上的鸣人，想起了断和绳树，觉得鸣人和他们很像，把项链戴在鸣人脖子上，希望他能够实现他成为火影的梦想。之后众人回到短册街，还是在百樂那里，纲手终于答应做第五代火影。鸣人好像很不爽的样子，说她个性偏激、任性、花钱如流水、人阴险又蠢。被说成这样，纲手顿时冒火三丈，叫鸣人和她一同到外面去。两人的战斗再次开始，只见纲手躲开鸣人的攻击，迎接鸣人的不是弹额头，而是KISS一个。
回到木叶村，纲手终于成为了火影。此时此刻，在木叶村村口，来了2个忍者，一下把守卫打败了。察觉到外面不妥的卡卡西立刻出来查看情况，发现整个村子被施了幻术，就连他也不能解开。走到村子右边卡卡西家的旁边，幻术突然解除了。这时看到红和阿斯玛正在河那头分别和2个忍者对战。眼看他们两个就要败下阵来，卡卡西立刻使用写轮眼上前帮助。原来这2个忍者是佐助的哥哥鼬和鬼鲛。他们来木叶村的目的是什么呢？鼬说他们是来找东西的，卡卡西就问是什么东西？鼬不由分说就动手攻向卡卡西。
卡卡西VS鼬和鬼鲛：卡卡西的雷切攻击力很厉害，用2次就可以搞定鬼鲛。雷切最好在他们2个在同一行的时候使用，这样就可以同时攻击2人，可别白白浪费了查克拉。而鼬的攻击“分身大爆破”是卡卡西的写轮眼克隆不来的，而克隆他的三下苦无攻击不错，三下苦无攻击可以对鼬造成600左右的伤害。总体来说难度不大，也不用回复就可以胜利。
战败的鼬使出了写轮眼血继限界的真正力量－－幻术•月读，
即使是卡卡西也无法抵挡这一招。之后鼬终于说了他们来木叶村的目的是要拿回四代火影的遗物，即是鸣人身体里的九尾。卡卡西说出他们的组织是叫"晓"后，鼬立刻命令鬼鲛带卡卡西一起走。正当此时，凯及时赶到，并且一招木叶刚力旋风击退了鬼鲛。之后不想挑起战斗的鼬带着鬼鲛离开了。
在卡卡西家里，几位上忍正在讨论刚才的事。佐助这时来找卡卡西，很奇怪卡卡西躺在床上，而且都是上忍聚在旁边。不巧此时有个忍者来问道：“那个鼬回来的传言是真的吗？而且还在找鸣人。”听到这个，佐助立刻冲了出去，来到一乐面馆，发现鸣人不在这里。从大叔那里打听到鸣人被自来也带着一起去修行了，好像是去了花柳街什么的。
在花柳街，来到这里的自来也决定在这里住一晚。这时，在他们面前一个漂亮MM走过，自来也色心又起，把房间钥匙交给鸣人后就和那MM快活去了。鸣人独自一人在房间里一边生好色仙人的闷气，一边在修行。这时鼬和鬼鲛找上门来了，果然他们是想得到鸣人体内的九尾，正当他们想带走鸣人的时候，佐助终于赶到。佐助是为了杀死鼬才活下来的。于是佐助使出千鸟朝向鼬冲了过去……这个战斗只是发展剧情，根本没可能打赢鼬的，为了不让他们带走鸣人，佐助几次攻过去，不过都被鼬打飞回来。鼬对佐助使出了月读，看着佐助痛苦的样子，鸣人上前攻击鼬，就在此时，自来也来到了，原来他是一早就察觉到鼬他们的阴谋的。就在自来也使出绝招时，鼬带着鬼鲛跳楼逃跑了。
鸣人正在房间里休息，这时樱来到叫他一同去木叶医院看望佐助。来到医院2楼的病房，纲手刚给佐助治疗好伤。看着鸣人变得越来越强大，佐助提出了和他对决的要求。由于佐助咄咄逼人，鸣人想拒绝都拒绝不了。
