3DS版口袋妖怪终极红宝石始源蓝宝石拥有超级秘密基地（スーパーひみつきちSuper-SecretBase）系统，本文将告诉大家如何开启制作被发现的秘密基地，并且介绍怎么通过通信功能使用QR码可以将自己的秘密基地分享给其他人，并且与其他玩家展开对战。
秘密基地的制作方法（1）
在地图上发现秘密的洞口（ひみつのポイント），使用技能秘密力量。
秘密基地的制作方法（2）
秘密基地的入口打开，进入其中！
秘密基地的定制方法（1）
打开基地中的手提电脑（パソコンSecretPC），选择“基地的装饰（きちのもようがえ）”。
秘密基地的定制方法（2）
选择物品，按照喜好配置。可以设置迷宫、陷阱。吓朋友一跳！
使用通信机能后，游戏中在丰缘地区可能会出现其他玩家的秘密基地。
与自己风格相近的秘密基地，充满了令人吃惊装置的秘密基地。今天会发现什么样的秘密基地呢？心跳感满载的另一番冒险，其之名为“超级秘密基地”。
前往其他玩家的秘密基地后可以与其中的成员对话或者战斗。
碰到喜欢的成员时，也可以选择“成为基地同伴（SecretPalsひみつのなかま）”将他带回自己的秘密基地。秘密基地的同伴既可战斗，也可以使用他的“特技（とくいわざ）”。就这样享受秘密基地的乐趣！
不同成员的特技是不一样的。
下面介绍一些使秘密基地能在冒险中发挥重要功能的特技！
グッズがちゃがちゃ
获得新的秘密基地装饰。
タマゴなでなで
选择的蛋更容易孵化。
しゅぎょうバンバン
选择的口袋妖怪等级提升1。
通过使用各种装饰品、设置对战规则，你可以将自己的秘密基地改造成一个道馆。在秘密基地中等待其他玩家前来挑战吧！
在其他玩家的秘密基地中调查电脑旁边的旗子的话，每天都可以获得一个旗子（フラッグ）。收集的旗子越多，秘密基地的等级就越高，秘密基地的同伴就越多。随着秘密基地等级的提升，旗子的颜色也会发生改变。
通过QR码可以将自己的秘密基地分享给其他人。
为主角介绍秘密基地的是秘密基地大师基林（ギリーAarune）。他是在全世界各处旅游的冒险家，目前正停留在丰缘。
基林是个充满行动力的，帅气的成年人。他十分喜欢丰缘地区的秘密基地文化，因此也想将秘密基地的有趣之处传达给旅行中的主角。
基林拥有一只沙漠蜻蜓
