妖怪手表3本作中也有许多BOSS级的妖怪出现，有关这些BOSS妖怪的资料可以来这里看一看。
| No | 妖怪名 | 得意 | 弱点 | 出现地点 |
| 901 | ガラクタリアン | － | 雷 | ケータ編2章废料场 |
| 902 | スーパー店長 | |||
| 903 | モーソーもんもん | |||
| 904 | インジャネーノ | |||
| 905 | 魔・インジャネーノ | |||
| 906 | ヤーメルン邪先生 | |||
| 907 | デカニャン | |||
| 908 | やぶれかぶれ院長 | |||
| 909 | 妖怪獣ガメゴス | |||
| 910 | ヨップくん | |||
| 911 | ワルボＶ５ | |||
| 912 | ベッティーさん | |||
| 913 | カミナラス五郎 | |||
| 914 | ゴゴゴＧＦ | |||
| 915 | 空想ユメミガチーノ | |||
| 916 | 怪盗ダルマント | |||
| 917 | あおべえあかべえ | |||
| 918 | だるべえまーべえ | |||
| 919 | つづらチュン太夫 | |||
| 920 | つづらチュンだるま | |||
| 921 | 異次元と－ちゃん | |||
| 922 | プリズンブレイカー | |||
| 923 | 日ノ神 | |||
| 924 | ゲボール不死長 | |||
| 925 | びしゃがつく | |||
| 926 | 赤鬼 | |||
| 927 | 青鬼 | |||
| 928 | 黒鬼 | |||
| 929 | ツノだるま | |||
| 930 | 坐・だるま師匠 |