上到医院顶楼，鸣人要求佐助戴上护额，被断然拒绝。两人最初的对决终于开始……轻松战胜佐助后发生剧情，佐助使出千鸟，而鸣人使出螺旋丸。不忍心看着这种情况发生的樱突然冲上前想组织他们，眼看两人的攻击就要打到樱的身上，在关键时刻卡卡西赶来分开了两人。之后，卡卡西对自来也说出来他们两人决斗的原因。鸣人是希望佐助能够认同他，而佐助是感到鸣人的成长速度而产生了危机感。
来到村子右下边，樱对鸣人说了大蛇丸在佐助身上下了咒印的事。而另一方面，卡卡西在对佐助说教，叫他放弃做复仇者。卡卡西走后，音忍四人众出现，叫佐助去投靠大蛇丸，这样就可以得到强大的力量。为了力量，佐助决定去投靠大蛇丸，这也是复仇者的命运。在离开木叶村的途中，遇到了樱。然而不管樱怎么劝告，还是动摇不了他的决心，打晕了樱之后就和四人众一起离开了木叶村。
樱醒来后发现佐助已经不知去向了，离开去向纲手报告。纲手听了之后，离开吩咐鹿丸去把佐助追回来。鹿丸要求派上忍和中忍一起去完成任务，然而，村里的上忍和中忍都有任务离开了村子。纲手要求鹿丸在30分钟内召集优秀的下忍，然后出发。叫上鸣人、丁次、牙、李（在えんしゅうじょう找到）、宁次一共6人，鹿丸向众人说明情况后正要出发，这时樱在后面叫住他们，鸣人向她保证一定会带佐助回来的。
来到ひのくにこっきょう，发现道路被石块挡住。回到木叶村，找到纲手，她便会教你召唤多多的忍术。之后用多多就可以粉碎挡路的石块，这样就可以继续前进了。走了一会就遇到四人众之一次郎坊，恶战难免……
次郎坊：他的必杀技土遁•土陵団子很厉害，所以排列队伍时按最分散排列，这样他这一招每次只能攻击到一人。只要这样就不会全军覆没，注意回复，战胜他只是时间问题。
继续往前走，进到大树的洞里，不断利用瞬移卷物移动，
之后从某个大树洞出来，这时赤丸大叫2声，原来它闻到了佐助的血的味道。宁次利用白眼查看周围的情况，觉得很奇怪，因为一路上居然一个陷阱都没有。看来是四人众小看了鸣人他们，
以为他们不会追上来的。于是鹿丸打算将计就计……四人众其余三人在等次郎坊都等的不耐烦了，这时次郎坊终于赶上来了，多由也叫他来背棺桶，然而鬼童丸发现这个次郎坊不是真的次郎坊，还把埋伏在旁边的众人逼了出来。既然被识破了，也没什么好隐瞒的，原来他是鹿丸变身的。鬼童丸叫其余两人先走，自己来对付鹿丸他们。
鬼童丸：
忍法•蜘蛛粘金，攻击范围为十字，而忍法•蜘蛛巣開攻击范围为一半，不过命中率很低，被命中的话暂时行动不能。蜘蛛戦弓•凄裂为单体攻击，被他这一招命中的话，HP就会降为1。另外还可以使用ロ寄•せの術召唤怪物。还是分散开来打，注意他那招蜘蛛戦弓•凄裂就可以。
还剩下2个四人众，鸣人他们终于赶上来了。和他们2人战斗一阵便发生剧情，鸣人一伙败下阵来。之后左近带着棺桶先离开了。而这时砂之国的我爱罗3人来到这里，原来火之国和沙之国结成联盟，他们这次来是帮助鸣人他们的。就在多由也准备对鸣人他们下杀手的时候，我爱罗一行终于赶上了，手鞠一招就把她打飞，从而救下了鸣人他们。整理好队伍之后便可以挑战多由也。
