末代御医第1集剧情简介
杜仲追查 光绪死因
播出日期: 2016.03.28 (一)
杜仲赶往瀛台，为已奄奄一息的光绪皇帝把脉并好言安慰光绪。御医张正元反对杜仲开的药药性太猛，不适宜虚弱的光绪服用。他不理众人反对，自己煎药，当他折返光绪寝宫，已见隆裕、瑾妃、载沣跪在床前痛哭，晴天霹雳光绪已驾崩。杜仲怀疑光绪死于砒霜毒，慈喜允许杜仲一天时间查出光绪死因。杜仲回到寝宫，已被清洁得乾净，却在椅脚下发现一个相识的玉珮。
伏苓宁死不嫁杜仲
追溯十年前，拿着玉珮的伏苓从外地回到家乡，她却在多年前闹出过一件轰天动地的大事。伏苓原本已有心上人佘鸿儒，奈何要嫁给杜仲为妾，鸿儒在她成亲之日带她出走，却给杜仲亲友撞破，被捉至厅前公审。伏苓不畏浸猪笼承认与鸿儒相爱，扬言比嫁给杜仲为妾更幸福。杜仲被伏苓激发，借意喝骂伏苓，驱逐他们离开家乡，伏苓诧异。
来到存仁馆，伏苓眼见跌打馆变成赌坊，师弟葛根被师兄童铁骨打骂，伏苓赶走赌客，铁骨伸手打她时被葛根一手挡开至脱骹。伏苓跟葛根回家见麻麻戴娣和姑母伏明珠，明珠要伏苓赎回存仁馆，屋契则仍在「那人」手上，伏苓闻言面有难色。她躲在暗角监视杜府，并见杜仲出诊时走入妓院。
世凯邀请杜仲出诊
伏苓偷入杜府书房寻找屋契，期间不慎打翻香炉，惊动身处卧房的杜夫人百合，伏苓急忙逃去。百合不慎跌倒，伏苓于心不忍救出百合，方知她不良于行。百合谓自小患过大病，自此双脚不能走动。杜仲回来似乎不认得伏苓。伏苓认为杜仲好色，庆幸没有嫁入杜家。
杜仲本为良济赞堂名医，求诊病人不计其数。一天，两名大汉奉袁世凯之命找他出诊，杜仲到袁府时见到两名面带瘀伤的医师，杜仲为世凯爱妾把脉，认定她并非怀孕而是体内积存血块，开了一剂「滑胎药」服用，世凯不信。
杜仲交还伏苓屋契
世凯爱妾果然药到病除，世凯重赏杜仲却被婉拒，同时对于杜仲不畏威名而留下好印象。伏苓知道存仁馆要改为妓院，唯有再次到访杜家，以替百合做蒸脚为由，再潜入书房偷屋契，岂料被杜仲捉个正着。其实杜仲早已认出伏苓，伏苓坦言要取回存仁馆屋契，事败后失望离去。眼见铁骨拆存仁馆，伏苓跟铁骨理论不得要领，戴娣拿着屋契到来，铁骨无奈交回存仁馆。伏苓质问杜仲有何居心，杜仲向她提出每日上门为百合按摩和蒸脚作为条件，伏苓答应。
末代御医第2集剧情简介
杜仲为慈喜治怪病
播出日期: 2016.03.29 (二)
世凯使人送来轮椅赠百合，更有意罗致杜仲担任其新军军医，杜仲推辞。杜仲到教堂与泰来神父交流医术，神父请他为一位李姓好友医治咳嗽。杜仲为他把脉后，始道出其病因并对症下药。
存仁馆重新开张，伏苓和葛根戮力推销秘制药丸和药酒，可惜无人问津。同时，债主到来追收铁骨早前购入名贵药材的欠款。伏苓为欠债伤透脑筋，葛根称愿意打擂台赚钱还债，可是葛根在开赛后不足三分钟就被俄国大力士打至重伤。
慈喜手脚无故瘀伤
葛根重伤倒地，伏苓喝停后即喂他服用「还魂丹」药丸，葛根吐出一口瘀血后回复气力，自行走下擂台。伏苓为葛根治伤时再遇债主临门，俄国大力士和擂台主持打算向伏苓购入大批「还魂丹」，债主亦称愿意与伏苓合作赚钱，存仁馆得以暂时解困。杜仲看过曾医治咳嗽患者的名帖后，始得悉李姓友人正是李鸿章，鸿章赞赏杜仲医术，并邀他为一位「贵人」治怪病。
杜仲来到颐和园乐寿堂后似有所悟，如他所料患者正是慈喜太后，并发现她的手脚出现无名瘀伤。杜仲细心检查太后身体以及留意房中摆设，认为慈喜所患的怪病全因邪风入侵所致，要除去怪病，须连续作法七天及服药七日，自然药到病除。
慈喜梦行症发作
杜仲跟任锡庚到值班室，忽闻乌鸦凄厉叫声，才知道牠们在宫中吃饱饲料便会飞走。翌日慈喜质问杜仲她的手脚仍有瘀伤，杜仲指出瘀伤再现乃是体内邪气迫出所致，他为慈喜检查脚部，却发现慈喜脚有伤痕，但袜子却干净如新。他跟随碗佳格格到杂物房找寻慈喜的旧袜子，但见袜子上染有血迹和黏有乌鸦粪便。他们再到颐和园的索伦杆，又发现有不少雀粪和饲料残渣。至半夜时，杜仲在慈喜寝宫外发出乌鸦叫声，不久连英和玉贵伴着只穿睡衣的慈喜外出，慈喜边行边跌跌撞撞，来到索伦杆前，慈喜双手做出挖掘动作，似乎找到东西，慈喜双手捧着返回寝宫，杜仲认定慈喜患梦行症。
杜仲治愈慈喜心病
杜仲已想好法子治慈喜梦行症，这日他陪伴慈喜到花园散步，碗佳和幼兰同在身旁，碗佳发现假山内有一个人形布偶，布偶背后写着慈喜姓氏，看来是对慈喜施了厌胜术，杜仲建议将布偶烧毁，诅咒便化为灰烬，慈喜的脸露宽容，她明白是杜仲治好她的心病。杜仲借机向慈喜道出只有亲情永留心中，慈喜似有所悟。慈喜到瀛台送光绪一瓶补药，岂料光绪竟对慈喜囚禁珍妃表示不理解，惹得慈喜不满，拂袖而去。
